4.1. Chất lượng nước Lưu vực sông Sài Gòn
Từ các kết quả phân tích chất lượng nước trong năm 2006 cho thấy mức độ ô nhiễm nước mặt trên lưu vực sông Sài Gòn có chiều hướng tăng dần từ thượng nguồnlưu tới vùng hạ lưu, đặc biệt là khu vực tiếp nhận nước thải sinh hoạt của các khu đô thị và nước thải từ các cơ sở sản xuất công nghiệp trên địa bàn tỉnh Bình Dương và Tp. Hồ Chí Minh. Cụ thể:
Nước mặt đoạn thượng lưu sông Sài Gòn từ vị trí sông Thị Tính đến cầu vị trí Cầu Phú Cường nếu so với tiêu chuẩn nước mặt nguồn loại A, nước dùng cho mục đích cấp nước sinh hoạt thì qua 4 đợt khảo sát trong năm 2007 đều cho thấy không
đạt ngưỡng cho phép ở một số chỉ tiêu đặc trưng như COD, DO, SS, Amonia, Nitrit, Coliform, dầu mỡ. Mức độ ô nhiễm tại khu vực thượng lưu có xu hướng gia tăng so với năm 2006.
Sau vị trí cầu Phú Cường trở về hạ lưu mức độ ô nhiễm tăng cao ở các vị trí cầu An Lộc, cầu Bình Triệu, Cầu Tân Thuận, Cầu Chữ Y và Cầu Bình Điền. Mức độ ô nhiễm bởi chất hữu cơ khó phân hủy sinh học (COD), chất rắn lơ lửng, chất dinh dưỡng (Amonia), vi sinh tăng cao tại các vị trí Cầu Tân Thuận, Cầu Chữ Y.
Xét trên yếu tố thủy sinh: chất lượng nước nhìn chung không ổn định cao. Các điểm ô nhiễm nặng gồm điểm Cầu Tân Thuận, Cửa Sông Thị Tính, cầu Bến Súc, cầu Bình Triệu, bến Nhà Rồng, cầu An Lộc, cầu Bình Điền.
Trầm tích đáy tại cầu Phú Cường cho thấy đã có sự ô nhiễm kim loại Thủy ngân, tuy nhiên, sự ô nhiễm nhìn chung chưa nặng nề.
Mức độ ô nhiễm trên sông Sài Gòn khá nghiêm trọng, trong đó các khu vực thuộc sông Thị Tính như vị trí Sông Thị Tính, cửa sông Thị Tính và khu vực Tp. HCM như vị trí Cầu Tân Thuận, Cầu Chữ Y có mức độ ô nhiễm cao, nhiều thông số quan trắc vượt tiêu chuẩn cho phép. Đây là vị trí chịu ảnh hưởng nặng nề bởi nước thải và chất thải không qua xử lý trong khu vực. Đặc biệt là mức độ ô nhiễm bởi các chất dinh dưỡng chứa Nitơ dạng Amoni khá rõ, kết quả quan trắc 4 đợt trong năm 2007 nhìn chung cao hơn năm 2006 và hầu hết đều vượt tiêu chuẩn (trên đoạn thượng lưu - áp dụng tiêu chuẩn A và đoạn hạ lưu - áp dụng tiêu chuẩn B).
4.2. Chất lượng nước khu vực sông Đồng Nai
Nhìn chung nước mặt lưu vực sông Đồng Nai có chất lượng khá tốt, tuy vẫn bị ô nhiễm bởi chất rắn lơ lửng chất dinh dưỡng chứa Nitơ (Amonia), vi sinh nhưng mức độ ô nhiễm còn thấp và tốt hơn so với nước mặt lưu vực sông Sài Gòn. Trong đó một số vị trí Cầu Sông Buông, Bến đò Hãng Da, phà Bình Khánh là có mức độ ô nhiễm chất rắn và vi sinh khá cao trong lưu vực.
Ô nhiễm bởi dầu mỡ rõ rệt trên đoạn trung lưu. Cần thêm các khảo sát về nồng độ dầu mỡ trên đoạn thượng lưu.
Xét trên yếu tố thủy sinh: có độ ổn định và đa dạng cao hơn sông Sài Gòn. Tuy nhiên, nhiều vị trí đã tìm thấy sự hiện diện của các loài đặc trưng cho môi trường nhiễm bẩn như điểm cầu Phước Hòa.
Trầm tích đáy tại trạm bơm nhà máy nước Thiện Tân và cầu Ông Buông cho thấy đã có sự ô nhiễm kim loại Niken và Cu. Điều này có thể có nguyên nhân từ nước thải của khu công nghiệp Sông Mây, KCN Sonadezi, KCN Biên Hòa, ... nên cần được theo dõi thêm để có kết luận chính xác.
Qua kết quả phân tích cho thấy chất lượng nước khu vực các cửa sông bị ô nhiễm bởi chất hữu cơ và chất dinh dưỡng, rắn lơ lửng và dầu mỡ, trong đó mức độ ô nhiễm tăng cao tại các vị trí thuộc khu vực sông Thị Vải như Cảng Gò Dầu, Cảng Phú Mỹ và Cảng Cái Mép. Mặt khác, trầm tích khu vực Cảng Phú Mỹ có hàm lượng Thủy ngân vượt tiêu chuẩn cho phép.
Xét trên yếu tố thủy sinh: có số loài ít nhất, khoảng biến thiên số loài giữa các điểm quan trắc rộng; số loài đặc trưng cho môi trường nước bị ô nhiễm chiếm tỷ lệ cao; độ đa dạng thấp; chỉ số ưu thế loài cao nhất; đồng thời số loài đặc trưng cho nước ngọt thấp hơn so với sông Sài Gòn, và Đồng Nai. Ngoài ra tại các điểm khảo sát tại vùng cửa sông, tất cả đều giàu dinh dưỡng.