Hiện nay, khu du lịch Chùa Hương là một trong những điểm khai thác trọng yếu của ngành du lịch tỉnh Hà Tây. Hàng năm vào mùa lễ hội, Chùa Hương đón tiếp một lượng khách lớn, chiếm tỷ lệ trên 40% lượng khách đến toàn tỉnh. Tuy nhiên, sự phát triển đó vẫn chưa tương xứng với tiềm năng của khu du lịch . Tình trạng kinh doanh du lịch “ăn xổi ở thì”, kinh doanh mang tính “chụp giật”, “ manh mún” đã khuyến khích các hoạt động kiếm lời thiếu văn hoá làm ảnh hưởng nghiêm trọng tới môi trường, cảnh quan, làm mất dần đi những giá trị có một không hai của khu du lịch. Điều này xuất phát từ những hoạt động kinh doanh khai thác. phục vụ du lịch một cách bừa bãi, thiếu quy hoạch do hoạt động quản lý khai thác khu du lịch còn lỏng lẻo, thiếu đồng bộ. Nguyên nhân sâu xa và cũng là vấn đề nổi cộm nhất tại khu du lịch chính là chưa có một mô hình quản lý một cách hợp lý tương xứng với một điểm du lịch lớn của Hà Tây nói riêng và đất nước ta nói chung.
Theo quy định tại điều 12 chương III của pháp lệnh bảo vệ và sử dụng di tích lịch sử và danh thắng thì UBND tỉnh Hà Tây chịu trách nhiệm quản lý và bảo vệ khu thắng cảnh Chùa Hương. Năm 1983 UBND tỉnh Hà Tây ( Hà Sơn Bình cũ ) đã ra quyết định giao khu thắng cảnh này cho UBND huyện Mỹ Đức quản lý. Quyết định này đã không được sự nhất trí của Bộ Trưởng Bộ Văn Hoá đương thời. Từ đó trên danh nghĩa, việc bảo vệ khu du lịch Chùa Hương được giao cho một cơ quan mang tên “ Công ty thắng cảnh Hương Sơn” vừa làm nhiệm vụ quản lý nhà nước vừa thực hiện chức năng khai thác dịch vụ du lịch. Nhưng do nhiều nguyên nhân khác nhau cơ quan này đã tồn tại trong tình trạng “ hữu danh vô thực”. Cuối năm 1996, theo quyết định số 215 ngày 16/04/1996 của UBND tỉnh Hà Tây công ty này đổi tên thành “ Công ty du lịch thắng cảnh Hương Sơn” thuộc sở du lịch, làm chức năng quản lý kinh doanh bảo vệ tôn tạo và phát triển khu thắng cảnh Hương Sơn. Từ năm 1997 - 2000 thì quản lý và tôn tạo bảo vệ phát triển khu thắng cảnh Hương Sơn lại giao cho UBND tỉnh Hà Tây (tháng 8/1998). Đến năm 2001 đến nay việc quản lý khu di tích thắng cảnh Hương Sơn lại được giao cho UBND huyện Mỹ Đức. Có thể nói cho đến nay trải qua mấy lần thay đổi cơ quan quản lý nhưng việc tổ chức quản lý, bảo tồn và khai thác tài nguyên vẫn chưa tương xứng với giá trị của khu du lịch. Việc UBND huyện Mỹ Đức được giao nhiệm vụ quản lý khu di tích thắng cảnh Hương Sơn tuy cũng có một số uư điểm nhất định, nhưng xét trên nhiều khía cạnh việc phân cấp quản lý và mô hình quản lý khai thác hiện nay vẫn chưa phát huy hết thế mạnh và tương xứng với tiềm năng và vị trí của danh thắng, một công trình thiên nhiên và nhân tạo không chỉ có ý nghĩa trong nước mà còn mang tầm quốc tế đang được Bộ Văn Hoá Thông Tin đề nghị UNESCO công nhận là di sản văn hoá thế giới.