Bên cạnh những kết quả đạt được thì Tổng Công ty bao bì Việt Nam vẫn còn những mặt hạn chế, tồn tại cần khắc phục.
Do đội ngũ cán bộ có kinh nghiệm phần lớn đã về hưu, thay vào đó là lớp trẻ chưa có kinh nghiệm nên hoạt động kinh doanh nhập khẩu giấy của Tổng công ty năm vừa qua có giảm sút phần nào. Đội ngũ nhân viên trẻ với sự năng động vốn có của mình cũng đã rất cố gắng kế thừa những thành công mà lớp trước để lại. Nhưng do kinh nghiệm còn non yếu cũng như sự va vấp với thương trường chưa nhiều nên họ cũng gặp phải không ít khó khăn khi tham gia vào hoạt động kinh doanh nhập khẩu.
Hạn chế trong quá trình chuẩn bị dự án trước khi ký kết hợp đồng. Hiện nay, giai đoạn chuẩn bị dự án trước khi ký kết hợp đồng của Tổng công ty chưa được coi trọng đúng mức. Khi có một dự án mới các cán bộ nghiệp vụ dự án vẫn chưa mang tính hệ thống mà đó chỉ là trách nhiệm của từng cán bộ khi tham gia vào hợp đồng. Các cán bộ này phải chịu trách nhiệm trong tất cả quá trình chuẩn bị, từ việc phân tích những thuận lợi và khó khăn trong nội bộ của Tổng công ty khi thực hiện dự án đến việc phân tích đặc điểm của công nghệ nhập khẩu có phù hợp với khách hàng hay không… Do có quá nhiều khâu trong việc chuẩn bị dự án trước khi ký kết nên thường bị các cán bộ có liên quan bỏ qua các khâu, làm ảnh hưởng tới hiệu quả kinh doanh của Tổng công ty.
Hoạt động tìm kiếm khách hàng của Tổng công ty còn chưa tốt, khách hàng của Tổng công ty chủ yếu là các khách hàng truyền thống, thân quen hoặc là do họ tự tìm đến với Tổng công ty chứ không phải do Tổng công ty tìm được. Điều này một phần do sức ỳ của chính Tổng công ty từ những năm nền kinh tế còn trong thời
kỳ bao cấp. Họ chưa thực sự năng động trong hoạt động tìm khách hàng cho chính mình mà đây lại là hoạt động mấu chốt của các doanh nghiệp kinh doanh trong nền kinh tế thị trường. Các doanh nghiệp muốn tồn tại được trong nền kinh tế thị trường luôn phải năng động trong việc tìm kiếm cả đầu vào và đầu ra cho sản phẩm. Hơn nữa, Tổng công ty cũng chưa có bộ phận chuyên trách về vấn đề này nên hoạt động tìm kiếm khách hàng trong nước cũng như ngoài nước của Tổng công ty còn tương đối trì trệ.
Tổng Công ty còn phụ thuộc quá nhiều vào các bạn hàng truyền thống như, Nhật Bản, Hàn Quốc, Trung Quốc… Tổng Công ty cần có những thị trường nhập khẩu mới tiềm năng để tránh rủi ro trong quá trình nhập khẩu. Các đối tác chính mà Tổng Công ty thường xuyên giao dịch trong quan hệ mua bán nhiều khi không đáp ứng đủ lượng hàng Tổng công ty cần, gây khó khăn cho Tổng công ty trong việc hoàn thành kế hoạch được giao. Cho nên vấn đề nhập khẩu nguyên liệu cho ngành bao bì nhiều khi chưa đáp ứng được nhu cầu.
Việc nắm bắt thông tin thị trường của Tổng công ty còn yếu, không có sự nhanh nhạy trong việc nắm bắt thông tin. Việc nắm bắt thông tin trong thời kỳ kinh tế thị trường là cực kỳ quan trọng đối với tất cả các doanh nghiệp kinh doanh. Doanh nghiệp nào thu thập thông tin nhanh, xử lý thông tin có hiệu quả sẽ có lợi thế rất lớn trong hoạt động kinh doanh của mình. Việc thu thập thông tin có thể được thực hiện bằng nhiều cách khác nhau, bằng nhiều kênh khác nhau. Việc loại bỏ những thông tin sai lệch, thông tin gây nhiễu có ý nghĩa rất lớn đối với hoạt động kinh doanh của các doanh nghiệp. Có khi, việc thu thập thông tin còn tốn một khoản chi phí không nhỏ nhưng lợi nhuận thu được từ những thông tin đó còn cao hơn nhiều. Tổng công ty Bao Bì Việt Nam (VPC) chưa thực sự quan tâm đến vấn đề này nên không tránh khỏi những tổn thất do việc không nắm bắt thông tin một cách kịp thời dẫn tới việc dự đoán trong hoạt động kinh doanh bị sai lệch như một số lô hàng nhập về khi giá cao, khi hàng về đến nơi thì giá lại giảm nên không tránh
khỏi việc tồn đọng hàng không lưu thông được. Đây cũng là một trong những hạn chế tương đối lớn của Tổng công ty.
Tổng Công ty còn bị hạn chế trong việc huy động nguồn vốn kinh doanh. Với đặc thù là một doanh nghiệp có chức năng về hoạt động kinh doanh xuất nhập khẩu, cho nên Tổng công ty rất cần một nguồn vốn lớn để quay vòng kinh doanh. Tuy nhiên, vốn tự có của Tổng công ty là rất thấp, nguồn vốn chủ yếu là do đi vay mà có. Nhưng không phải lúc nào Tổng công ty cũng thuận lợi trong quá trình huy động nguồn vốn vay, nhất là ngoại tệ dùng trong thanh toán hàng hoá nhập khẩu. Trong vài năm gần đây, tỷ giá giữa đồng Việt Nam và đồng Ngoại tệ thường xuyên có sự biến động, thị trường giá cả trong nước và thế giới biến động theo chiều hướng tăng đã ảnh hưởng trực tiếp đến hoạt động kinh doanh của Tổng công ty, mặt khác nguồn ngoại tệ của các Ngân hàng cũng hạn chế đã gây không ít khó khăn cho Tổng công ty trong việc mua Ngoại tệ trả nợ cho các Hợp đồng tín dụng.
Do kinh doanh với đối tượng khách hàng lớn, đơn hàng nhiều với số lượng cao nên Tổng công ty đã bỏ qua lợi nhuận do việc kinh doanh bán lẻ mang lại. Tuy rằng việc kinh doanh với những khách hàng lớn rất có lợi vì đơn hàng của họ rất đều cũng như lượng hàng mua tương đối lớn nhưng điều này sẽ tạo nên sự phụ thuộc của Tổng công ty vào những khách hàng đó. Bên cạnh đó, số lượng khách hàng lẻ là rất nhiều, đơn hàng của họ tuy nhỏ lẻ nhưng lợi nhuận thu được từ những khách hàng này lại lớn hơn so với những khách hàng lớn. Đây cũng là một cách để Tổng công ty phân tán bớt rủi ro trong kinh doanh. Nếu như kinh doanh với cả những khách hàng nhỏ lẻ thì khi có sự biến động bất lợi trên thị trường, rủi ro mà Tổng công ty phải gánh chịu sẽ giảm đi một cách tương đối so với việc chỉ kinh doanh với một số khách hàng lớn như hiện nay. Chính điểm hạn chế này cũng là nguyên nhân làm cho doanh số của Tổng công ty chưa thực sự tương xứng với tiềm năng nhập khẩu cũng như kinh doanh của mình.