Hoạt động huy động vốn luôn được chi nhánh chú trọng phát triển.
Tổng nguồn vốn đến ngày 31/12/2006 đạt 6.377 tỷ đồng, tăng 1.786 tỷ đồng, vượt 13% so với kế hoạch được giao, so với năm 2005 tốc độ tăng trưởng đạt 39%. Trong đó nguồn vốn huy động tại chỗ đạt 4.574 tỷ đồng, tăng 64,7%. Tổng nguồn vốn đến ngày 31/12/2007 là 5.143 tỷ, trong đó nguồn vốn huy động tại chỗ là 3.263 tỷ đồng, nguồn vay BHXH 1,880 tỷ đồng. Trong năm có sự chuyển dịch về cơ cấu, nguồn huy động từ doanh nghiệp giảm từ 84% xuống 81%; tiền gửi dân cư tăng từ 16% lên 19%. Nếu so sánh với năm 2006 ta thấy tổng nguồn có sự sụt giảm 1.230 tỷ
đồng. Nguồn vốn giảm bởi nguồn huy động kỳ phiếu tạm thời của các tổ chức tín dụng đến hạn phải thanh toán (NHCT Việt Nam không cho huy động tiếp). Mặt khác năm 2007, các doanh nghiệp nhất là các doanh nghiệp lớn chuyển hướng tham gia đầu tư mạnh vào lĩnh vực tài chính, ngân hàng, thị trường chứng khoán; dân cư do lạm phát đã chuyển một phần sang đầu tư mạnh vào thị trường bất động sản, sự phát triển mạnh mẽ của thị trường chứng khoán đã hút mạnh mẽ nguồn vốn từ dân cư. Tổng nguồn giảm nhưng với 5.143 tỷ đây vẫn là nguồn vốn lớn, ổn định đã tạo thế chủ động trong kinh doanh cho chi nhánh, đồng thời đóng góp không nhỏ cho nguồn vốn điều hòa chung của hệ thống NHCT Việt Nam.
Năm 2008, tổng nguồn vốn huy động đến 31/12/2008 là 5.034 tỷ đồng, đạt 104% kế hoạch được giao. Trong đó: nguồn vốn bằng VND là 4.736 tỷ, chiếm tỷ trọng 94%; nguồn vốn bằng ngoại tệ là 298 tỷ đồng, chiếm 6%. Cơ cấu nguồn vốn giữ ổn định, tỷ trọng nguồn vốn huy động từ doanh nghiệp chiếm 81%, tiền gửi dân cư chiếm 19%. Năm 2008 lạm phát tăng cao ngay từ những tháng đầu năm và đạt kỷ lục vào giữa năm đã ảnh hưởng rất lớn đến hoạt động sản xuất kinh doanh của các doanh nghiệp và đời sống dân cư. Tình hình huy động vốn của các NHTM hết sức khó khăn. Cuộc chạy đua lãi suất diễn ra vô cùng quyết liệt giữa các ngân hàng, mặt bằng lãi suất huy động liên tục tăng cao cho đến cuối quý III và chỉ bắt đầu giảm vào những tháng cuối năm. Để đảm bảo hiệu quả kinh doanh buộc các NHTM phải tăng lãi suất cho vay. Trước tình hình đó các doanh nghiệp đã tận dụng tối đa nguồn vốn tự có và tự điều hòa trong nội bộ doanh nghiệp của mình để duy trì hoạt động sản xuất kinh doanh nên nguồn vốn nhàn rồi gửi vào ngân hàng của các tổ chức đã giảm mạnh. Tuy nhiên nguồn vốn huy động được của chi nhánh vẫn giữ mức ổn định ở mức trên 4.400 tỷ đồng, thể hiện sự cố gắng rất lớn của chi nhánh. Để đạt được kết quả đó, chi nhánh đã biết chủ động, linh hoạt nắm bắt tình hình diễn biến của thị trường cũng như hoạt động của khách hàng để triển khai kịp thời các sản phẩm dịch vụ mới, các chính sách khách hàng phù hợp, có tính cạnh tranh cao, nhằm duy trì mối quan hệ tốt mối quan hệ với khách hàng truyền thống và thu hút ngày càng nhiều khách mới.
Bên cạnh việc tập trung nghiên cứu áp dụng các sản phẩm tiền gửi đa dạng để thu hút và giữ ổn định nguồn vốn từ các tổ chức, chi nhánh cũng rất chú trọng đẩy mạnh công tác huy động vốn từ dân cư bằng việc tăng cường phát triển mạng lưới. Trong năm chi nhánh đã mở mới them điểm giao dịch tại số 43 phố Hàng Cót, bước
đầu hoạt động hiệu quả và cuối năm đã khai trương phòng giao dịch Trúc Bạch tại số 05 phố Nguyễn Biểu, quận Ba Đình nhằm tăng cao khả năng cạnh tranh và đáp ứng nhu cầu ngày càng lớn của khách hàng. Ngoài ra chi nhánh còn có nhiều biện pháp nhằm đáp úng ngày càng tốt hơn nhu cầu giao dịch của khách hàng như kéo dài thời gian làm việc hàng ngày và sang thứ 7 hàng tuần tại trụ sở chính và các phòng giao dịch, tuyên truyền thông tin về các sản phẩm dịch vụ của ngân hàng, không ngừng đạo tạo đội ngũ cán bộ… Chính vì vậy mặc dù áp lực cạnh tranh trên thị trường là ngày càng cao nhưng chi nhánh NHCT Hoàn Kiếm vẫn khẳng định được vị thế và tạo niềm tin ngày càng lớn đối với các khách hàng.