Công ty có hai trạm thu mua nguyên liệu đầu vào chính trạm thứ nhất được đặt Sông Đốc - Cà Mau và trạm thứ hai đặt tại Kiên Giang. Hai trạm này sẽ cung cấp nguyên liệu là các mặt hàng thủy sản nước mặn cho công ty. Hàng ngày nguyên liệu được vận chuyển trực tiếp bằng ghe từ hai trạm thu mua về công ty. Cá được đảm bảo độ tươi bằng cách phủ lên bởi một lớp nước đá để giữ lạnh với tỷ lệ 1:1 Tuy nhiên nguồn nguyên liệu sẽ không ổn định, mà phụ thuộc vào thời tiết. Đối với những mùa mưa bão ngư dân không thể ra khơi đánh bắt thì sẽ không có nguyên liệu. Những tháng ngư dân trúng mùa thì nguồn nguyên liệu đầu vào rất dồi dào. Do đó, công ty cũng đã đưa ra biện pháp để đảm bảo được nguyên liệu cũng như đảm bảo về sản phẩm. Khi các trạm thu mua được nhiều nguyên liệu thì công ty sẽ dữ trữ lại cho những tháng
thiếu nguyên liệu. Đây là một lợi thế rất lớn cho công ty về nguồn nguyên liệu. Giúp công ty tránh khỏi tình hạng bị động trong sản xuất vì thiếu nguồn nguyên liệu, và có thể đảm bảo được đúng tiến độ giao hàng của những họp đồng lớn.
Riêng đối với nguyên liệu là cá tra và cá ba sa thì các nhân viên sẽ liên hệ trực tiếp với các chủ ao ở khu vực Đồng bằng sông Cửu Long để đặt mua trước. Khi có nhu cầu thì sẽ đến thu hoạch về để chế biến. Tuy vậy, công ty vẫn phải chịu áp lực từ:
Nguồn lao động: công ty từ khi thành lập đến nay thì hầu hết công nhân được tuyển chọn đều là lao động phổ thông. Nước ta có hơn 80 triệu dân số trong đó hơn phân nủa là trong độ tuổi lao động nên nguồn nhân lực này rất dồi dào. Đồng thời các nhân viên văn phòng đều được tuyển chọn kĩ càng từ các trường Đại học, cao đẳng và trung cấp. Tuy nhiên, việc thu hút nhân lực thì dễ mà giữ chân họ lâu dài mới khó. Chính vấn đề này, đã dẫn đến tình trạng chảy máu nguồn nhân lực giữa các công ty. Các công ty thường lôi kéo các nhân viên của các công ty khác về làm việc thông qua các chính sách đãi ngộ hấp dẫn như lương, chức vụ cao và những chính sách hậu mãi khác như khám sức khỏe định kỳ, đi tham quan du lịch trong và ngoài nước. Tại công ty Phương Đông, vấn đề này hầu như ít xảy ra nguyên nhân là do công ty luôn quan tâm chăm sóc đến đời sống của cán bộ công nhân viên; mọi thành viên công ty luôn luôn đoàn kết giúp đỡ nhau trong công việc.