Kế toán thuế GTGT là một phần hành quan trọng trong hệ thống kế toán của công ty. Thực hiện tốt kế toán thuế GTGT giúp cho công ty xác định được đúng số thuế phải nộp cho ngân sách nhà nước từ đó công ty có kế hoạch chủ động nộp thuế, thực hiện nghĩa vụ với nhà nước. Tránh được tình trạng chậm trễ trong việc tính toán thuế dẫn đến chậm nộp thuế ảnh hưởng đến mối quan hệ với cơ quan thuế và ảnh hưởng đến uy tín và cả về vật chất khi bị phạt chậm nộp thuế. Việc thực hiện tổ chức công tác kế toán thuế một cách khoa học còn giúp cho kế toán dễ dàng giải trình về số liệu liên quan đến kế toán thuế GTGT phải nộp trong kì.
Thực hiện tốt công tác kế toán nói chung và công tác kế toán thuế nói riêng góp phần nâng cao hiệu quả kinh doanh của công ty. Các số liệu lien quan đến thuế , tình hình nộp thuế có thể cho biết được thực trạng, quy mô hiệu quả hoạt động kinh doanh và tình hình tài chính của công ty để từ đó xác định được vị thế của công ty với các đối tác kinh tế. Mặt khác trong điều kiện hiện nay, khi nền kinh tế nước ta đang từng bước hội nhập với nền kinh tế thế giới, nhà nước có những thay đổi về chính sách kinh tế vĩ mô cũng như chính sách về thuế, công tác kế toán. Cùng với những thay đổi đó, công tác kế toán cũng phải thay đổi cho phù hợp với yêu cầu thực tế vì vậy cần phải đổi mới để hoàn thiện công tác kế toán thuế nói chung cũng như với kế toán thuế GTGT nói riêng.
Ngoài ra cần có sự kiểm tra, đối chiếu sát sao giữa sổ chi tiết và tờ khai thuế GTGT để tránh trường hợp không khớp về mặt số liệu. Việc này đòi hỏi kế toán viên cần kiểm tra lại các hóa đơn, chứng từ gốc nhằm tránh trường hợp bỏ sót nghiệp vụ.