Thứ nhất là về kỹ thuật canh tác, hiện tại phần lớn người dân tại địa phương chưa nắm vững kỹ thuật trồng rau nhút trong mùa nước nổi.
Ví dụ: Trong việc phòng và trị bệnh cho rau nhút, người dân không dự đoán được thời tiết nóng hoặc lạnh hoặc mưa nhiều thì rau nhút bị những bệnh gì mà phòng ngừa cho thích hợp. Chỉ khi nào rau bị bệnh thì mới trị, nhưng khi trị bệnh thì lại sử dụng không đúng thuốc;…
Thứ hai là về mặt tự nhiên, đối với cây rau nhút thì loại cây này rất thích hợp với dòng chảy nhẹ. Nhưng vào mùa nước thì dòng chảy của nước rất mạnh kết hợp với sóng và gió thì cây rau dễ bị chìm và cuốn trôi nên đối với những cánh đồng nhận dòng chảy trực tiếp từ các sông lớn thì khó có thể áp dụng mô hình này, nếu trồng được thì năng suất cũng không cao. Chính vì mặt hạn chế này nên mô hình TRNMNN không thể trồng đơn lẻ 1 hoặc vài hộ được mà phải trồng tập trung với diện tích càng lớn càng tốt.
Thứ ba là vấn đề đầu ra, đây là một vấn đề rất quan trọng, nó quyết định đến sự tồn tại và phát triển của mô hình. Hiện tại, có thể nói đầu ra của cây rau nhút của người dân
7 SGGP. 29.08.2006. Thắng lợi “kép” trong mùa nước nổi. Đọc từ:
http://dhtn.angiang.gov.vn/channel.aspx?Code=NEWS&NewsID=2890&c=3 (đọc ngày 05.05.2003)
xã Thạnh Mỹ Tây là tương đối ổn định, vì hàng ngày cả mùa khô và mùa nước đều có thương lái tại địa phương và một số tỉnh lân cận thu mua do thị trường có nhu cầu về loại rau này. Nhưng điều lo ngại là giá cả biến động và bấp bênh do người dân không hợp tác về giá cả, đắt hay rẻ gì cũng bán, vấn đề khó khăn này là do người dân không hợp tác tìm cho mình một đầu ra chắc chắn và an toàn. Chính vì thế, trong tương lai sẽ gặp khó khăn về đầu ra cho cây rau nhút.
Ba vấn đề trên đã góp phần hạn chế sự phát triển của mô hình TRNMNN ở xã Thạnh Mỹ Tây, Châu Phú, An Giang.