Thực chất của kiểm soát thu thuế nói chung, thu thuế GTGT nói riêng là giải quyết hài hoà mối quan hệ giữa các cơ quan quản lý Nhà nớc trong lĩnh vực thuế (chủ yếu là ngành Thuế) với các đối tợng nộp thuế - các doanh nghiệp nhằm đặt các mục tiêu của quản lý thu thuế. Do vậy, giải pháp trớc tiên cần phải nhằm giải quyết tận gốc mối quan hệ giữa Cơ quan Thuế với các doanh nghiệp. Hay nói một cách khác, phải xác định đợc mô hình quản lý thu thuế trong giai đoạn tới.
Qua 2 năm thực hiện Luật Thuế GTGT, mô hình quản lý thu thuế theo phơng thức doanh nghiệp tự tính thuế, tự kê khai thuế và nộp tiền thuế vào Kho bạc Nhà nớc về cơ bản đã thể hiện đợc đặc tính u việt của nó. Theo mô hình này, doanh nghiệp đã tự ý thức đợc nghĩa vụ của mình với Nhà nớc, đã nâng cao đợc sự tự giác, tự nguyện. Mô hình này còn thể hiện đợc tính pháp lý của việc nộp thuế, theo đó doanh nghiệp không kê khai và nộp thuế cũng đồng nghĩa với việc vi phạm Pháp luật của Nhà nớc. Chính vì vậy, trong giai đoạn tới, theo tác giả vẫn thực hiện theo mô hình doanh nghiệp tự tính, tự kê khai và nộp thuế vào Kho bạc Nhà nớc. Tuy vậy, chúng ta cần hoàn thiện mô hình này để kiểm soát nguồn thu thuế GTGT thực sự đạt đợc hiệu quả cao. Mục tiêu của nghiệp vụ quản lý thuế trong giai đoạn tới là: thúc đẩy sự tuân thủ tự nguyện các quy định về thuế của đối tợng nộp thuế, tăng cờng hiệu quả công tác quản lý thuế và công tác thanh tra, kiểm tra thuế, thực hiện tự động hoá công tác xử lý thông tin
thuế, phát hiện nhanh các trờng hợp vi phạm về thuế nhằm hạn chế tình trạng trốn thuế, bảo đảm tăng thu cho NSNN. Với mục tiêu trên, phơng hớng hoàn thiện mô hình này thể hiện chủ yếu trên những khía cạnh sau:
Thứ nhất, các doanh nghiệp và hộ kinh doanh lớn sẽ thực hiện việc tự tính, tự kê khai thuế và tự nộp thuế vào Kho bạc Nhà nớc.
Thứ hai, việc nộp thuế phải đợc xác nhận của Kho bạc Nhà nớc. Đồng thời hệ thống Kho bạc phải có sự thông tin liên tục và cập nhật hàng ngày với Cơ quan Thuế để xác định số thuế phải nộp, số thuế đã nộp của các đối tợng nộp thuế.
Thứ ba, bộ phận xử lý tờ khai, chứng từ thanh toán thuế của cơ quan Thuế, nhập tờ khai thuế và chứng từ thanh toán thuế để phát hiện các trờng hợp không nộp tờ khai thuế hoặc không nộp đủ thuế, phát hành thông báo nhắc nhở và cung cấp thông tin cho bộ phận thanh tra thuế, cỡng chế thuế.
Thứ t là xử lý các vi phạm về thuế. Bộ phận Thanh tra thuế lựa chọn các đối tợng có hiện tợng nghi vấn để thực hiện thanh tra, kiểm tra và tiến hành xử lý các hành vi vi phạm về thuế. Bộ phận cỡng chế thuế sẽ thực hiện các biện pháp xử lý thu thuế đối với những doanh nghiệp cố tình không nộp thuế, trốn thuế.
Mô hình này đòi hỏi phải có sự phối, kết hợp giữa 3 bộ phận cấu thành là Cơ quan Thuế, Kho bạc và Đối tợng nộp thuế. Trong đó, Cơ quan Thuế là ngời chịu trách nhiệm trực tiếp với Nhà nớc và do vậy phải đợc nâng cao quyền tự chủ, tự quyết theo quy định của pháp luật. Cơ quan Thuế và Kho bạc Nhà nớc qua quy trình quản lý thu thuế sẽ phát hiện những vi phạm pháp luật thuế của đối tợng nộp thuế. Bên cạnh đó, công tác thanh tra, kiểm tra phải đợc tăng cờng. những vi phạm của đối tợng nộp thuế sẽ đợc xử lý nghiêm minh bằng một hệ thống Luật và văn bản dới Luật đầy đủ và chặt chẽ.