Việc định khoản, ghi sổ và lập tờ khai thuế GTGT được thực hiện tự động trên máy tính nhờ phần mềm kế toán Misa và phần mềm hỗ trợ kê khai thuế của Tổng cục thuế. Hàng ngày khi có hóa đơn GTGT hoặc hóa đơn bán hàng phải có đầy đủ chữ ký của bên bán, nhân viên của bộ phận mua hàng giao cho phòng Kế toán thống kê, kế toán thuế GTGT và các phần liên quan khác như kế toán thanh toán, kiểm tra tính hợp lý sau đó hóa đơn được photo và lưu vào tập tài liệu kế toán có liên quan. Từ hóa đơn thuế GTGT, kế toán tiến hành ghi định khoản, vào sổ sách kế toán thông qua phần mềm kế toán, phần mềm sẽ tự động chuyển vào tài khoản trong sổ nhật ký chung, sổ cái các tài khoản, sổ chi tiết các tài khoản từ đó làm căn cứ lên báo cáo kế toán.
Riêng phần hóa đơn thuế sẽ được cập nhật vào bảng kê hóa đơn, chứng từ hàng hóa dịch vụ mua vào sẽ là cơ sở để lập tờ khai thuế của phần mềm hỗ trợ kê khai thuế. Ngoài ra kế toán còn cập nhật hóa đơn trên file Excel để theo dõi hóa đơn và số thuế GTGT của hàng hóa mua vào. Cuối tháng sẽ so sánh số thuế ở file excel với số thuế ở phần mềm xem có chênh lệch hay không để tìm ra sai sót để xử lý kịp thời.
Để thực hiện chế độ thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ, Công ty TNHH Venus Thăng Long phải thực hiện chế độ hóa đơn, chứng từ theo quy định hiện hành của Bộ Tài Chính.
Ngoài sử dụng hóa đơn GTGT do Bộ Tài Chính ban hành, công ty còn sử dụng hóa đơn tự in, chứng từ đặc thù. Khi cơ sở kinh doanh sử dụng hóa đơn , chứng từ khác với mẫu quy định chung (kể cả hóa đơn tự phát hành) phải đăng ký với Bộ Tài Chính (Tổng cục thuế) và chỉ được áp dụng sau khi được chấp thuận bằng văn bản. Hóa đơn tự in phải đảm bảo phản ánh đầy đủ các nội dung thông tin theo quy định của hóa đơn, chứng từ, hóa đơn GTGT, hóa đơn bán hàng.