5. Những đóng góp mới của đề tài
2.2 Nội dung nghiên cứu
Với mục tiêu đánh giá mức độ đa dạng di truyền của các nhóm lan Dendrobium khu vực phía Nam, đồng thời khảo sát khả năng phân định loài của các vùng trình tự ITS, rbcL, matK, trnH-psbA. Đề tài tiến hành giải quyết 4 nội dung chính sau đây:
Nội dung 1: Mô tả, xây dựng cây phân nhóm dựa trên đặc điểm hình thái của 40 mẫu lan Dendrobium.
Đề tài chọn mô tả, xây dựng cây phát sinh dựa trên đặc điểm hình thái cho 40 giống lan Dendrobium có nguồn gốc ở khu vực miền Nam Việt Nam đã được định danh bằng phương pháp hình thái thuộc Bộ sưu tập hoa lan của Trung tâm Công nghệ Sinh học Tp. HCM.
Nội dung 2: Xây dựng cơ sở dữ liệu mã vạch DNA cho 25 loài Dendrobium trong
nghiên cứu.
71 mẫu giống thuộc 25 loài lan Dendrobium được tách DNA tổng số và khuếch đại với các vùng trình tự: ITS, matK, rbcL, trnH-psbA. Trình tự sau giải được hiệu chỉnh loại bỏ các vùng mơ hồ trước khi kiểm tra tương đồng trên ngân hàng GenBank để xác định trình tự đặc trưng của các mẫu nghiên cứu.
Trình tự sau đó sẽ được sử dụng để xây dựng hệ thống mã vạch DNA cho từng mẫu vật. Hệ thống mã vạch DNA sau khi chuẩn hóa được đăng ký với ngân hàng GenBank.
Nội dung 3: Đánh giá đa dạng di truyền của nhóm lan Dendrobium bằng trình tự
DNA marker
Tạo bộ dữ liệu trình tự DNA của từng marker cho các loài lan nghiên cứu và kết hợp các marker. Xây dựng cây phát sinh loài bằng thuật toán Maximum Likelihood bằng phần mềm MEGA 7.0. Từ đó đánh giá mức độ đa dạng di truyền của nhóm lan Dendrobium khu vực phía Nam.
Khảo sát khả năng phân định của các marker (ITS, matK, rbcL, trnH-psbA)
dựa trên cây phát sinh, các vị trí In-del (insertion/deletion) và phương pháp “Best Match / Best Close Match”. Từ đó đề xuất ra các marker tiềm năng.
Nội dung 4: Ứng dụng hệ thống DNA để truy nguyên nguồn gốc bố mẹ trong các tổ hợp lan lai và một số mẫu lai khác.
Đề tài giải trình tự gen matK và ITS của con lai từ các tổ hợp lai và lan Thái Lan nhập nội, sau đó tiến hành so sánh và phân tích các trình tự nhận được, so sánh với cơ sở dữ liệu trình tự DNA thu được và trên GenBank.
Sự liên kết của các nội dung nghiên cứu được thể hiện tóm tắt qua biểu đồ quy trình thực hiện ở Hình 2.1.
Hình 2.1 Quy trình thực hiện các nội dung nghiên cứu