Có thể nói, thực hiện kiểm toán là giai đoạn quan trọng nhất trong mọi cuộc kiểm toán. Qua cuộc kiểm toán tại Công ty X do Kiểm toán Nhà nớc thực hiện, nh phần trớc đã trình bày ta thấy còn nhiều vấn đề cần đợc giải quyết. Dới góc độ của một đề tài nghiên cứu nhỏ, không thể nêu ra hết những vấn đề cần giải quyết, em chỉ xin nêu một số kiến nghị góp phần hoàn thiện quy trình kiểm toán BCTC tại DN Nhà nớc thông qua giai đoạn thực hiện kiểm toán. Đó là cần nâng cao tính khoa học trong việc ghi chép của KTV. Trên thực tế, trong quá trình thực hiện kiểm toán, nhiều KTV ghi chép trên giấy làm việc rất qua loa. Theo em, để cuộc kiểm toán BCTC do Kiểm toán Nhà nớc thực hiện tốt thì việc ghi chép của KTV trên giấy làm việc phải đợc chú trọng và ghi chép một cách
khoa học, sẽ giúp tổng hợp một cách nhanh chóng trên BCKT. Nh vậy với những khoản chênh lệch và những sai sót cha đợc xác minh thì nên đa vào bảng kê chênh lệch và bảng kê xác minh.
Hiện nay trong quá trình thực hiện kiểm toán tại Kiểm toán Nhà nớc, các KTV nói chung ít chú trọng đến việc xác định mức độ trọng yếu. Đây là một vấn đề phức tạp nhng vô cùng quan trọng để xác định những công việc KTV cần làm để nâng cao chất lợng và tiết kiệm chi phí kiểm toán. Bên cạnh đó việc đánh giá quy mô mẫu và số lợng mẫu chọn để tiến hành kiểm toán nhiều khi cha hợp lí tại Kiểm toán Nhà nớc. Trong thực tế, ĐKT thờng chọn mẫu theo nguyên tắc số lớn, nghĩa là khoản mục nào, đơn vị kiểm toán nào có số d lớn sẽ có cơ hội đợc chọn. Điều này sẽ gây khó khăn cho ngời soát xét công việc mà lại không đảm bảo chắc chắn rằng mọi sai sót, gian lận đều tập trung vào các khoản mục có số d lớn, nó có thể xảy ra ở các khoản mục có số d nhỏ và có thể ảnh hởng trực tiếp đến chất lợng của các kết luận kiểm toán. Theo em, Kiểm toán Nhà nớc nên thực hiện chọn mẫu theo phơng pháp ngẫu nhiên bởi vì đối tợng mẫu phần lớn là các chứng từ đã đánh số thứ tự trớc. Cách chọn mẫu này đảm bảo cho mọi phần tử trong tổng thể đều có khả năng chọn vào mẫu. Ngoài ra, do bị hạn chế về thời gian các cuộc kiểm toán nên hiện nay kiểm toán DN Nhà nớc chủ yếu là kiểm tra sổ sách, số liệu kế toán tại DN đợc kiểm toán, cha có điều kiện để kiểm kê tài sản, đối chiếu công nợ tại các đơn vị có liên quan dẫn đến nhiều khả năng bỏ sót gian lận của các DN, nhiều hợp đồng giả mạo, nợ khống, hóa đơn giả để rút tiền Nhà nớc nếu không đối chiếu thì khó có thể phát hiện đợc. Để có đợc thông tin từ bên thứ ba, Kiểm toán Nhà nớc chỉ ở mức gửi th xác nhận, nh vậy vẫn cha đảm bảo đợc tính trung thực của thông tin do bên thứ ba cung cấp. Theo em Nhà nớc nên quy định cụ thể giao cho Kiểm toán Nhà nớc một số quyền có thể kiểm tra cụ thể hơn nữa các DN liên quan đến cuộc kiểm toán khi cần thiết.