Bên cạnh những thành tự đạt được, công tác chi và quản lý chi cho GD - ĐT trên địa bàn tỉnh Hà Tĩnh vẫn còn một số tồn tại nhất định. Những tồn tại này có thể bắt nguồn từ những nguyên nhân khách quan hay chủ quan đều làm giảm đáng kể tính hiệu quả sử dụng nguồn kinh phí ngân sách nhà nước cho GD - ĐT.
Cơ chế phân cấp quản lý chi ngân sách cho GD - ĐT hiện nay trên địa bàn tỉnh Hà Tĩnh còn tồn tại nhiều bất cập như: Do không phải chịu sức ép về đảm bảo nguồn thu ngân sách trên địa bàn đáp ứng cho nhu cầu chi, nên đã phần nào hạn chế tính chủ động, tích cực của chính quyền cấp huyện và xã, phường trong việc khai thác, huy động các nguồn tài chính đầu tư cho GD - ĐT. Do Hà Tĩnh là một tỉnh nghèo nên công tác xã hội hoá giáo dục nhìn chung còn chậm, hiệu quả chưa cao, tư tưởng ỷ lại, trông chờ vào ngân sách chưa được khắc phục. Việc quản lý các nguồn thu, chi tại cơ sở giáo dục cũng chưa được các cơ quan quản lý quan tâm đúng mức, quá trình kiểm tra giám sát và uốn nắn diễn ra không thường xuyên, còn mang nặng tính hình thức nên tình trạng lạm thu và sử dụng kinh phí sai mục đích diễn ra khá phổ biến.
* Về nguồn vốn đầu tư cho GD - ĐT
Tuy số chi cho GD - ĐT từ nguồn khác ngân sách nhà nước trong những năm qua được tăng lên nhưng cũng rất hạn chế, về cơ bản vẫn là từ nguồn kinh phí ngân sách nhà nước. Tỷ trọng chi từ nguồn ngân sách nhà nước chiếm phần lớn trong tỷ trọng chi cho giáo dục - đào tạo. Một mặt chứng tỏ sự quan tâm của tỉnh đối với sự phát triển của GD - ĐT, đảm bảo thực hiện tốt chức năng, nhiệm vụ của nhà nước trong lĩnh vực giáo dục - đào tạo. Nhưng mặt khác lại là một gánh nặng cho ngân sách Nhà nước. Do vậy làm hạn chế nguồn vốn đầu tư cho giáo dục - đào tạo, nguồn kinh phí tăng lên nhưng không đáp ứng kịp nhu cầu phát triển của giáo dục. Bên cạnh đó nguồn kinh phí ngoài ngân sách chưa được khai thác một cách triệt để nhằm góp phần tăng nguồn vốn cho GD - ĐT và thực hiện mục tiêu xã hội hoá giáo dục.
* Về công tác lập dự toán ngân sách nhà nước:
luận với Sở, phòng giáo dục - đào tạo nhưng do hệ thống định mức không phù hợp nên khi thảo luận cơ bản là lập theo khả năng ngân sách, nhiều khi vướng mắc của ngành giáo dục không được giải quyết.
+ Một số trường hợp khi lập dự toán gặp nhiều vướng mắc (do hạn chế về trình độ của cán bộ kế toán, do không chấp hành đúng luật ngân sách: như lập sai biểu mẫu, thiếu mục chi, chậm về thời gian...)
+ Khi lập dự toán, các trường đã không phản ánh các khoản chi từ nguồn thu để lại (thu học phí, các khoản đóng góp của phụ huynh cũng như các tổ chức khác).
* Về chấp hành Ngân sách
Trong những năm qua và hiện nay việc cấp phát kinh phí cho GD - ĐT thực hiện theo hình thức cấp phát theo dự toán, cuối năm ngân sách nếu đơn vị sử dụng không hết thì phần hạn mức thừa phải nộp lại ngân sách. Cơ chế này nhằm khắc phục tình trạng sử dụng kinh phí không đúng mục đích và tình trạng tồn đọng ngân sách ở các đơn vị, trường học. Tuy nhiên do chất lượng dự toán còn hạn chế hoặc có những biến động không lường được hết nên dẫn đến tình trạng thường xuyên xảy ra, đó là thừa kinh phí ở mục, nhóm mục này, nhưng lại thiếu kinh phí ở mục, nhóm mục khác. Nhiều đơn vị phải cố sử dụng kinh phí hết trong năm, làm cho kinh phí sử dụng lãng phí, hiệu quả thấp, nhiều khoản kinh phí sử dụng vào những việc không cần thiết.
