Tín dụng là lĩnh vực hoạt động chứa đựng mức độ rủi ro cao nhất. Tín dụng trung dài hạn lại càng chứa đựng nhiều rủi ro hơn. Để kịp thời phát hiện và ngăn ngừa những tổn thất có thể xảy ra trong hoạt động tín dụng trung dài hạn, NHNT cần phải thiết lập được một hệ thống kiểm soát, kiểm toán nội bộ một cách đầy đủ và hiệu quả.
Công tác kiểm tra kiểm toán nội bộ có thể giúp Ngân hàng phát hiện ra các dấu hiệu rủi ro phát sinh trong từng nghiệp vụ riêng lẻ để có biện pháp xứ lý, khắc phục kịp thời, đồng thời nó cũng có khả năng dự báo được các rủi ro trong tương lai, giúp ban lãnh đạo quản lý tốt các rủi ro trong toàn hệ thống. Song để kiểm tra, kiểm toán nội bộ có thể phát huy được hiệu quả của nó, việc kiểm toán cần định hướng vào rủi ro, cụ thể là:
• Xây dựng kế hoach kiểm toán và thực hiện kiểm toán cần định hướng theo rủi ro
Những hoạt động trọng yếu có nhiều rủi ro như hoạt động tín dụng phải được giám sát liên tục. Chu kỳ kiểm toán cũng không đều đặn để các đơn vị kiểm toán không thể đối phó được với kế hoạch kiểm toán. Ngoài ra, khi sai phạm đã trở nên rõ ràng hoặc khi cần những thông tin nhất định, cần đảm bảo có thể tiến hành kiểm toán đặc biệt (ngoài kế hoạch) bất cứ lúc nào.
• NHNT nên nhanh chóng vận dụng phương thức kiểm toán hệ thống hay kiểm toán tổng thể vào thực tiễn.
Đây là phương thức kiểm toán mới, rất khoa học. Kiểm toán hệ thống là hình thức kiểm soát trước các quy trình thực hiện nên có thể dự báo những rủi ro trong tương lai. Nhờ phương thức kiểm toán này, người lãnh đạo Ngân hàng sẽ biết được hiện nay Ngân hàng đang phải đối mặt với những rủi ro nào, các biện pháp hạn chế rủi ro đã được áp dụng như thế nào, có hữu hiệu không... Kiểm toán nội bộ cũng sẽ quyết định có thực hiện biện pháp khắc phục khác hay không sau khi tính đến mặt hiệu quả của phương pháp khắc phục. Kiểm toán hệ thống là hình thức kiểm tra trước, xem xét cả quy trình cũng như tính hiệu lực của quy trình nên có thể đưa ra riêng lẻ không thể thực hiện được. Việc áp dụng phương thức này không những nâng cao hiệu quả của kiểm toán mà còn giúp Ngân hàng tiết kiệm chi phí và thời gian hơn so với kiểm toán riêng lẻ.
• Thông tin là yếu tố hết sức cần thiết để tạo một cơ chế kiểm soát nội bộ có hiệu quả, do đó phải có tổ chức hệ thống thông tin thống nhất cập nhật, chính xác. Hệ thống thông tin phải đảm bảo an toàn, có các kênh thông tin liên lạc tốt, bao gồm việc truyền lên cấp trên, cấp dưới và theo chiều ngang giữa các đơn vị.
• Không ngừng nâng cao chất lượng kiểm toán viên: chất lượng kiểm toán phụ thuộc chủ yếu vào trình độ của kiểm toán viên, bởi vậy, kiểm toán viên nội bộ phải được đào tạo tốt, đảm bảo có năng lực chuyên môn cao, có tinh thần trách nhiệm và ý thức được vai trò, trách nhiệm của mình.