Sau rất nhiều nỗ lực nhằm xử lý nợ tồn đọng, tính đến hết năm 2006, số nợ xấu trung dài hạn ở NHNT hiện là 303 tỷ đồng. Số nợ xấu hiện vẫn đang ở mức cao này không những làm xấu đi bảng tổng kết tài sản của Ngân hàng mà còn gây ra những khó khăn trong hoạt động của Ngân hàng khi NHNT phải gồng mình lên để đạt được một mức doanh thu lớn vừa để trang trải cho các chi phí phát sinh, vừa tự bù đắp cho các khoản cho vay không sinh lời mà vẫn phải trả lãi tiền gửi. Việc này sẽ đặc biệt khó khăn cho NHNT khi phải cạnh tranh với các chi nhánh Ngân hàng nước ngoài, mà hoạt động kinh doanh của họ phải bù đắp cho những khoản cho vay không sinh lời. Trước hết NHNT cần phải có tiềm lực về vốn mạnh, NHNT đã trình NHNN phê duyệt kế hoạch cổ phần hoá, nhằm tăng vốn điều lệ, đồng thời cơ cấu lại Ngân hàng từ đó giảm tỷ lệ nợ xấu trên tổng dư nợ.
Sau đó có thể xử lý các khoản nợ tồn đọng này theo các hướng sau:
• Xin trợ cấp từ NHNN:
Đối với số nợ của ngân sách nhà nước và nợ không có tài sản đảm bảo, không còn đối tượng thu nợ đã được khoanh, NHNT cần làm việc với bộ tài chính và NHNN để tìm cách giải quyết sớm. Để giải quyết số nợ này, cách tốt nhất là bộ tài chính, NHNN cấp nguồn cho NHNT để xoá nợ, nếu không
chính phủ có thể cho phép NHNT tiếp tục hạch toán nợ vào chi phí hoạt động. Song để thực hiện cách thứ hai, đòi hỏi NHNT phải tiếp tục nỗ lực cao để hoạt động kinh doanh có lãi lớn để có thể hạch toán vào chi phí mà vẫn duy trì được lợi nhuận.
• Thu nợ trực tiếp từ khách hàng:
Thu nợ trực tiếp từ khách hàng là biện pháp cơ bản để giải quyết tận gốc các khoản nợ tồn đọng, tuy nhiên biện pháp này chỉ có hiệu quả đối với các doanh nghiệp còn hoạt động và còn khả năng trả nợ. Cách nhanh chóng nhất để thu hồi nợ vay là NHNT miễn giảm một phần nợ lãi cho khách hàng và động viên doanh nghiệp bán một phần tài sản không thật cần thiết để trả nợ. Cách thứ hai, công phu hơn là Ngân hàng lập lại lịch trả nợ cho doanh nghiệp, cùng doanh nghiệp xem lại kế hoạch kinh doanh, dùng các biện pháp mềm mỏng “nuôi con nợ để thu nợ”, đồng thời hạn bớt lãi suất, giảm phí dịch vụ... để doanh nghiệp có thể phục hồi việc kinh doanh và trả nợ cho Ngân hàng. Trong trường hợp này, NHNT cần phối hợp với doanh nghiệp để tìm ra nguyên nhân dẫn đến khó khăn của doanh nghiệp, từ đó có hướng khai thác thích hợp, chẳng hạn doanh nghiệp gặp khó khăn trong khâu tiêu thụ sản phẩm, cần có các biện pháp giúp doanh nghiệp cắt giảm chi phí, giải phóng hàng tồn kho, cải tiến mẫu mã, chất lượng sản phẩm, thay đổi phương thức bán hàng... Doanh nghiệp khó khăn do vốn bị chiếm dụng quá nhiều thì hướng tháo gỡ cần bắt đầu từ các đối tác mua hàng chịu của doanh nghiệp... Nguyên nhân dẫn đến rủi ro cho doanh nghiệp rất đa dạng bởi vậy phương pháp khai thác, khắc phục áp dụng đối với từng doanh nghiệp cũng khác nhau, NHNT cần phối hợp với khách hàng để xây dựng một phương án thu nợ chặt chẽ, xác định chính xác các công việc khách hàng phải làm, các kết quả cần đạt được cũng như mốc thời gian đạt được kết quả đó.
Hiện nay, thị trường bất động sản đang biến động theo hướng có lợi cho Ngân hàng, thêm vào đó, sự ra đời của thông tư liên tịch số 03/2001/TTLT- NHNN –BTP-BCA-BTC-TCĐC cũng đã tạo điều kiện thuận lợi cho các Ngân hàng bán tài sản đảm bảo để thu hồi nợ vay, bởi vậy Ngân hàng nên tranh thủ bán những tài sản đảm bảo mặc dù giá bán chưa thể bù đắp khoản cho vay để nhanh chóng thu hồi vốn, tránh trường hợp tài sản bị xuống cấp, hư hỏng, lấn chiếm...
• Nhờ đến sự can thiệp của pháp luật để thu hồi nợ
Nhờ đến sự can thiệp của toà án là phương thức không Ngân hàng nào muốn thực hiện, song là một cơ quan kinh doanh, NHNT cần thiết kiên quyết khởi kiện ra toà án đối với các con nợ không thiện chí hợp tác với Ngân hàng để có thể nhanh chóng thu hồi nợ.
• Tăng cường tích luỹ dự phòng rủi ro
Trong điều kiện bán tài sản đảm bảo và thu nợ của khách hàng còn nhiều khó khăn như hiện nay thì quỹ dự phòng rủi ro là nguồn quan trọng để xử lý nợ tồn đọng.
Với các khoản nợ đã xử lý bằng quỹ dự phòng, Ngân hàng cần có kế hoạch theo dõi, tiếp tục thu hồi nợ nếu có thể để làm tăng nguồn thu cho Ngân hàng.