Khu du lịch chùa Hương là khu du lịch có tiềm năng du lịch rất lớn chưa được khai thác tốt nên vẫn còn nhiều hạn chế của kinh doanh du lịch. Quản lý khai thác khu du lịch chùa Hương được các cấp lãnh đạo của Đảng, Nhà nước và chính quyền rất quan tâm. Hiện nay ban quản lý khu du lịch cũng như chính quyền huyện Mỹ Đức đang cố gắng hoàn thiện và quản lý có hiệu quả khu du lịch. Tuy nhiên với mô hình hiện nay đã có những u điểm và hạn chế nhất định.
* Ưu điểm:
-Ban quản lý khu di tích và thắng cảnh chùa Hương và UBND huyện Mỹ Đức đã tìm ra được cách quản lý với các tiểu ban trong ban quản lý vào dịp lễ hội rất tốt, đã nắm bắt và phân công nhiệm vụ cho từng bộ phận một cách chặt chẽ, quy củ.
- Ban quản lý trực thuộc sự quản lý của UBND huyện Mỹ Đức có lợi thế rất lớn là huyện hiểu được rõ lợi thế và hạn chế của khu du lịch một cách có căn cứ, cách nhìn đầy đủ, và cụ thể hơn.
- UBND huyện Mỹ Đức cùng bộ phận công an huyện và xã Hương Sơn nắm rõ được tình hình an ninh trật tự hạn chế trường hợp móc túi và ăn xin tại khu du lịch.
* Nhược điểm:
- Khu du lịch chùa Hương là khu du lịch có tiềm năng lớn, đang được Bộ văn hóa trình lên UNESCO công nhận là di sản thế giới mà để ở tầm quản lý thuộc cấp huyện thì còn còn gặp nhiều hạn chế về trình độ, nghiệp vụ.
- Bộ máy quản lý còn cồng kềnh, quản lý không chặt chẽ. Đội ngũ cán bộ, nhân viên của bộ máy quản lý còn do người dân nhặt lên nên trình độ phục vụ dịch vụ và khả năng giao tiếp còn kém. Họ chỉ vì mục đích lợi ích cá nhân. Các nhân viên bộ phận bến bãi vi phạm cấu kết với kẻ môi giới làm thâm hụt ngân sách nhà nước bằng cách cho khách vào mà không cần kiểm tra vé. Trong khi đó khách vẫn phải trả tiền vé thắng cảnh và tiền chở đò cho lái đò và người môi giới.
Các nhân viên trong bộ máy quản lý đa phần là những người dân lao động, quen với cách làm việc tự do, họ không có sự ràng buộc của cơ quan nhà nước như cán bộ công nhân viên chức nhà nước. Khi họ vi phạm thì mức xử lý chỉ là không
được làm ở vị trí đó họ vẫn về với cuộc sống người lao động của nhà nông. Mặt khác, vẫn còn do thói quen, nếp sống cả nể với bà con làng xóm nên dẫn đến tình trạng trốn thuế, trốn vé và môi giới khách .
Do không có trình độ nghiệp vụ về du lịch nên hạn chế không tạo ra các sản phẩm du lịch hấp dẫn và tận dụng được các tài nguyên quý giá của khu du lịch.
Do cơ quan quản lý chỉ ở cấp huyện nên nhiều khi còn hạn chế về mặt quyền lực. Khi muốn thực hiện một dự án nào đó phải xin ý kiến của các cấp lãnh đạo cao hơn gây nên tình trạng mất thời gian và nhiều khi gây nên tình trạng mâu thuẫn.
- Việc quản lý tiền thu chi của nhà chùa chưa được chặt chẽ.
- Do quản lý không chặt chẽ nên vẫn xuất hiện nhiều kẻ môi giới, giành giật khách gây mất trật tự an ninh và khó chịu cho khách.
- Các cơ quan chức năng tìm ra được các phương hướng nhưng chưa quản lý có hiệu quả, chưa có bộ máy tổ chức điều hành thống nhất.
- Quản lý tổ chức nhà nước: Các lĩnh vực còn thiếu đồng bộ, thống nhất, chưa có quy chế mang tính +pháp lý để quản lý khai thác kinh doanh du lịch.
- Chưa có sự phối hợp tốt giữa các ban ngành có liên quan. Các ban ngành chưa thấy được tầm quan trọng và trách nhiệm của mình.
Các cơ quan quản lý có quyền hạn chồng chéo lên nhau , cơ quan nào cũng muốn mình trực tiếp theo sự quản lý của mình nhưng thực tế họ lại không có đủ quyền lực để tự quyết định. Khi có một việc cần quyết định thì phải chịu sự chi phối của rất nhiều các cơ quan khác nhau và nhiều khi dẫn đến mâu thuẫn. Ví dụ như để xây dựng một ngôi chùa mới xã quyết định cho xây nhưng sở văn hoá lại không đồng ý dẫn đến mâu thuẫn giữa hai bên. Ai cũng bảo vệ ý kiến của mình dẫn đến các chính sách trái ngược nhau và gây những tiêu cực ảnh hưởng xấu đến khu du lịch .
Việc phân chia lợi ích kinh tế chưa được rõ ràng . Các cơ quan chức năng còn nặng về lợi ích riêng mà tranh giành quyền lực. Người dân thì vì lợi ích cá nhân mà nảy sinh các họat động kém văn minh, tranh giành khách, bắt ép giá khách. Xã thì cấp phép cho xây dựng các chùa, động và thu lệ phí trái phép. Các thôn tranh giành các
khu kinh doanh và việc phân công chèo đò chở khách.
Do cơ chế quản lý nhà nước quyền lợi cuả nhân viên không gắn chặt với cơ quan quản lý. Nhân viên không quan tâm đến tình hình tài chính của khu du lịch mà chỉ nhận lương theo quy định của nhà nước.
Ngoài dịp lễ hội việc quản lý khai thác khu du lịch không được quan tâm đích đáng gây nên hiện tượng rất vắng khách. Cán bộ thường trực tại khu vực chính như chùa Thiên Trù, động Hương Tích không tích cực, nghỉ sớm nên hiện tượng bắt chẹt khách du lịch về muộn vẫ xảy ra. Tại các trạm công an dọc đường leo núi ngoài mùa lễ hội không còn có người thường trực đảm bảo an ninh an toàn cho du khách.