5. Những đóng góp mới của đề tài
2.5.3 Phân tích mức độ đa dạng di truyền của nhóm lan Dendrobium
tự DNA marker
Việc đánh giá mức độ đa dạng di truyền dựa trên mức độ phân nhánh cây phát sinh dựa trên các vùng trình tự theo cách từng marker riêng lẻ và ghép cặp các marker
với nhau. Cây phát sinh được xây dựng bằng thuật toán Maximum Likelihood với mô hình Kimura-2 thông số với 1.000 lần lặp lại trên phần mềm MEGA 7.0 [61].
Các bước xây dựng cây phát sinh chủng loài
• Thiết lập cơ sở dữ liệu vùng trình tự cho chi Dendrobium
Để tạo cơ sở dữ liệu của chi Dendrobium, đề tài khai thác dữ liệu trình tự trên http://www.barcodinglife.com với từ khóa “Dendrobium”.
• Sắp cột thẳng hàng, chọn vùng phân tích và phân tích cho từng vùng trình tự Quá trình sắp cột thẳng hàng được thực hiện bằng phần mềm SeaView với tùy chọn MUSCLE và các thông số mặc định. Những điểm mơ hồ được hiệu chỉnh thủ công.
• Xác lập mô hình tiến hóa
The Molecular Evolution Genetics Analysis (MEGA) – Phân tích tiến hóa về mặt di truyền phân tử - là phần mềm được xây dựng để phân tích so sánh về DNA và protein, nhằm mục đích suy luận về các mô hình tiến hóa phân tử của gen, bộ gen của các loài theo quá trình tiến hóa. Việc xây dựng cây phát sinh dựa trên phần mềm MEGA 7.0 theo mô hình Kimura 2 - thông số, thuật toán Maximum Likelihood, chỉ số bootstrap là 1.000, để tiến hành tính toán khoảng cách di truyền và xây dựng cây phát sinh loài.
Việc xác định khoảng cách di truyền và xây dựng cây phát sinh loài cho phép ta xác định mức độ phân định loài của các marker. Từ đó, ta sẽ chọn được marker có độ phân định loài cao để làm bộ mã vạch DNA cho loài.