Huyện Yên Châu là vùng đất cổ hình thành và phát triển sớm từ những năm thuộc thiên niên kỷ thứ nhất. Là mảnh đất nằm giữa những mường lớn của người Thái như: Mường Sang (Mộc Châu), Mường Mụa (Mai Sơn). Người Thái Tây Bắc quen gọi vùng đất này là Mường Vạt (tên cổ xưa nhất của Yên Châu vào thế kỷ thứ XIII). Thời Trần gọi là Mường Việt, Trần Minh Tông sau khi đánh Ngư Hống đã đóng quân ở đây và gọi là phủ Thái Bình. Đến đầu thời Lê, phủ Thái Bình được đổi thành Việt Châu. Đến đời nhà Nguyễn, năm Minh Mệnh thứ 3 mới đổi Việt Châu thành Yên Châu và nằm trong tổng Lâm Thạch, thuộc phủ Gia Hưng. Ngày 21 tháng 7 năm 1959, theo Quyết định số: 20-QĐ/TC của Uỷ ban hành chính khu tự trị Thái - Mèo đã chia lại địa dư Yên Châu bao gồm 13 xã. Năm 1979, theo Quyết định của Chính Phủ, các xã dọc Sông Đà của Yên Châu thuộc về huyện Bắc Yên, một số xã của huyện Mộc Châu xát nhập vào huyện Yên Châu, hiện nay Yên Châu có 14 xã, 1 thị trấn tổng số 154 bản với cộng đồng các dân tộc gồm 6 anh em đoàn kết, gắn bó, chung sống từ lâu đời với những nét văn hoá đặc trưng riêng của mỗi dân tộc như: điệu múa xoè “au eo” của người Khơ Mú; hay “tiếng hát làm dâu” của người Mông;
tài thêu thùa, đan lát của người Thái, v.v... đã góp phần không nhỏ cho kho tàng văn hoá của dân tộc và là tiền đề của việc phát triển du lịch văn hoá của Yên Châu nói riêng và tỉnh Sơn La nói chung.
- Là một huyện có khá nhiều cảnh quan hấp dẫn cho du lịch sinh thái, nghỉ dưỡng như: Hồ Chiềng Khoi, mó nước nóng Chiềng Đông, tuyến du lịch sinh thái Na Pa - Sông Đà, v.v..