Ba tỉnh và một Thành phố trong địa bàn nghiên cứu đều có điều kiện tự nhiên chung với
điều kiện tự nhiên của ĐBSCL có điều kiện khí hậu về nhiệt độ và mưa gần giống nhau. Có hai mùa mưa và nắng rõ rệt, mùa mưa kéo dài từ tháng 5 tới tháng 11 Dương lịch.
Trung tâm Học liệu ĐH Cần Thơ @ Tài liệu học tập và nghiên cứu
Điều kiện tự nhiên này rất thuận cho sản xuất nông nghiệp, nhưng đối với thuỷ sản thì vào mùa mưa là mùa vụ sinh sản của hầu hết các loài cá nước ngọt trong vùng.
Khu vực đầu nguồn (An Giang và Đồng Tháp) có điều kiện tự nhiên thuận lợi cho việc khai thác thuỷ sản bởi vì có hệ thống sông ngòi chằng chịt gồm sông Tiền và sông Hậu, là nguồn cung cấp nguồn lợi thuỷ sản tự nhiên cho vùng. Hàng năm nước lũ kéo dài từ 2
đến 4 tháng, trong đó khu vực đầu nguồn thì có thời gian ngập lũ dài hơn và ngập lũ sâu hơn khu vực giữa và cuối nguồn (Cần Thơ và Hậu Giang). Điều đó cho thấy khu vực đầu nguồn có điều kiện tự nhiên thuận lợi cho khai thác nguồn lợi thuỷ sản tự nhiên. Trong khi đó, vùng giữa và cuối nguồn thì chỉ có hệ thống sông Hậu là nguồn cung cấp thuỷ sản tự nhiên cho vùng lũ của khu vực này nên sản lượng thuỷ sản tự nhiên sẽ không phong phú như khu vực đầu nguồn.
Theo Nguyễn Văn Trọng và Trần Thanh Xuân (2007) thì yếu tố tự nhiên quan trọng nhất
để quyết định sự phong phú thành phần loài nguồn lợi thủy sản ở ĐBSCL là mức nước lũ
hàng năm. Trong đó, mức nước lũ và thời gian ngập lũ là yếu tố quyết định thành phần loài và sản lượng của nguồn lợi thủy sản tự nhiên.