Luật doanh nghiệp năm 1999 ra đời và có hiệu lực từ ngày 1/1/2000 nhng các văn bản hớng dẫn quan trọng phải sau 2 tháng mới đợc ban hành nh:
- Ngày 3/2/2000 Chính phủ mới ban hành Nghị định số 02/2000/NĐ-CP về đăng ký kinh doanh.
- Ngày 2/3/2000 Bộ Kế hoạch và Đầu t mới ban hành thông t số 03/2000/TT - BKH hớng dẫn chi tiết thi hành nghị định số 02/2000/NĐ-CP về
đăng ký kinh doanh.
Và các văn bản khác về đăng ký kinh doanh thì cho đến ngày 7/6/TTLT h- ớng dẫn thi việc tổ chức phòng đăng ký kinh doanh mới đợc ban hành… chính vì thế mà gây khó khăn cho công tác đăng ký kinh doanh theo Luật doanh nghiệp năm 1999, khó khăn cả về quản lý và cấp giấy đăng ký kinh doanh cho doanh nghiệp.
Mặc dù Luật doanh nghiệp 2005 đã quy định khá chi tiết các vấn đề về đăng ký kinh doanh ngay trong luật, nhng cũng không tránh khỏi quy định có thể làm cho cán bộ thực hiện việc đăng ký kinh doanh hiểu không đúng và thực thi một cách cứng nhắc. Bởi luật là những quy phạm chung không thể quy định một cách chi tiết và đầy đủ đợc, việc này là do các văn bản dới luật nh nghị định, thông t do các Bộ, ngành chủ quản có liên quan ban hành hớng dẫn nếu không sớm ban hành các nghị định, thông t hớng dẫn thì luật khó mà đi vào cuộc sống đợc, vì khi luật có hiệu lực rồi mà cha có văn bản hớng dẫn sẽ tạo ra một khoảng trống về luật pháp.
Về nguyên tắc pháp lý, Luật mới có hiệu lực thì tất cả những văn bản cũ phải hết hiệu lực, cho nên nếu cha có văn bản hớng dẫn thì luật cha đợc thi hành. Điều này sẽ gây khó khăn cho các cơ quan đăng ký kinh doanh, vì luật đã có hiệu lực từ ngày 1/7/2006 nhng đến ngày 29/8/2006 Nghị định 88/2006 NĐ- CP mới đợc ban hành. Theo Ông Đào Xuân Đức trởng phòng ĐKKD sở kế hoạch - đầu t TPHCM ngày 3/7 là ngày đầu tiên triển khai Luật doanh nghiệp, trung bình đến đăng ký và nhận giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh là 600 lợt/ ngày.
Mặc dù ngày 14/7/2006 Bộ kế hoạch - đầu t có công văn số 4957/BKH- PTDN về việc thực hiện Luật doanh nghiệp 2005, theo đó khi cha có các nghị định hớng dẫn thi hành Luật doanh nghiệp 2005, công tác đăng ký kinh doanh sẽ đợc thực hiện tạm thời theo quy định cũ. Cụ thể từ ngày 1/7/2006 trong thời gian cha có nghị định về ĐKKD thì tạm thời áp dụng các quy định tại Nghị định số 109/2004/NĐ-CP ngày 2/4/2004 của chính phủ về ĐKKD và các thông
t hớng dẫn thực hiện nhng đảm bảo không trái với Luật doanh nghiệp 2005. Riêng lệ phí ĐKKD đề nghị tiếp tục áp dụng theo quy định tại Quyết định số 83/2000/QĐ-BTC ngày 29/5/2000 của Bộ trởng tài chính ban hành mức thu lệ phí cấp giấy chứng nhận ĐKKD và Quyết định số 95/2001/QĐ-BTC ngày 1/1/2001 của Bộ tài chính quyết định sửa đổi, bổ sung quyết định 83/2000/QĐ- BTC cho đến khi có quy định mới. Cũng theo quyết định này, các hồ sơ ĐKKD hợp lệ nộp tại cơ quan ĐKKD trớc ngày 1/7/2006 thì thực hiện theo quy định của Luật doanh nghiệp 1999, Nghị định số 109/2004/NĐ-CP ngày 2/4/2004 và các thông t hớng dẫn.
V đến ngày 29.8.2006 Nghị định 88/2006 NĐ-CP đã đà ợc ban hành chấm dứt những khó khăn cho cơ quan ĐKKD vì chắc chắn rằng quy định của Luật doanh nghiệp 2005 về ĐKKD sẽ có điểm khác biệt so với quy định của Luật doanh nghiệp 1999