Ở Indonesia quan hệ tình dục đồng giới là hợp pháp, nhưng vẫn có thể thấy việc nam giới có quan hệ tình dục đồng giới bị gây khó khăn ở nhiều nơi. Tổ chức Sức khoẻ gia đình quốc tế ở Indonesia phối hợp với Dự án Phòng chống HIV và AIDS đã tiến hành đánh giá thực trạng về hành vi tình dục của nam giới. Kết quả cho thấy có sự đa dạng về đặc tính tính dục của những nhóm nam có quan hệ tình dục đồng giới ở Indonesia .
Những người nam có quan hệ tình dục đồng giới dễ nhận thấy nhất là những người chuyển giới, thường được gọi là waria, banci, hoặc bencong78. Mặc dù về mặt sinh học thì họ là nam nhưng họ thường ăn mặc, cư xử và tự cho mình là phụ nữ. Từng có mặt trong văn hoá của Indonesia trước đây, cộng đồng này dễ dàng được chấp nhận và khoan dung hơn những nhóm nam có quan hệ tình dục đồng giới khác.
Nhiều waria hành nghề mại dâm, thường là người nhận trong quan hệ tình dục qua đường hậu môn và đường miệng mà không có biện pháp bảo vệ. Đôi khi họ đóng vai trò là người cho, nhất là khi họ to hơn lớn về mặt thể xác, khoẻ hơn, già hơn hoặc giàu có hơn bạn tình. Một số waria quản lý các cơ sở làm đẹp trong đó có cả dịch vụ bơm silicon vào mặt, hông, mông, ngực. Những cơ sở làm đẹp này thường đi kèm với các hoạt động mại dâm. Chủ cơ sở có thể là chủ chứa và những người bán dâm có thể tìm khách hàng. Các cơ sở này cũng có thể là nơi sử dụng ma tuý, trong đó có amphetamine, methamphetamine và heroin.
Những người nam giới thuộc tầng lớp lao động ở khu vực đô thị, được gọi là laki laki
hoặc laki asli, có quan hệ tình dục với waria mà không tự coi mình là người đồng tính. Quan hệ