Các mô hình nước tường minh
Mô hình nước tường minh mô phỏng nước bằng cách mô hình hoá phân tử nước. Mô hình nước tường minh đầu tiên là ST2, tiếp sau đó các mẫu nước SPC và TIP3P được công bố. Hai mẫu nước này tham số hoá phân tử nước thành mô hình gồm 3 điểm cố định để tái tạo các tính chất ở thể rắn và nhiệt động lực học của nước. Về sau mô hình TIP4P thêm một nguyên tử giả vào đường phân giác của góc H-O-H giúp cải thiện cấu trúc dimer trong pha khí và hàm phân bố xuyên tâm O-O. Năm 2000, Mahoney và Jorgensen đề xuất mô hình nước 5 điểm TIP5P thể hiện đầy đủ các tính chất như nội năng, mật độ và hàm phân bố xuyên tâm O-O tại nhiệt độ phòng phù hợp rất tốt với thực nghiệm.
Mô phỏng protein trong môi trường nước tường minh có một số ưu điểm so với các gần đúng môi trường liên tục. Một số cấu trúc protein tạo liên kết với các phân tử nước và xem chúng như là một phần của cấu trúc.
Các mô hình nước không tường minh
Các mô hình nước không tường minh là sự tái tạo lại các hiệu ứng tĩnh điện của phân tử nước bằng các hàm số mô phỏng một môi trường liên tục.
Các mô hình nước không tường minh có một số ưu điểm so với mô hình nước tường minh như không cần phải cân bằng dung môi trong quá trình mô phỏng, mô hình này không tái tạo lại độ nhớt của nước do đó cho phép các phân tử hòa tan trong nước thay đổi cấu trúc nhanh hơn. Ngoài ra, việc sử dụng mô hình nước không tường minh làm giảm số bậc tự do của hệ giúp tăng tốc độ tính toán.
Một số mô hình nước không tường minh được sử dụng trong các chương trình mô phỏng như GROMACS, AMBER gồm Still, HCT và OBC dựa trên mô hình Born tổng quát (GB).