Khoa học, công nghệ là yếu tố ảnh hưởng, tác động mạnh mẽ mang tính chất quyết định đến sự phát triển của công nghệ thanh toán và sự phát triển của TT KDTM. Sự tiến bộ của công nghệ đã tạo điều kiện cho hệ thống thanh toán ngân hàng và các thành viên của hệ thống có thể xử lý một khối lượng lớn thanh toán lớn không chỉ với tốc độ nhanh chóng mà còn đảm bảo tính chính xác cao. Nếu như trước đây, TT KDTM chủ yếu dùng các chứng từ thanh toán và phải luân chuyển khá lớn, luân chuyển qua đường bưu điện, thời gian thanh toán lâu, thậm chí gặp phải nhầm lẫn, sai sót khiến cho TT KDTM chưa thật sự có những tiện ích hơn so với thanh toán bằng tiền mặt. Hiện nay với sự tiến bộ của khoa học kỹ thuật, lượng chứng từ đã giảm đi rất nhiều, luân chuyển chứng từ cũng nhanh hơn, độ chính xác cao hơn, giảm được khối lượng lớn các giấy tờ và công đoạn thanh toán, thời gian thanh toán sẽ nhanh hơn.
Sự tiến bộ của khoa học kỹ thuật, cụ thể là sự phát triển của Internet và điện thoại là các công cụ hỗ trợ quyết định tới sự phát triển của thanh toán điện tử, như Internet banking, mobile banking, phone- banking, ATM… do đó nó cũng thúc đẩy TT KDTM phát triển. Nếu như Internet và điện thoại đã trở thành phổ biến đối với người dân, thì khách hàng có thể tiếp cận được một cách dễ dàng hơn với các dịch vụ thanh toán hiện đại này. Nhờ có sự tiến bộ của khoa học, các công nghệ hiện đại ứng dụng trong thanh toán điện tử liên ngân hàng, thanh toán bù trừ điện tử, liên minh thẻ giữa các ngân hàng, liên minh thẻ giữa ngân hàng với các công ty cung cấp hàng hóa dịch vụ khác...đã
hỗ trợ cho TT KDTM được phát triển. Sự liên minh thẻ giữa các NH giúp cho khách hàng không phải sử dụng nhiều loại thẻ của nhiều NH khác nhau, mà chỉ cần sử dụng một chiếc thẻ có thể giao dịch ở bất kỳ một NH nào, mang lại sự tiện ích cho khách hàng. Nếu không có sự liên kết, thiếu đồng bộ, hệ thống kĩ thuật không thống nhất, các phần mềm và chương trình ứng dụng của các ngân hàng khác nhau không tương thích sẽ gây ra phiền phức cho khách hàng, và cả sự nhầm lẫn sai sót, sẽ không phát huy được lợi ích của việc không sử dụng tiền mặt. Vì vậy, không có sự phát triển của khoa học công nghệ, thì TT KDTM sẽ khó có thể phát triển được.