Theo tính chất hoạt động, khu Kinh tế Nghi Sơn phân khu chức năng như sau:
* Khu Bảo thuế
Khu bảo thuế được ngăn cách với các khu chức năng khác trong khu kinh tế và nội địa Việt Nam bằng hệ thống tường rào và có cổng kiểm soát, được bố trí gắn liền với cảng để tiện cho các hoạt động kinh tế đối ngoại, quy mô diện tích khoảng 400-500 ha.
Trong khu bảo thuế gồm: Khu cảng và các dịch vụ hậu cảng như: thương mại dịch vụ (phân loại, đóng gói, vận chuyển giao nhận hàng hóa quá cảnh), bảo quản kho tàng, bưu chính viễn thông, tài chính, ngân hàng, vận tải, bảo hiểm, vui chơi giải trí, nhà hàng ăn uống, các hoạt động sản xuất hàng xuất khẩu và hàng phục vụ tại chỗ (cả gia công, tái chế), thương mại hàng hóa (bao gồm cả xuất khẩu, nhập, chuyển khẩu, tạm nhập tái xuất, phân phối, siêu thị bán lẻ), xúc tiến thương mại (giới thiệu sản phẩm, hội chợ triển lãm, đặt chi nhánh, văn phòng đại diện các công ty trong nước và nước ngoài, bao gồm cả các tổ chức tài chính, ngân hàng) và các hoạt động thương mại khác;
Luận văn Thạc sỹ kỹ thuật 31
* Khu cụm cảng, hậu cảng Nghi Sơn:
Cảng Nghi Sơn nằm về phía Đông trục đường Bắc Nam trong quy hoạch khu đô thị mới Nghi Sơn.
Cảng chuyên dụng xi măng của nhà máy xi măng Nghi Sơn nằm ở phía Bắc đảo Nghi Sơn gồm 1 bến số 2 cho tàu 30.000 DWT.
Cảng của nhà máy lọc dầu số 2, cảng tiếp nhận tàu dầu sản phẩm 30.000 DWT và tàu dầu thô 80.000 DWT. Vị trí của cảng gắn liền khu lọc hoá đầu và khu vực đảo hòn Mê.
Cảng tổng hợp Nghi Sơn nằm ở phía Tây đảo Nghi Sơn, với bến đầu tiên cho tàu 10.000 DWT đã được xây dựng tại mũi Tây Nam đảo.
Cảng tổng hợp Nghi Sơn phục vụ khu công nghiệp Nghi Sơn, khu công nghiệp Nam Thanh-Bắc Nghệ và có thể cả vùng Tây Bắc Việt Nam cùng với tỉnh Hủa Phăn của Lào với cỡ tàu 10.000-30.000 DWT.
Cảng cá bố trí tại khu vực cửa sông Bạng.
Bến thuyền du lịch bố trí tại khu vực Hải Bình, trên sông Bạng, tại khu du lịch sinh thái đảo, và tại các khu du lịch hồ.
Dự kiến về lâu dài có thể khai thác đảo hòn Mê cho cảng, khu vui chơi giải trí cao cấp.
* Các khu Công nghiệp:
Phía Đông QL1: Khu công nghiệp lọc hoá dầu, nhà máy xi măng Nghi Sơn, công nghiệp nhiệt điện, kho bãi, và các khu công nghiệp tổng hợp đa ngành.
Phía Tây QL1: Khu công nghiệp được bố trí tập trung chủ yếu trên khu đất ở giữa tuyến đường QL1 và đường sắt Bắc Nam hiện nay. Các loại hình công nghiệp chủ yếu là công nghiệp lắp ráp sửa chữa, vật liệu xây dựng, chế biến, kho bãi, các ngành công nghiệp mới phát triển quy mô.
Cụm công nghiệp xi măng Công Thanh.
Khu khai thác đá, cao lanh cát tại Trường Lâm.
* Khu dân cư đô thị - Nông thôn, khu tái định cư: Xây dựng Khu đô thị sinh thái gắn với khu vực tái định cư tại phía Tây thuộc các xã Tùng Lâm, Tân Trường. Xây dựng các khu dân cư nông thôn, kết hợp loại hình du lịch sinh thái vườn đồi gắn với mặt nước tại các xã Tân Trường và Trường Lâm.
Luận văn Thạc sỹ kỹ thuật 32
* Khu cây xanh sinh thái bao gồm:
Hệ thống công viên cây xanh tại các khu đô thị Hệ thống rừng phòng hộ ở các đồi núi.
Dải cây xanh ven biển, dọc theo các sông, đồi núi mặt nước tạo cảnh quan và cải tạo vi khí hậu cho KKT.
Đất cây xanh cách li được quy hoạch để đảm bảo môi trường giữa các khu công nghiệp, khu đô thị.
* Các khu du lịch
Khu du lịch biển Tĩnh Hải.
Khu du lịch sinh thái đảo Nghi Sơn. Khu du lịch sinh thái sông Bạng.
Khu du lịch sinh thái cao cấp Cụm đảo Mê.
Khu du lịch sinh thái kết hợp hồ nước bố trí tại khu vực hồ Kim Giao, hồ khe Tuần, kết hợp cảnh quan đồi núi và vùng dân cư kinh tế trang tại, vườn đồi, trồng cây lâm nghiệp.