Theo mô hình tổ chức hiện nay của BHTG Việt Nam, các chi nhánh khu vực hoàn toàn thụ động trong việc hoạch định chiến lược hoạt động cũng như phát triển các sản phẩm dịch vụ. Trong chiến lược tổng thể của BHTG Việt Nam (phần thứ 4) đưa ra việc tái cấu trúc hệ thống BHTG và phát triển nguồn nhân lực. Trong xu thế hội nhập ngành tài chính ngày càng đặt ra cho BHTG Việt Nam nhiều thách thức, việc cần thiết thay đổi mô hình hoạt động là hết sức cần thiết. Qua nghiên cứu hoạt động BHTG một số quốc gia trong khu vực và các nước khác việc cần thiết xây dựng mô hình hoạt động của BHTG Việt Nam theo mô hình công ty cổ phần trong đó nhà nước nắm quyền quản trị, khi đó các chi nhánh khu vực trở thành công ty con và được phân cấp quản lý theo từng khu vực. Mặt khác cần xác định mục tiêu lợi nhuận mới có thể tiến tới xây dựng mô hình bảo hiểm tiền gửi theo mức độ rủi ro, bên cạnh đó cần phải có cơ chế giám sát quyền hạn của BHTG Việt Nam khi được khai thác mảng bảo hiểm tiền gửi, tránh rơi vào thế độc quyền.
Đồng bằng sông Cửu long với một địa bàn rộng, cạnh tranh trong hoạt động ngân hàng là rất lớn giữa các TCTD, việc cần thiết phải xây dựng chi nhánh BHTGVN khu vực này như sau:
- Mô hình hoạt động như một công ty con.
- Được phân quyền quyết định chính sách BHTG trong khu vực phụ trách, tự chịu trách nhiệm về kết quả của chi nhánh.
- Quyết định về việc tuyển dụng nhân sự theo phân cấp quản lý.