Các nghiên cứu về dòng chảy và đặc biệt là dòng chảy lũ ở Thừa Thiên Huế đã được nghiên cứu nhiều và có thể nói rất nhiều. Nó được nhiều cơ quan khoa học cùng nghiên cứu như: Viện Quy hoạch Thủy lợi, Viện Khoa học Thủy lợi, Viện Khí tượng Thủy văn, Trường Đại học Thủy lợi, Đại học Khoa học Tự nhiên, Đại học Huế, Đại học Đà Nẵng và một số tổ chức cá nhân ngoài nước... Tuy nhiên, vấn đề luôn luôn có những điểm mới cần được nghiên cứu tiếp tục.
Trong các nghiên cứu đó phần lớn đề cập và xuất phát từ các yêu cầu về quy hoạch thủy lợi, xây dựng các hồ chứa, các nhà máy thủy điện trong vùng. ít chú ý đến ảnh hưởng cản lũ của các công trình chắn ngang dòng tràn lũ và độ sâu ngập lũ cũng như diện ngập lụt.
Cơ quan có nhiều nghiên cứu nhất về lũ sông Hương là Viện Quy hoạch Thủy lợi. Có thể kể ra đây các nghiên cứu tiêu biểu sau:
- Năm 1998 1999, tính toán lũ trong nghiên cứu Quy hoạch Thủy lợi sông Hương phục vục công tác thiết kế hồ chứa nước Tả Trạch;
- Năm 2000 2001, tính toán mô phỏng lũ 1999, phục vụ đề tài nghiên cứu độc lập cấp nhà nước “Nghiên cứu phục hồi thích nghi cho vùng cửa sông ven biển và đầm phá Tam Giang - Cầu Hai”;
- Năm 2004, tính toán xác định quy mô nhà máy thủy điện Hương Điền trên sông Hữu Trạch;
- Năm 2005, tính toán xác định quy mô nhà máy thủy điện Cổ Bi trên sông Bồ và tính toán lũ trong dự án Quy hoạch thủy lợi sông Hương;
- Năm 2005, tính toán dòng chảy lũ sông Hương, trong nghiên cứu điển hình thuộc dự án “Tăng cường năng lực cho các Viện ngành nước”.
Các nghiên cứu trên chủ yếu mô phỏng dòng chảy của sông và tràn lũ trên đồng bằng ra đến đầm phá, mà ít chú ý đến vùng đầm phá và cửa biển. Biên dưới của các mô hình thường được kết thúc tại đê bao đầm phá. Trong các nghiên cứu này thì công cụ mô hình được sử dụng là mô hình VRSAP của PGS. TS. Nguyễn Như Khuê. Nghiên cứu trong khuôn khổ dự án “Tăng cường năng lực cho các Viện ngành nước”, lần đầu tiên Viện Quy hoạch Thủy lợi sử dụng Mô hình MIKE 11.
Viện Khoa học Thủy lợi cũng là đơn vị có các nghiên cứu liên quan đến lũ sông Hương: [16, 22, 39]
- Năm 1990 1991, kết hợp với Trường Đại học Thủy lợi, Viện Khoa học Thủy lợi lần đầu nghiên cứu lũ sông Hương phục vụ mục tiêu tìm các giải pháp phòng chống và thoát lũ cho sông Ngự Hà và khu vực nội thành Huế. - Năm 2000 2001, nghiên cứu về lũ lụt có quy mô lớn nhất được đề cập
trong đề tài khoa học độc lập cấp nhà nước với tên gọi “Nghiên cứu phục hồi thích nghi cho vùng cửa sông ven biển và đầm phá Tam Giang - Cầu Hai”, do GS. TS. Trần Đình Hợi là chủ nhiệm đề tài cùng 18 thành viên chính khác thuộc cơ quan khoa học của 06 bộ ngành khác nhau và tỉnh Thừa Thiên Huế tham gia thực hiện. Đây là nghiên cứu đầu tiên có ý tưởng đề cập đến ảnh hưởng của biển đến vấn đề thoát lũ. Trong nghiên cứu này, vùng tính toán bao gồm đồng bằng sông Hương, đầm phá và cửa biển, sử dụng mô hình một chiều kết hợp với mô hình hai chiều. Bài toán lũ ở đây được chia làm hai khu vực, dòng chảy phía trên đầm phá được mô phỏng bằng mô hình một chiều với các ô trũng (do Viện Quy hoạch Thủy lợi thực hiện), dòng chảy trên đầm phá và cửa biển mô phỏng bằng mô hình hai chiều (Viện Khí Tượng
Thủy văn thực hiện), hai mô hình này chạy độc lập với nhau, không tự động kết nối. Tuy nhiên, do hạn chế về công cụ tính và thời gian thực hiện mà các vấn đề về lũ lụt liên quan đến cửa biển chưa được giải quyết một cách hoàn chỉnh, các phương án kịch bản về cửa biển chưa được mô phỏng.
- Năm 2003 2005, Viện Khoa học Thủy lợi tính toán dòng chảy lũ trên đầm phá Tam Giang - Cầu Hai, phục vụ quy hoạch thủy lợi ven biển Thừa Thiên Huế. Trong nghiên cứu này tập trung vào nghiên cứu dòng chảy trên đầm phá và cửa biển, nhằm xác định hành lang thoát lũ tại các cửa biển Thuận An và Tư Hiền.
Viện Khoa học Thủy lợi Miền Nam, trong nghiên cứu về Quy hoạch chỉnh
trị dòng chảy sông Hương (2003 2004), đã sử dụng mô hình MIKE 11 để xác
định mực nước làm biên đầu vào cho mô hình MIKE 21 C diễn toán biến hình lòng dẫn sông Hương.
Những nghiên cứu trên đều quan tâm đến biện pháp cắt lũ bằng hồ chứa, các kịch bản về lũ thường được gắn với các phương án xây dựng hồ chứa nước thượng nguồn. Như vậy việc nghiên cứu bài toán lũ lụt ở Thừa Thiên Huế một cách tổng thể bao gồm dòng chảy lũ trên đồng bằng, vùng đầm phá và cửa biển vẫn chưa được giải quyết một cách hoàn chỉnh. Đặc biệt là việc xem xét ảnh hưởng của cửa biển đến thoát lũ còn chưa được đề cập.
Ngoài ra, còn rất nhiều những nghiên cứu khoa học, các luận văn thạc sĩ, luận án tiến sĩ trong và ngoài nước cũng đề cập nghiên cứu về các ảnh hưởng của các công trình hiện có trên lưu vực, những tác động về môi trường đầm phá ven và khả năng thoát lũ của lưu vực với các giải pháp đề xuất. [3, 12, 15, 17, 26, 33]