Để hạn chế rủi ro trong hoạt động nói chung của ngân hàng, hoạt động cho vay và sắp tới là hoạt động bao thanh toán Navibank cần tăng cường các biện
pháp phòng ngừa rủi ro bao gồm việc củng cố lại các biện pháp hạn chế rủi ro truyền thống và áp dụng thêm nhiều biện pháp hạn chế rủi ro mới có hiệu quả.
Đối với biện pháp hạn chế rủi ro truyền thống cần nâng cao chất lượng khâu thẩm định khách hàng bằng cách hoàn thiện hơn nữa hệ thống chấm điểm tín nhiệm khách hàng, kiểm tra độ chính xác thông tin khách hàng cung cấp và tận dụng tối đa các kênh thông tin bên ngoài để thu thập thêm thông tin của khách hàng. Định kỳ đánh giá lại tài sản bảo đảm của khách hàng, nhất là trong thời kỳ kinh tế nhiều biến động. Thực hiện quản lý giám sát thường xuyên thông qua tạo dựng mối quan hệ với khách hàng để không làm mất lòng khách hàng và đạt hiệu quả quản lý cao. Ngoài ra ngân hàng cần thực hiện tốt việc trích lập quỹ dự phòng rủi ro tín dụng. Những điều này cũng rất quan trọng khi thực hiện quản lý các khoản phải thu khi tiến hành bao thanh toán.
Bên cạnh các biện pháp quản lý rủi ro truyền thống khi thực hiện bao thanh toán Navibank có thể áp dụng thêm nhiều biện pháp mới để phòng ngừa rủi ro bao thanh toán cũng như cho hoạt động cho vay như: mua bảo hiểm và thực hiện chứng khoán hóa các khoản nợ. Khi tiến hành hoạt động bao thanh toán do nguồn đảm bảo và thu nợ chính là các khoản phải thu do vậy việc cần thiết đối với ngân hàng là mua bảo hiểm cho các khoản phải thu này. Navibank có thể mua bảo hiểm với từng danh mục các khoản phải thu từ các công ty bảo hiểm, tiến hành thỏa thuận với công ty bảo hiểm thông qua đó xây dựng các phương án bảo hiểm an toàn và đồng thời rảng buộc trách nhiệm của nhà bảo hiểm.
Một biện pháp mới nữa Navibank có thể áp dụng là chứng khoán hóa các khoản nợ. Chứng khoán hóa là quá trình tập hợp và tái cấu trúc các tài sản thiếu tính thanh khoản nhưng lại có thu nhập cao bằng tiền trong tương lai như các khoản phải thu, các khoản nợ chuyển đổi thành trái phiếu hay gọi chung là chứng khoán và đưa
ra giao dịch trên thị trường. Một cách dễ hiều, chứng khoán hóa là việc chuyển các thể thức tín dụng thành thể thức chứng khoán, phát hành ra công chúng tạo điều kiện thuận lợi cho việc mua bán của các nhà đầu tư. Chứng khoán tài sản tài chính được hình thành từ việc chuyển đổi các khoản phải thu, như phải thu từ hoạt động cho vay hay từ hoạt động bao thanh toán. Ngân hàng hay những tổ chức cho vay sẽ chuyển các khoản phải thu này thành trái phiếu, bán cho các nhà đầu tư để thu về nhanh chóng các khoản nợ đó. Về phía các nhà đầu tư khi cầm chứng khoán này trong tay họ sẽ trở thành các chủ nợ mới và có quyền đòi cả gốc lẫn lãi khi giấy nợ đã đến hạn. Tuy nhiên với những khoản nợ không có tài sản thế chấp thì độ rủi ro khi cầm chứng khoán rất cao vì có thể sẽ không đòi lại được khoản nợ này do thế không thu hút các nhà đầu tư. Tóm lai, trong nhiều trường hợp đây là một biện pháp phòng ngừa rủi ro hữu hiệu cho ngân hàng.