− Cũng như các công ty khác, ngay sau khi luật thuế GTGT có hiệu lực thì công ty TNHH Venus Thăng Long đã nghiên cứu và áp dụng. Do những ưu điểm của thuế GTGT mà công tác thuế nói chung và kế toán thuế GTGT nói riêng đơn giản, rõ ràng và khoa học hơn. Nhưng do sự vận động không ngừng của thực tiễn trong khi chế độ, chính sách áp dụng trong một thời gian nên công tác kế toán cũng có lúc gặp khó khăn, còn có những hạn chế. Kế toán thuế không nằm ngoài quy luật đó. Đặc biệt thuế GTGT là một luật thuế mới đang trong thời kỳ tìm hiểu để tìm cách quản lý tối ưu nhất. Vì vậy trong quá trình hoạt động kinh doanh của công ty không tránh khỏi những hạn chế, sai sót.
− Trong việc phân chia nhiệm vụ, kê khai và nộp thuế cũng như kế toán thuế: công tác nhập số liệu hàng ngày vào bảng kê hóa đơn, chứng từ hàng hóa dịch vụ mua vào, bán ra cùng với công việc lập hồ sơ, tờ khai thuế và nộp thuế GTGT do một kế toán đảm nhận. Trong khi đó, kế toán này còn kiêm cả việc theo dõi quá trình xuất nhập vật liệu kho, kế toán tiền lương. Vì vậy, số lượng công việc mà người kế toán này cần xử lý là rất nhiều. Bên cạnh đó, công việc hoàn tất quyết toán thuế cuối năm lại do kế toán trưởng đảm nhiệm nên khi khối lượng công việc nhiều có thể sẽ dẫn đến sự không chính xác trong xử lý và tổng hợp số liệu giữa các kế toán viên.
− Công ty chưa tiến hành phân tích các chỉ tiêu trên báo cáo kinh doanh đánh giá tình hình nộp thuế GTGT tại công ty.
Nhìn chung tổ chức công tác kế toán thuế GTGT tại công ty khoa học, hợp lý và hiệu quả. Do nguyên nhân khách quan cũng như chủ quan mà công tác kế toán nói chung, kế toán thuế GTGT nói riêng còn những tồn tại. Mặc dù những hạn chế này không lớn, không ảnh hưởng nghiêm trọng nhưng nếu được khắc phục sẽ góp phần hoàn thiện hơn công tác kế toán của công ty.