Trong giai đoạn lập kế hoạch, Công ty kiểm toán Việt Nam thờng thực hiện phân tích ngang và phân tích dọc để xác định các biến động đối với các chỉ tiêu trên Báo cáo tài chính qua các kỳ kế toán, giải thích các biến động này bằng thông tin tài chính và phi tài chính thu thập đợc. Tuy nhiên, trong giai đoạn này công ty chỉ sử dụng phân tích ngang mang tính chất đơn giản qua so sánh con số hiện tại với số liệu đã đợc kiểm toán năm trớc để xác định xu hớng biến động của chúng qua các năm. Đối với phân tích dọc thì công ty thờng áp dụng phân tích theo chuỗi thời gian, không phân tích thông qua các đơn vị trong cùng một ngành do ở Việt Nam thông tin thống kê đối với các tỷ suất ngành còn hạn chế. Bên cạnh đó, đối với một số các khách hàng đặc biệt là các khách hàng nhỏ, thông thờng công ty chỉ tiến hành phân tích ngang các khoản mục trên Bảng cân đối kế toán và Báo cáo kết quả kinh doanh mà không thực hiện phân tích dọc. Việc thực hiện phân tích ngang chỉ cho thấy sự biến động, cũng nh nguyên nhân biến động của từng khoản mục riêng lẻ mà không đa ra đợc mối quan hệ giữa các khoản mục đó. Từ đó, nó không giúp cho kiểm toán viên đánh giá đúng thực trạng tài chính của khách hàng và phán đoán chính xác các sai sót tiềm tàng có thể xảy ra đối với khoản mục trên Báo cáo tài chính.
Trong giai đoạn thực hiện kế hoạch, dựa vào kết quả thực hiện thủ tục phân tích sơ bộ, kiểm toán viên đã khoanh vùng rủi ro. Qua đó, xác định số d tài khoản và sai sót tiềm tàng cần kiểm tra. Công ty dựa vào thông tin tài chính và phi tài chính đã đợc thu thập để xây dựng số ớc tính, so sánh số ớc tính với số ghi sổ để xác định số chênh lệch. Tiếp đó so sánh số chênh lệch đó với số chênh lệch có thể chấp nhận đợc để tìm ra đợc sai lệch mang tính trọng yếu và quyết định chấp nhận hay không chấp nhận, cuối cùng tìm cách giải thích sai lệch mang tính trọng yếu và đa ra kết luận. Đối với từng cuộc kiểm toán, Công ty đã linh hoạt trong cách vận dụng thủ tục phân tích chi tiết. Cụ thể đối với các công ty hoạt động theo quy mô lớn, kiểm toán
viên thực hiện đầy đủ các quy trình phân tích chi tiết để nhằm đảm bảo các sai sót tiềm tàng không gây ảnh hởng trọng yếu đến Báo cáo tài chính. Bên cạnh đó, kiểm toán viên đã sử dụng thủ tục phân tích kết hợp với kiểm tra chi tiết để khẳng định những bằng chứng đợc thu thập từ thực hiện thủ tục phân tích là chính xác và hiệu quả đồng thời cũng để đảm bảo không bỏ sót các sai sót trọng yếu liên quan đến Báo cáo tài chính. Đối với những công ty hoạt động theo quy mô nhỏ, kiểm toán viên thực hiện thủ tục phân tích chi tiết đối với những yếu tố quan trọng ảnh hởng trọng yếu đến khoản mục với mục đích giảm bớt thời gian, công sức của cuộc kiểm toán mà không loại bỏ những sai sót trọng yếu ảnh hởng tới Báo cáo tài chính. Ví dụ: kiểm toán viên không tính toán số ớc tính đối với tất cả doanh thu và chi phí từ tháng 1 đến tháng 12 trong năm tài chính, chỉ tập trung vào việc xây dựng số ớc tính kiểm toán về doanh thu đối với những mặt hàng có giá trị lớn, tiêu thụ nhiều hay có những tháng có biến động lớn, số phát sinh lớn.
Trong giai đoạn kết thúc cuộc kiểm toán, kiểm toán viên đã sử dụng thủ tục phân tích soát xét để đánh giá lại Báo cáo tài chính của doanh nghiệp dựa theo phân tích ngang và phân tích dọc để đánh giá lại những biến động lớn và đánh giá lại các sai sót trọng yếu của những khoản mục, tài khoản ảnh hởng đến Báo cáo kết quả kinh doanh. Từ đó khẳng định lại những hiểu biết của kiểm toán viên về tình hình hoạt động kinh doanh tại đơn vị khách hàng là chính xác.
Cách thức thực hiện các phân tích dọc và phân tích ngang đợc tiến hành tơng tự nh trong giai đoạn lập kế hoạch kiểm toán. Chúng đợc thực hiện trên số d của các tài khoản, khoản mục trên Bảng cân đối kế toán và trên Báo cáo kết quả kinh doanh đã đợc kiểm toán.