5. Những đóng góp mới của đề tài
2.5.4 Phân tích khả năng phân định loài của các vùng trình tự
Việc tìm ra các marker tiềm năng có vai trò quan trọng trong việc xác định nhanh các loài Dendrobium. Từ đó giúp hỗ trợ cho việc quản lý nguồn gen quý của Việt Nam, xác định những loài được dùng làm dược liệu. Đặc biệt, giúp ngăn chặn việc buôn bán bất hợp pháp các loài lan quý hỗ trợ cho việc bảo tồn. Tuy nhiên, mỗi phương pháp có những ưu, nhược điểm khác nhau. Từ đó, nghiên cứu kết hợp nhiều phương pháp để đạt được kết quả tối ưu nhất. Các vùng trình tự marker được khảo sát dựa trên khả năng phân định bằng cây phát sinh, kết hợp với việc phân tích các đoạn In-del. Đồng thời áp dụng song song phương pháp “Best Match / Best Close Match” để chọn ra được marker tiềm năng nhất.
Phân tích In-del dựa trên những đột biến thêm nucleotide (insertion) và đột biến mất nucleotide (deletion). Những đột biến này đôi khi chỉ xuất hiện tại 1 nucleotide hoặc 1 đoạn ngắn nên không thể tạo thành nhánh riêng trên cây phát sinh. Tuy nhiên, các đột biến trên lại mang lại thông tin rất hữu ích trong việc phân định loài.
Phương pháp “Best Match/ Best Close Match” dựa trên so sánh khoảng cách di truyền của các trình tự được phân tích. Sự khác biệt giữa “Best Close Match” và “Best Match” là giá trị Threshold (giá trị ngưỡng). Giá trị ngưỡng (%) được tính dựa trên tất cả các intra-distance (khoảng cách di truyền cùng loài), để xác định mức độ tương đồng của các trình tự và những trình tự không thỏa giá trị này (No match) sẽ bị xóa trước khi được xác định. Những trình tự đạt giá trị intra là giá trị bé nhất khi so với trình tự cùng loài được xếp vào Correct (xác định được). Nếu giá trị intra này cũng xuất hiện khi so sánh với các trình tự khác loài được xếp vào Ambiguous (mơ hồ). Khi một trình tự có giá trị intra lớn hơn inter được xếp vào Incorrect (không xác định được) [70].
CHƯƠNG 3. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN
3.1 Mô tả và xây dựng cây phân nhóm dựa trên đặc điểm hình thái các giống lan
Dendrobium