NHNo&PTNT Quận Ba Đình là một ngân hàng cấp 3, nên có cơ cấu tổ chức gọn nhẹ.Từ những ngày đầu khi mới thành lập chi nhánh NHNo&PTNT Quận Ba Đình chỉ có 8 ngời nhng do hoạt động kinh doanh của ngân hàng ngày càng phát triển, nên đến nay 4/2003, cơ cấu tổ chức của chi nhánh đã lên đến 28 ngời.
NHNo&PTNT Quận Ba Đình sắp xếp bố trí bộ máy và phơng thức hoạt động với cơ cấu sau:
Ban giám đốc
Phòng kinh
Ban giám đốc bao gồm hai ngời:
+ Giám đốc NHNo&PTNT Quận Ba Đình, là ngời điều hành chung mọi hoạt động của chi nhánh
+ Phó Giám đốc ngân hàng kiêm kế toán kiểm toán ngân hàng có trách nhiệm điều hành hoạt động của ngân hàng khi giám đốc vắng mặt.
Phòng nghiệp vụ kinh doanh bao gồm một trởng phòng và 6 cán bộ tín dụng. Chức năng của bộ phận tín dụng là:
+ Xây dựng các dự án nhỏ, thẩm định dự án đầu t và dịch vụ tín dụng khác trong địa bàn quận, đợc phân công theo chỉ định của Giám đốc ngân hàng cấp trên trực tiếp quản lý.
+ Làm dịch vụ cho ngân hàng phục vụ ngời nghèo.
+ Xác định, lựa chọn xây dựng mạng lới bán buôn, bán lẻ, làm đại lý giải ngân cho NHNo&PTNT Việt Nam…
Phòng kế toán - ngân quỹ bao gồm một trởng phòng, một phó phòng và nhân viên. Phòng kế toán và ngân quỹ có chức năng sau:
+ Hớng dẫn khách hàng mở tài khoản tại chi nhánh, thực hiện các dịch vụ thanh toán đến cá nhân, tổ chức chuyển tiền nhanh.
+ Trực tiếp kế toán hạch toán thống kê, hạch toán nghiệp vụ thanh toán theo quy định của NHNo&PTNT Việt Nam.