Ngoài ra trong quá trình thực hiện dự toán trong những năm qua còn xảy ra tình trạng các đơn vị chi sai chế độ, các khoản chi không đúng thời điểm nhưng không có lý do cụ thể, chi sai nguồn, các khoản chi không có đủ chứng từ hợp pháp, hợp lệ nên không được quyết toán. Nguyên nhân chủ yếu của những hạn chế trên là do công tác kiểm tra, chỉ đạo, hướng dẫn nghiệp vụ của Sở,
Phòng GD - ĐT đối với công tác kế toán, tài chính đối với các đơn vị trực thuộc đã được thực hiện nhưng chưa thường xuyên, công tác bổ nhiệm kế toán tại các đơn vị dự toán chưa chặt chẽ dẫn đến năng lực của một số cán bộ kế toán còn yếu không đáp ứng được yêu cầu công việc.
* Về quyết toán ngân sách
Cơ chế quyết toán và thẩm tra quyết toán chi ngân sách cho GD - ĐT trên địa bàn tỉnh Hà Tĩnh trong những năm qua còn tồn tại nhiều điểm bất hợp lý. Chẳng hạn, theo quy định hiện hành căn cứ để thẩm tra quyết toán là các chứng từ thu, chi của đơn vị phát sinh trong năm. Song trên thực tế các chứng từ chi này có phản ánh đúng thực tế nội dung chi, có đảm bảo tính hợp lệ hay không lại phần lớn phụ thuộc vào chất lượng dự toán và phê duyệt nội dung chi của thủ trưởng đơn vị. Trong khi đó việc kiểm tra, kiểm soát của các cơ quan chức năng còn bất hợp lý và trong nhiều trường hợp đã vô tình hợp thức hoá các khoản thu, chi sai chế độ tại đơn vị cơ sở. Vì vậy tình trạng “ chi chạy” vào thời điểm quyết toán, chi sai mục đích, sai chế độ vẫn diễn ra phổ biến hầu hết tại các đơn vị dự toán cơ sở. Đó cũng là một trong những nguyên nhân gây thất thoát NSNN. Bên cạnh những tồn tại trên thì tình trạng các đơn vị, trường học nộp báo cáo quyết toán chậm, sai quy định làm ảnh hưởng đến thời gian và chất lượng xét duyệt và ra thông báo xét duyệt dự toán cho các đơn vị.
* Về công tác thanh tra, kiểm tra
Công tác thanh tra, kiểm tra từ khâu lập dự toán chưa quan tâm xem xét đúng mức dự toán của đơn vị, một số chỉ tiêu trong dự toán còn cứng nhắc, áp đặt gây khó khăn cho đơn vị trong quá trình thực hiện dự toán.
Việc quản lý trong khi chi ngân sách lại quá quan tâm đến tính hợp pháp, hợp lệ của chứng từ mà thiếu quan tâm đến hiệu quả chi tiêu ngân sách.
Việc thanh, kiểm tra sau khi chi đôi khi lại chồng chéo, có nhiều cơ quan thanh tra, kiểm tra nên kết quả kiểm tra lại trái ngược nhau.
Công tác xử lý vi phạm chưa thật sự công tâm, minh bạch, bình đẳng. Trong xử lý vi phạm đôi khi còn mang tính chủ quan.
* Một số tồn tại khác: bên cạnh những tồn tại cơ bản trên thì công tác quản lý chi ngân sách cho GD - ĐT trên địa bàn tỉnh Hà Tĩnh còn tồn tại nhiều hạn chế khác như: Chưa khai thác tốt các nguồn vốn đầu tư từ ngân sách và các nguồn vốn khác cho giáo dục - đào tạo, chủ yếu nguồn vốn đầu tư cho GD - ĐT lấy từ NSNN, trong khi nguồn thu ngân sách còn hạn hẹp thì đây là một trong những nguyên nhân ảnh hưởng đến cơ cấu, mức độ, chất lượng chi ngân sách cho GD - ĐT.
Công tác quản lý giáo dục - đào tạo còn nhiều yếu kém cả trong xây dựng thể chế, chỉ đạo điều hành, kiểm tra giám sát và xử lí vi phạm.
Công tác xã hội hoá giáo dục - đào tạo chưa thật sự có hiệu quả. Đạo đức và năng lực của một bộ phận cán bộ quản lý giáo dục - đào tạo còn thấp.