Bên cạnh những thuận lợi thì công tác tiếp dân, xử lý và giải quyết đơn thƣ khiếu nại, tố cáo và tranh chấp về đất đai tại sở Tài nguyên và Môi trƣờng Vĩnh Phúc còn gặp không ít những khó khăn, trở ngại:
Trong những năm gần đây đất đai trên địa bàn tỉnh có nhiều biến động, giá trị đất đai tăng so với các năm trƣớc đây, công tác quản lý sử dụng đất gặp rất nhiều khó khăn, phức tạp do vậy việc khiếu nại tố cáo liên quan đến đất đai ngày càng phức tạp.
Do cơ chế chính sách pháp luật về đất đai còn nhiều hạn chế lại không đồng bộ, gây khó khăn cho công tác giải quyết khiếu nại, tố cáo. Chủ trƣơng chính sách của Đảng, Nhà nƣớc còn có một số điểm chƣa phù hợp với thực tế. Chính sách pháp luật đất đai của Nhà nƣớc có nhiều sự thay đổi, trong đó có quy định về bồi thƣờng về đất đai, tài sản khi thu hồi đất. Hiện nay việc quản lý đất đai còn áp dụng nhiều nghị định, thông tƣ… nên việc quản lý rất chồng chéo và cồng kềnh, chƣa đáp ứng đƣợc nhu cầu của xã hội.
Ý thức chấp hành, hiểu biết pháp luật đất đai của một số công dân chƣa cao, còn coi thƣờng pháp luật, mặc dù đã có quyết định giải quyết lần cuối nhƣng công dân vẫn khiếu nại tiếp do đó gây mất nhiều thời gian của cơ quan có thẩm quyền để xử lý.
Việc ngƣời bị khiếu nại không hợp tác với cơ quan có thẩm quyền trong giải quyết vẫn tiếp tục xảy ra. Nhiều trƣờng hợp cơ quan thụ lý đơn mời
nhiều lần nhƣng ngƣời khiếu nại không đến hoặc đến làm việc nhƣng không ký vào biên bản gây khó khăn cho công tác giải quyết .
Mặc dù vậy, công tác tiếp dân, xử lý và giải quyết đơn thƣ khiếu nại, tố cáo, tranh chấp về đất đai hiện nay theo quy định của Luật Đất đai 2003 thì giải quyết khiếu nại, tố cáo và tranh chấp liên quan đến lĩnh vực đất đai chỉ là một trong 13 nội dung quản lý. Song số đơn thƣ thƣờng chiếm tỉ lệ lớn trong tổng số các đơn thƣ khiếu kiện và đã đƣợc các cấp dƣới giải quyết nhƣng không đƣợc sự nhất trí của ngƣời dân nên hầu hết các vụ việc thời gian giải quyết bị kéo dài không giải quyết dứt điểm đƣợc trong thời gian luật quy định. Mặt khác hầu hết các vụ việc khiếu kiện về đất đai đều có liên quan đến việc quản lý trƣớc đây nhƣng việc lƣu trữ hồ sơ không đầy đủ hoặc hồ sơ đã quá cũ nát không đảm bảo độ chính xác do vậy việc điều tra, xác minh gặp rất nhiều khó khăn.