Nguồn nhân lực là yếu tố ảnh hưởng không nhỏ đến sự phát triển của hệ thống thanh toán trực tuyến. Theo nhận định của một số doanh nghiệp thì cơ sở nguồn nhân lực của chúng ta hiện nay như sau:
• Thiếu khả năng về mạng, tích hợp hệ thống.
• Khai thác các ứng dụng trên nền Windows.
• Giáo viên giảng dạy các môn TMÐT còn ít.
• Khả năng làm việc theo nhóm yếu.
• Thiếu kiến thức về chuyên ngành, thực tiễn.
Nhằm nắm bắt nhu cầu của doanh nghiệp và xu hướng phát triển của TMĐT, trong thời gian qua các cơ sở đào tạo đã từng bước triển khai hoạt động đào tạo chính quy về TMĐT.
Theo khảo sát của Bộ Công Thương với 125 trường đại học và cao đẳng trên cả nước trong năm 2010, có 77 trường đã tiến hành đào tạo TMĐT, bao gồm 49 trường đại học và 28 trường cao đẳng. Trong số các trường đại học đã đào tạo TMĐT, có 01 trường đã thành lập khoa TMĐT, 10 trường thành lập bộ môn TMĐT. Trong số các trường cao đẳng, có 01 trường thành lập khoa TMĐT, 4 trường thành lập bộ môn TMĐT. Từ năm 2008-2010 có thêm 15 trường tổ chức giảng dạy TMĐT.
Kết quả khảo sát cũng cho thấy, phần lớn giảng viên về TMĐT của các trường chủ yếu là giảng viên ngành khác được bồi dưỡng thêm về TMĐT hoặc tự nghiên cứu để giảng dạy TMĐT, chỉ có 19% trường có giảng viên được đào tạo chuyên ngành TMĐT, 94% trường có giảng viên ngành khác được bồi dưỡng thêm về TMĐT hoặc tự nghiên cứu để giảng dạy TMĐT. Giáo trình giảng dạy TMĐT của các trường chủ yếu do giáo viên tự biên soạn (78%) hoặc trường biên soạn (34%), một số trường sử dụng giáo trình của các cơ sở đào tạo khác ở trong nước (32%) hoặc nước ngoài (19%). Tuy nhiên, các trường cũng cho biết, trong thời gian tới số lượng giảng viên được đào tạo chuyên ngành về TMĐT sẽ tăng lên.Đây sẽ là những điều kiện thuận lợi để phát triển thanh toán trực tuyến trong thời gian tới.