Mỗi ngành nghề, mỗi lĩnh vực đều có những đặc điểm kinh tế kỹ thuật đặc trưng, các doanh nghiệp thuộc các ngành nghề khác nhau đòi hỏi phải có sự lựa chọn trong phương pháp định giá là khác nhau. Ví dụ như những doanh nghiệp bảo hiểm hoặc tư vấn. Giá trị tài sản thực của các doanh nghiệp này có thể không lớn nhưng uy tín, thương hiệu hay giá trị tài sản vô hình có thể là rất lớn. Nếu áp dụng phương pháp định giá tài sản thì giá trị thu được có thể thấp, trong khi tiềm năng sinh lời của doanh nghiệp lại rất cao. Một ví dụ khác là về doanh nghiệp hàng không. Doanh nghiệp này có đặc điểm là giá trị tài sản cố định rất lớn, bên cạnh đó, giá trị tài sản vô hình là uy tín và thương hiệu cũng không nhỏ. Vậy ta phải áp dụng phương pháp định giá nào đây? Phải chăng phương pháp nào cho giá trị cao hơn thì ta chọn phương pháp đó?
Hiện nay, hai phương pháp chính được sử dụng trong hoạt động định giá là phương pháp tài sản và phương pháp dòng tiền chiết khấu. Nhưng vấn đề ở đây là lựa chọn phương pháp nào cho doanh nghiệp nào? Thực tế cho thấy chúng ta chưa có sự cân nhắc trong vấn đề này. Và trong thời gian vừa qua, phần lớn các doanh nghiệp được định giá bằng phương pháp tài sản.
Đối với các doanh nghiệp hoạt động trong lĩnh vực dịch vụ tài chính, ngân hàng, bảo hiểm, kiểm toán, tư vấn, thiết kế, xây dựng, tin học, chuyển giao công nghệ, … có giá trị tài sản hữu hình không nhiều nhưng giá trị tài sản vô hình là rất lớn mà phương pháp định giá tài sản không phản ánh hết được thì phương pháp dòng tiền chiết khấu sẽ là giải pháp hợp lý hơn cả.
Trên thế giới hiện nay có khá nhiều phương pháp định giá doanh nghiệp nhưng nếu xét đến bối cảnh kinh tế ở nước ta hiện nay thì không phải phương pháp nào cũng áp dụng được. Ngay cả phương pháp dòng tiền chiết khấu cũng gặp nhiều
trở ngại trong thực tiễn. Nguyên nhân là do khi áp dụng các phương pháp này ta sẽ gặp phải nhiều vướng mắc và hạn chế:
1. Việc chuyển từ DNNN sang Công ty cổ phần là sự thay đổi về cấu trúc doanh nghiệp, thay đổi chủ sở hữu. Điều này tác động rất lớn đến hoạt động sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp. Do vậy, việc xây dựng ngay một kế hoạch kinh doanh cho doanh nghiệp sau CPH trước thời điểm định giá, từ đó dự đoán về doanh thu, lợi nhuận, dòng tiền của doanh nghiệp sau đó là rất khó thực hiện. Nếu thực hiện được thì kết quả cũng không thực sự đáng tin cậy do doanh nghiệp sẽ chịu nhiều biến cố không lường trước được sau chuyển đổi. Trong trường hợp này, phương pháp chiết khấu luồng cổ tức, chiết khấu luồng tiền tự do sẽ khó thực hiện hơn.
2. Từ quan điểm quản lý vĩ mô, các DNNN thường có hiệu quả hoạt động kém, lãi thấp, không có lãi, thậm chí lỗ. Đối với những doanh nghiệp như vậy, nếu áp dụng phương pháp chiết khấu dòng tiền dựa trên số liệu hiện tại, giá trị doanh nghiệp thường thấp hơn giá trị tài sản, thậm chí âm, không phù hợp với thực tế doanh nghiệp.
3. Hệ thống cơ sở dữ liêu ở nước ta chưa có sự đầu tư thiết lập. Một phần vì không có chủ trương, chỉ đạo. Một phần vì thị trường chưa phát triển, chưa hội tụ đầy đủ thông tin và chuyên gia cho quá trình tính toán, xác định. Các thông tin về chỉ số bình quân ngành, tỷ lệ tăng trưởng, thị phần (P/E, IRR,…) hầu như không có. Các chỉ số này lại là đầu vào cho các phương pháp xác định giá trị như tỷ lệ so sánh, chiết khấu dòng tiền nên áp dụng các phương pháp này sẽ gặp khó khăn.
4. Trong quá trình định giá bằng phương pháp so sánh hay chiết khấu dòng tiền, nhà định giá sẽ đưa ra rất nhiều giả định, dự đoán dựa trên kinh nghiệm của mình. Các giả định này thường khó kiểm định về tính chính xác và trung thực. Giả định và dự đoán có độ tin cậy càng cao khi nhà định giá có chuyên môn sâu và kinh nghiệm lâu năm. Hiện tại, đội ngũ cán bộ định giá ở nước ta có trình độ chuyên môn chưa cao cũng như kinh
nghiệm tích lũy chưa nhiều. Kết quả định giá áp dụng những phương pháp trên sẽ dẫn đến những sai lệch mang tính chủ quan.
5. Phần lớn các phương pháp định giá thông qua chiết khấu luồng tiền hay tỷ lệ so sánh đều phải sử dụng thị trường chứng khoán hoặc các công ty đã niêm yết để làm chuẩn. Để đáp ứng được các tiêu chuẩn này, thị trường chứng khoán phải là thị trường đã phát triển. Hiện nay thị trường chứng khoán của ta còn non trẻ và sơ khai, vì thế mà không thể là đại diện cho nền kinh tế, làm chuẩn cho thị trường.