ĐHQG-HCM cần sớm triển khai xây dựng đề án và lộ trình tự chủ trình Chính phủ phê duyệt để thực hiện. Khi các đơn vị thành viên thực hiện đổi mới cơ chế hoạt động thì ĐHQG-HCM cần quan tâm đến tính hệ thống, đến cơ chế quản lý, cơ cấu tổ chức bộ máy, vận hành, tính cạnh tranh giữa các đơn vị thành viên, đặc biệt là cơ chế tài chính nhằm giúp cho cơ sở các trường thành viên và các đơn vị trực thuộc đảm bảo cân đối được nguồn tài chính để vận hành, đồng thời đảm bảo chất lượng đào tạo và nghiên cứu khoa học, chế độ chính sách với người học
xem xét, hướng dẫn cho các đơn vị trực thuộc lập các đề án phát triển (các sản phẩm mới) đáp ứng với mục tiêu đề ra. ĐHQG-HCM cần xây dựng phương án tài chính cụ thể nhằm tháo gỡ những khó khăn về tình hình tài chính của những đơn vị trực thuộc. Ngoài ra, ĐHQG-HCM cần rà soát, chỉnh sửa, hoàn chỉnh các văn bản quy phạm pháp luật như quy chế quản lý tài chính, quy định về quản lý tài sản, hướng dẫn mua sắm tập trung, hướng dẫn xây dựng quy chế chi tiêu nội bộ…phù hợp với chủ trương, cơ chế tự chủ theo Nghị định 186/2013/NĐ-CP của Thủ tướng Chính phủ về ĐHQG, Quyết định 26/2014/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ về cơ chế hoạt động của ĐHQG và các cơ sở GDĐH thành viên, đặc biệt công tác xây dựng và đề xuất Chính phủ phê duyệt “Cơ chế đặc thù về tài chính”, đề án “Đổi mới cơ chế hoạt động” đối với ĐHQG-HCM và các cơ sở GDĐH thành viên.
Phát huy vai trò của Hội đồng trường trong công tác quản lý tài chính. ĐHQG-HCM cần quy định về trách nhiệm, vai trò của Hội đồng trường trong việc quản trị đơn vị thành viên và trực thuộc gắn với xu hướng tự chủ hóa và hội nhập quốc tế. Trong đó, Hội đồng trường phải được thể hiện vai trò đại diện sở hữu, có chức năng xây dựng kế hoạch chiến lược, định hướng phát triển trường. Chẳng hạn như quyền được bổ nhiệm Hiệu trưởng, Phó Hiệu trưởng, để tổ chức thực hiện kế hoạch chiến lược đã đề ra; giám sát việc tổ chức thực hiện chiến lược. Song song với thành lập Hội đồng trường thì cũng cần xây dựng cơ chế chế tài liên quan tới việc thành lập Hội đồng trường, làm rõ mối quan hệ, chức năng, nhiệm vụ của Hội đồng trường với Đảng ủy và Ban Giám hiệu để tránh việc trùng lặp quyền quyết định, phát sinh các khó khăn trong quá trình hoạt động của các trường đại học thành viên trong hệ thống ĐHQG-HCM. Hội đồng trường nên được xem như là cơ quan quyền lực chứ không phải cơ quan quản lý vì quản lý thuộc trách nhiệm của bộ máy chính quyền mà hiệu trưởng là người đại diện theo pháp luật và chịu trách nhiệm quản lý điều hành, còn Hội đồng trường sẽ quyết nghị những vấn đề lớn của Nhà trường và giám sát để thực hiện tốt quyền tự chủ và trách nhiệm xã hội.
ĐHQG-HCM nên củng cố và hoàn thiện các quy định trách nhiệm giải trình về tài chính giữa các đơn vị do mình quản lý, tăng cường và thường xuyên tổ chức hoạt động kiểm soát tại các đơn vị thành viên và trực thuộc trong công tác công
khai tài chính, tổ chức hoạt động kiểm soát nội bộ tại các đơn vị thành viên và trực thuộc. gắn kết trách nhiệm lãnh đạo đơn vị với việc thực hiện nhiệm vụ được giao và đánh giá trên hiệu quả hoạt động. Kiểm tra, thanh tra tài chính là một trong những công cụ quan trọng của nhà nước trong công tác quản lý tài chính. ĐHQG- HCM nên thường xuyên kiểm tra, thanh tra tài chính để phát hiện kịp thời, chấn chỉnh và xử lý các sai phạm trong việc quản lý tài chính đồng thời qua đó phát hiện ra những điểm tồn tại của cơ chế, chính sách, chế độ quản lý tài chính, từ đó đề xuất những kiến nghị sửa đổi, bổ sung. Đây là cơ sở, để đảm bảo cho công tác quản lý tài chính được thực hiện một cách hiệu quả và minh bạch.
Thực hiện công khai minh bạch tài chính, phát huy vai trò chủ động tham gia xây dựng, thực hiện đánh giá và tự đánh giá của các các cơ sở, các tổ chức đoàn thể vào công tác kế hoạch tài chính của đơn vị.