Thanh toán điện tử tại các ngân hàng đang phát triển nhanh chóng đã đẩy nhanh tốc độ thanh toán giữa các ngân hàng và tạo cơ sở cho sự phát triển ngân hàng bán lẻ.
Kể từ khi Ngân hàng Nhà nước thực hiện dự án thanh toán điện tử Liên ngân hàng từ năm 2002, tốc độ thanh toán điện tử đã tăng lên đáng kể. Năm 2005, tổng lệnh thanh toán điện tử là 3,5 triệu. Đến năm 2006, con số này tăng lên 4,5 triệu và đạt đến 6,3 triệu giao dịch.
Tính đến tháng 12/2008, bình quân mỗi ngày các ngân hàng thực hiện khoảng 35.000 đến 45.000 lệnh thanh toán với khối lượng tiền giao dịch lên đến 33 ngàn tỉ đồng. Thời gian thực hiện mỗi giao dịch chỉ mất 10 giây.
Để phát triển thanh toán điện tử, các ngân hàng trong nước cũng đẩy mạnh việc ứng dụng công nghệ thông tin trong hoạt động như triển khai hệ thống ngân hàng lõi, dịch vụ ngân hàng qua Internet, chấp nhận chữ ký điện tử trong giao dịch, đẩy mạnh mạng lưới an toàn bảo mật và mở rộng phương tiện thanh toán như máy ATM và máy POS.
Năm 2005, chỉ có 7 ngân hàng triển khai hệ thống Core Banking, nhưng trong năm 2008 đã có 44 ngân hàng quốc doanh và cổ phần trong nước triển khai hệ thống này. Cùng với việc ứng dụng Core Banking, các ngân hàng đã đẩy nhanh việc thanh toán thông qua hệ thống Internet. Tính đến năm 2008, có 11 ngân hàng triển khai Internet banking cho 9 loại hình dịch vụ khác nhau. Bên cạnh đó, đã có 18 ngân hàng triển khai hệ thống chữ ký điện tử. Để thanh toán điện tử được an toàn cao, đã có 25 ngân hàng triển khai các trung tâm lưu trữ và dự phòng thảm họa tại chỗ, hoặc cách xa trung tâm đến 45 km.
Theo Cục Công nghệ tin học thuộc Ngân hàng Nhà nước, năm 2008 có 39 tổ chức phát hành thẻ với tổng số máy ATM là 6.200 đơn vị và 22.000 điểm chấp nhận thẻ (máy POS), với 15 dịch vụ trên thẻ được áp dụng. Riêng liên minh thẻ SmartLink và BankNet có 4.500 máy ATM, phát hành 9,2 triệu thẻ, chiếm 85% toàn bộ hệ thống.
Với khoảng 15 triệu người sử dụng Internet, gần 50 triệu người sử dụng điện thoại di động hiện nay, rõ ràng Internet banking và Mobile banking sẽ là trào lưu phát triển tiếp theo tương tự như phát triển của thẻ thanh toán.
Tham gia cùng các ngân hàng thực hiện giải pháp thanh toán điện tử trong năm 2008 còn có sự góp mặt đông đảo của các công ty chuyên cung cấp các giải pháp thanh toán điện tử như VinaPay, VNPay, Paynet, MobiVi, OnePay và MobizCom. Ngày 02/11/2008, thêm một nhà cung cấp giải pháp thanh toán trực tuyến mới là Công ty Experian (Anh) đã công bố chính thức gia nhập thị trường thanh toán điện tử tại Việt Nam.