Mục tiêu nghiên cứu hệ thống nông nghiệp là làm tăng khả năng sản xuất và lợi nhuận cho hộ nông dân. Do vây, đầu tiên làm phải nhận ra nhân tố làm cản trở sản xuất của nông hộ ở vùng nghiên cứu. Những trở ngại ảnh hưởng đến phát triển sản xuất của nông hộ bao gồm:
- Năng suất cây trồng vật nuôi thấp so với tiềm năng: có thể do tác động của các yếu tố thuộc về sinh học, tác động của kỹ thuật không phù hợp.
- Năng suất cây trồng và vật nuôi không ổn định và không bền vững. - Sử dụng nguồn lực đất đai, lao động, tiền vốn không hiệu quả. - Hiệu quả kinh tế thấp.
- Chi phí sản xuất cao.
Người ta thường đánh gía mức độ khó khăn của nông dân trên ba phương diện: + Mức độ nghiêm trọng: dựa trên phần trăm giảm sút về năng suất và lợi nhuận. + Mức độ thường xảy ra: 5 năm, 10 năm, 1 hay 2 năm xảy ra một lần.
+ Mức độ phổ biến: dựa trên phần trăm diện tích bị ảnh hưởng: nhẹ (1 - 15%), tương đối (16-25%), trầm trọng (26-50%), rất trầm trọng (>50%).
Trong nghiên cứu có những trở ngại mà nhóm nghiên cứu có thể can thiệp trực tiếp, cũng có những trở ngại phải can thiệp gián tiếp thông qua đề xuất những chính sách hợp lý. Những trở ngại có thể do tác động qua lại giữa các yếu tố ràng buộc mà gây ra như giữa các yếu tố: điều kiện tự nhiên, yếu tố sinh học và môi trường kinh tế xã hội. Nhiệm vụ của nhà nghiên cứu là phải xem xét những tác động qua lại giữa các yếu tố ràng buộc đó để xác định được trở ngại nào là chính, hạn chế nhiều tới sản xuất, từ đó tìm ra giải pháp thích hợp.
* Biện pháp giải quyết nhằm khắc phục những trở ngại có thể là:
- Chính sách: Một số vấn đề giải quyết bằng chính sách như giá cả, thuế, tín dụng, lãi suất, đầu tư xây dựng kết cấu hạ tầng, chính sách sử dụng ruộng đất...
- Kỹ thuật: Có thể là cả một hệ thống kỹ thuật mới, có thể là sản phẩm mới mà cũng có thể là biện pháp kỹ thuật riêng rẽ.
- Củng cố các tổ chức phục vụ sản xuất để giải quyết các trở ngại nhằm hỗ trợ cho việc hoạt động sản xuất của nông hộ. Cải tiến các tổ chức này có thể là cải tiến tổ chức đầu tư như cung cấp tín dụng cho các hộ cần thiết, tổ chức khuyến nông, dịch vụ kỹ thuật và cung ứng vật tư. Các tổ chức này chủ yếu xây dựng để phục vụ cho các kiểu tổ chức hoạt động sản xuất của nông dân.