Cấu trúc bậc hai của protein
Thuật toán STRIDE [30] được sử dụng để tính cấu trúc bậc hai của các peptide Aβ. Ưu điểm của thuật toán này là nó dựa trên cả góc nhị diện và liên kết hydro để xác định cấu trúc bậc hai.
Liên kết hydro
Liên kết hydro được hình thành giữa nguyên tử hydro liên kết hoá trị với một nguyên tử có độ âm điện lớn (donor) như O, N, F và một nguyên tử có độ âm điện lớn gần đó (acceptor). Khi khoảng cách giữa nguyên tử donor và acceptor nhỏ hơn hoặc bằng 3.5A˚ và góc tạo bởi donor-hydro-acceptor ≥ 135o, một liên kết hydro được hình thành.
Cầu muối
Một cầu muối (SB) được hình thành giữa hai amino acid có điện tích trái dấu khi khoảng cách giữa hai nguyên tử đặc biệt nhỏ hơn hoặc bằng 4.6A˚. Trong trường hợp cầu muối Asp23-Lys28, khoảng cách này được tính cho hai nguyên tử Cγ của Asp23 và Nζ của Lys28.
Bề mặt năng lượng tự do
Chúng tôi tính năng lượng tự do của hệ từ công thức ∆G (V) = −kBT[lnP(V)−lnPmax]
GVHD: Th.S Trần Thị Minh Thư
SVTH : Vũ Thị Huyền Vy 22
P(V) là phân bố xác suất thu được từ mô phỏng cho các tọa độ phản ứng V. Pmax là cực đại của phân bố, tương ứng cực tiểu thấp nhất của năng lượng tự do, ∆G = 0. Hai trị riêng quan trọng nhất, V1 và V2 trong phân tích thành phần chính theo góc nhị diện (dPCA) [38] được dùng làm tọa độ phản ứng để xây dựng bề mặt năng lượng tự do.
Phương pháp phân nhóm các cấu hình peptide
Chúng tôi sử dụng thuật toán k-means có trong bộ phần mềm R của ngôn ngữ R để phân nhóm (clustering) các cấu trúc monomer thu được từ mô phỏng bằng dữ liệu của phương pháp dPCA cho hai thành phần chính V1, V2 thành các nhóm/cụm (cluster). Các cấu trúc trung tâm của từng nhóm được dùng để minh hoạ đặc trưng cấu trúc cho nhóm. Tỉ lệ của nhóm là số cấu trúc thuộc nhóm chia tổng số cấu hình phân tích.
GVHD: Th.S Trần Thị Minh Thư
SVTH : Vũ Thị Huyền Vy 23
Chương 5: KẾT QUẢ MÔ PHỎNG