Hiện nay,tự do hóa thương mại ngày càng phát triển, các tổ chức liên kết kinh tế, chính trị ngày một tăng, dần dỡ bỏ các hàng rào thuế quan và phi thuế quan, tuy nhiên làm cho các nước phát triển tăng cường sử dụng các biện pháp bảo hộ tinh vi hơn đó là việc tăng cường quản lý vệ sinh an toàn thực phẩm để bảo vệ sức khỏe, bảo vệ môi trường ví dụ như:
Kể từ 19-11, Indonesia sẽ chính thức áp dụng quy định mới về quản lý vệ sinh an toàn thực phẩm (VSTTP) đối với mặt hàng rau quả xuất khẩu vào nước này. Theo đó, các lô hàng thực phẩm tươi sống có nguồn gốc thực vật xuất khẩu sang Indonesia phải kèm theo chứng nhận VSATTP hoặc giấy chứng nhận phân tích do cơ quan có thẩm quyền cấp và tờ khai thông tin về sản phẩm do nhà sản xuất tự kê khai.
Chính phủ Indonesia vừa ra một quy định mới áp dụng từ ngày 18-8-2009 yêu cầu các nhà xuất khẩu trái cây, rau quả sang Indonesia phải có giấy chứng nhận phân tích an toàn vệ sinh thực phẩm (CoA) do cơ quan kiểm dịch cấp
Biện pháp SPS (Kiểm dịch vệ sinh động thực vật)là những quy định do chính phủ EU đề ra nhằm bảo vệ sức khỏe động thực vật, bảo vệ con người trước những rủi ro nhất định về an toàn thực phẩm và các căn bệnh lây nhiễm qua
động thực vật. Hiệp định SPS quy định các quốc gia thành viên của WTO có thể áp dụng mọi biện pháp cần thiết để tự bảo vệ trước những rủi ro được liệt kê trong Hiệp định nhưng đi kèm với một số điều kiện nhất định để đảm bảo các biện pháp là chính đáng, áp dụng một cách minh bạch và không phân biệt đối xử. Các mặt hàng xuất khẩu phải tuân thủ các quy định SPS của EU gồm: Thủy sản đánh bắt và nuôi trồng; sản phẩm từ thực vật như gạo, hồ tiêu, cà phê, chè, hạt nhân, tiêu rau quả tươi; thực phẩm chế biến; sản phẩm từ động vật gồm cả mật ong và thịt; gỗ (loại có thể có sâu rầy) Nhìn chung, các biện pháp SPS do EU đề ra là tương đối chặt chẽ. Vì thế, thách thức đối với các doanh nghiệp xuất khẩu vào EU trước hết là phải hiểu biết rõ ràng về các quy định SPS của EU, tìm ra cách thức hiệu quả và tiết kiệm chi phí để tuân thủ các quy định này. Vấn đề an toàn thực phẩm ngày càng được khách hàng xem trọng không chỉ ở thị trường xuất khẩu mà ngay cả thị trường nội địa. Đây là thách thức lớn của ngành Nông nghiệp nói chung và rau quả nói riêng.Thực tế cho thấy, đã có một số lô rau quả xuất khẩu của Việt Nam từng bị nhà nhập khẩu khiếu nại. Đó là vấn đề dư lượng thuốc bảo vệ thực vật đối với các lô thanh long tươi xuất đi Đan Mạch (năm 2006), xuất sang Anh (năm 2007), năm 2008, thanh long xuất khẩu cũng bị phát hiện dư lượng prochloraz…
Một số mặt hàng khác như:, dứa có hàm lượng Asid lactic, vải hộp có hàm lượng kim loại, rau đông lạnh xuất đi Nhật bị phát hiện có vật lạ (nút áo, tóc)… Một số thị trường như: Nhật Bản, Hàn Quốc, Hoa Kỳ, Đài Loan… không cho nhập rau quả tươi từ Việt Nam do vấn đề "ruồi đục quả".
Một số nhà nhập khẩu châu Âu cũng yêu cầu doanh nghiệp xuất khẩu rau quả chế biến (đóng hộp, cô đặc, đông lạnh…) phải có xác nhận "giống không chuyển đổi gien" hoặc phải cung cấp danh mục các loại thuốc bảo vệ thực vật, phân bón đã sử dụng đối với nguyên liệu đầu vào cho sản phẩm.
Quả và nước quả đóng hộp nhập khẩu vào Hoa Kỳ phải đáp ứng các tiêu chuẩn của Cục quản lý Thực phẩm và dược phẩm Hoa Kỳ (FDA) về phân biệt sản phẩm, chất lượng, và độ đầy. Các tiêu chuẩn này được hướng dẫn chi tiết ở mục 21 CFR 145 và 146.
Rau đóng hộp: FDA có những qui định cụ thể về tiêu chuẩn phân biệt sản phẩm, chất lượng, và độ đầy đối với nhiều loại rau đóng hộp. FDA thiết lập những qui cách tối thiểu đối với các loại rau đóng hộp về độ mềm, mầu sắc v.v. Hàng không đạt những tiêu chuẩn này vẫn có thể được phép nhập khẩu vào Hoa Kỳ nhưng với điều kiện vẫn tốt cho sức khỏe và trên hộp phải có ghi chú đậm “Chất lượng không đạt tiêu chuẩn” và tiếp theo đó là dòng chữ “Thực phẩm tốt – Không phải là chất lượng cao”, hoặc có ghi chú giải thích rõ hàng không đạt tiêu chuẩn ở điểm nào ví dụ như “quá vụn” chẳng hạn.
Rau đóng hộp phải đáp ứng tiêu chuẩn về độ đầy do FDA qui định. Ví dụ, đối với cà chua và ngô đóng hộp cả cái và nớc phải chiếm không dưới 90% tổng dung tích của hộp, hoặc trọng lượng không nước tối thiểu của cái cà chua là 50% dung lượng chứa nước của hộp. Đối với những loại rau không có tiêu chuẩn cụ thể về độ đầy thì nguyên tắc chung là phải đóng đầy hộp.