Trước năm 2002, phương pháp sử dụng trong công tác định giá doanh nghiệp CPH chỉ là phương pháp tài sản. Do có sự kế thừa và rút kinh nghiệm trong thực tiễn nên các văn bản pháp luật ra đời sau đã có những sửa đổi quan trọng. Đặc biệt Thông tư 104 đã phân biệt 6 khái niệm quan trọng:
• Giá trị doanh nghiệp theo sổ kế toán
• Giá trị thực tế của doanh nghiệp
• Giá trị phần vốn của Nhà nước theo sổ kế toán
• Giá trị thực tế phần vốn của Nhà nước tại doanh nghiệp
• Giá trị lợi thế kinh doanh của doanh nghiệp
Thông tư 104 cũng quy định cụ thể hơn cách thức xác định giá trị của các loại tài sản trong doanh nghiệp, trong đó có tính đến giá trị lợi thế của doanh nghiệp. Giá trị thực tế của doanh nghiệp sẽ được tính bằng tổng giá trị của các loại tài sản đã được xác định giá trị.
Tuy nhiên, việc sử dụng duy nhất một phương pháp tài sản đã bộc lộ những hạn chế.Các doanh nghiệp khác nhau sẽ có đặc điểm kinh tế kỹ thuật khác nhau, thì liệu chỉ sử dụng một công thức xác định giá trị TSCĐ (Quy định tại Thông tư 104) có hợp lý?Giá trị thị trường của tài sản tại thời điểm xác định giá trị doanh nghiệp là không dễ dàng xác định. Có tài sản đã mua từ lâu, không còn xuất hiện trên thị trường. Có những tài sản mang tính đặc thù, hoàn toàn không có thị trường để xác định. Hơn nữa, mỗi ngành nghề sẽ có cơ cấu tài sản (TSHH+TSVH) khác nhau trong việc cấu thành nên giá trị doanh nghiệp, liệu một phép cộng tổng có phản ánh chính xác giá trị của doanh nghiệp?
Nghị định 64 năm 2002 đã kết hợp thực hiện xác định giá trị doanh nghiệp bằng hai phương pháp:
• Phương pháp tài sản ròng: Xác định giá trị doanh nghiệp dựa trên cơ sở
giá trị thực tế của toàn bộ tài sản hữu hình, vô hình của doanh nghiệp tại thời điểm định giá.
• Phương pháp dòng tiền chiết khấu: Xác định giá trị doanh nghiệp căn cứ
vào khả năng sinh lời của doanh nghiệp trong tương lai.
Tuy nhiên, đối tượng áp dụng của phương pháp chiết khấu dòng tiền chỉ hạn chế trong các doanh nghiệp hoạt động trong các ngành dịch vụ thương mại, dịch vụ tư vấn, thiết kế xây dựng, dịch vụ tài chính kế toán, tin học, chuyển giao công nghệ. Một điều kiện đi kèm là tỷ suất lợi nhuận sau thuế trên vốn chủ sở hữu bình quân 5 năm liền kề trước thời điểm chuyển đổi sở hữu phải cao hơn lãi suất trái phiếu Chính phủ kỳ hạn 10 năm ở thời điểm gần nhất với thời điểm xác định giá trị doanh nghiệp.
Nghị định 187 ra đời năm 2004 đã có sự “thông thoáng” hơn trong việc cho phép doanh nghiệp lựa chọn phương pháp xác định giá trị. Ngoài hai phương
pháp cơ bản quy định tại Nghị định 64, doanh nghiệp có thể sử dụng phương pháp khác, nếu đảm bảo được sự hợp lý và có sự chấp thuận của Bộ Tài chính.