Chương trình tái cơ cấu của NHTMCP NTVN xây dựng từ cuối năm 2004 và đã đạt được mục tiêu phải đa dạng hóa danh mục cho vay theo hướng:
+ Tránh cho vay tập trung vào một số khách hàng
+ Tăng tỷ lệ cho vay đối với thành phần kinh tế ngoài quốc doanh.
Để đạt được mục tiêu trên, trong những năm qua, các chương trình mở rộng cho vay đối với Doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài FDI, Doanh nghiệp vừa và nhỏ SME và cá thể đã được NHTMCP NTVN chú trọng đẩy mạnh và đã đạt được một mốc số khá quan trọng. Tỷ lệ cho vay NHTMCP NTVN chiếm gần 80% tổng dư nợ năm 2005 xuống còn 45% năm 2008. Cái được của chương trình hướng tới các doanh nghiệp ngoài quốc doanh này đó là: (i) Quan niệm của các cán bộ tín dụng NHTMCP NTVN đã thay đổi và mạnh dạn trong đầu tư cho vay, (ii) Tỷ lệ nợ quá hạn luôn ở mức thấp, (iii) Việc xử lý tỷ lệ tài sản đảm bảo trong trường hợp có rủi ro dễ dàng hơn. Điều này được thể hiện cụ thể như sau, năm 2008: Cơ cấu cho vay của NHTMCP NTVN thể hiện sự hài hoà giữa các lĩnh vực, phù hợp với chiến lược phát triển chung của nền kinh tế. Hai nhóm lĩnh vực chính là sản xuất chế biến và thương mại dịch vụ chiếm tỷ trọng lớn trong cơ cấu tín dụng trong khi NHTMCP NTVN hầu như không cho vay đầu tư chứng khoán (trừ các khoản cho vay cán bộ nhân viên mua cổ phiếu ưu đãi NHTMCP NTVN ) và đầu cơ bất động sản. Tiếp đó, sang đến năm 2009: cơ cấu dư nợ tín dụng theo khách hàng: Dư nợ SME chiếm 27,0% tổng dư nợ - vượt chỉ tiêu kế hoạch. Dư nợ thể nhân chiếm 9,8% tổng dư nợ. Tỷ lệ dư nợ thể nhân còn thấp hơn so với kế hoạch là do khi Ngân hàng thực hiện các biện pháp thắt
chặt tín dụng thì tại hầu hết các chi nhánh đối tượng này bị áp dụng hạn chế cho vay nhiều nhất.