Cùng việc thực hiện Luật thuế TNDN là việc ban hành Luật thuế GTGT. Hiện nay, các doanh nghiệp trong nền kinh tế sử dụng một trong hai phương pháp: phương pháp khấu trừ và phương pháp trực tiếp trên GTGT. Điều này cũng gây ảnh hưởng tới việc xác định doanh thu tính thuế TNDN. Trong trường hợp doanh nghiệp A mua hàng của doanh nghiệp B là đối tượng áp dụng thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thì giá vốn của cơ sở A là giá bán không có thuế còn nếu mua hàng của doanh nghiệp C là đối tượng áp dụng thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp thì giá vốn hàng hoá sẽ bao gồm cả thuế GTGT đầu vào điều này sẽ làm tăng giá vốn hàng hoá dẫn tới việc xác định thu nhập chịu thuế sẽ thấp hơn nên thuế TNDN sẽ bị giảm. Vì có lợi hơn nên các doanh nghiệp sẽ tận dụng việc huy đông nguồn hàng từ các cơ sở này. Thực tế trong điều kiện nền kinh tế thị trường hiện nay, số lượng các cơ sở kinh doanh vừa và nhỏ chưa thể thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, chứng từ hoá đơn còn nhiều nên ở nước ta việc áp dụng đồng thời hai phương pháp tính thuế GTGT là điều tất yếu. Bởi vậy nó tạo môi trường kinh doanh không bình đẳng giữa các thành phần kinh tế. Các cơ sở sẽ lợi dụng kẽ hở này để trốn thuế. Đối với việc xác định doanh thu bán hàng cũng chưa có quy định chặt chẽ nào trong việc xác định giá bán hàng hoá. Cơ sở sẽ lợi dụng điểm này để giảm tới mức tối đa có thể được doanh thu bán hàng để hạn chế số thuế phải nộp. Điều này dễ dàng khi hai bên mua bán thương lượng với nhau thông qua việc hợp thức hoá bằng các hoá đơn không khớp số liệu giữa các liên.
Từ đó, việc áp dụng một phương pháp khấu trừ thuế GTGT là hợp lý, ban hành hóa đơn GTGT, sử dụng nó như đã đề cập ở phần hàon thiện công tác kế toán thuế GTGT là cần thiết. Bên cạnh đó Nhà nước phải có quy định cụ thể về giá bán đối với một số mặt hàng đặc biệt là hàng tiêu dùng, thuốc chữa bệnh… tránh gây ra sự xáo trộn trong nền kinh tế. Không chỉ có Nhà nước mà các doanh nghiệp cũng phải quan tâm đến kế toán hàng hoá theo dõi và phản ánh kịp thời tình hình mua hàng, thanh toán tiền hàng của khách hàng, theo dõi đầy đủ giá vốn hàng bán, chi phí vận chuyển liên quan đến việc mua bán hàng và giá bán hàng hoá đó. Điều này giúp cho kế toán một cách dễ dàng từng hoạt
động bán hàng phát sinh. Xác định ngay được lãi gộp và thuế GTGT tạo điều kiện dễ dàng cho kế toán thuế tính toán và đối chiếu với số liệu của các bộ phận khác. Tuân thủ chế độ trích lập và sử dụng có hiệu quả các khoản chi phí về khấu hao tài sản cố định, trích lập quỹ dự phòng, trích trước các khoản chi phí phục vụ cho công tác cải tạo, nâng cấp tài sản cố định, phân bổ hợp lý các khảon chi phí vào kết qủa kinh doanh của doanh nghiệp. Không ngừng nghiên cứu, đề xuất biện pháp nhằm hạ thấp chi phí kinh doanh có hiệu quả.