Bên cạnh những điểm làm được của pháp luật thuế TNCN hiện hành còn có một số điểm bất cập, hạn chế như:
Thứ nhất, về mức giảm trừ gia cảnh thì Luật không nên quy định ngưỡng khởi điểm tắnh thuế thu nhập cá nhân bằng một mức tiền tuyệt đối, (mức giảm trừ cho đối tượng nộp thuế là 9 triệu đồng/tháng; mức giảm trừ đối với người phụ thuộc là 3,6 triệu đồng/ tháng) làm như vậy phải thường xuyên điều chỉnh ngưỡng khởi điểm tắnh thuế khi tốc độ lạm phát của nền kinh tế tăng lên.
Thứ hai, quy định về mức giảm trừ gia cảnh cần lưu ý đến mặt bằng chi tiêu thực tế của các địa phương. Hiện nay, rõ ràng có những chênh lệch về chi phắ khá lớn giữa các địa phương. Vắ dụ như giữa Hà Nội, thành phố Hồ Chắ Minh với những tỉnh thành khác. Nếu mức thu nhập chịu thuế và mức giảm trừ gia cảnh giống nhau thì nơi nào có chi phắ bình quân cao hơn thì người nộp thuế sẽ bị thiệt về thuế, khai man thu nhập để trốn thuế.
Thứ ba, đối với những khoản thu nhập từ bản quyền, nhượng quyền thương mại, chuyển giao công nghệ, quà tặng, khuyến mại, trúng thưởng xổ số và các tr chơi có thưởng, không nên quy định mức khởi điểm là 10 triệu đồng mới đánh thuế
nhằm hạn chế tình trạng tránh thuế, do việc đánh thuế trong những trường hợp này là đánh thuế từng lần. Vắ dụ: Chia nhỏ giá trị chuyển giao công nghệ, nhượng quyền thương mại, quà tặng thành nhiều phần, mỗi phần là một hợp đồng có giá trị thấp hơn 10 triệu đồng thì sẽ không bị đánh thuế.
Thứ tư,việc đánh thuế từ thu nhập từ lợi tức cổ phần là 5 %, thì em cho rằng việc đánh thuế như vậy là Ộthuế chồng thuếỢ đánh thuế hai lần, có sự chồng chéo trong chắnh sách thuế và đây là sự tận thu, không tạo ra sự công bằng trong xã hội. Khi nắm giữ cổ phiếu của doanh nghiệp tức họ cũng là cổ đông trong doanh nghiệp, khi doanh nghiệp chịu thuế thu nhập doanh nghiệp thì đồng nghĩa với đó là họ cũng chịu thuế. Khi cổ đông được nhận lợi tức thì phải chịu thêm mức thuế suất là 5% trên tổng số lợi tức đó. Điều này gây mâu thuẫn trong chắnh sách thuế và gây tâm lý bất bình cho các nhà đầu tư vào doanh nghiệp.
Thứ năm, không nên quy định miễn thuế thu nhập từ lãi mua trái phiếu Chắnh phủ, tắn phiếu kho bạc nhà nước vì như vậy sẽ không công bằng với những hình thức đầu tư khác như mua trái phiếu công ty, kì phiếu ngân hàngẦ Bởi lẽ, Nhà nước trong mối quan hệ với những người nắm giữ trái phiếu cũng giống như những tổ chức phát hành khác, đây là quan hệ dân sự nên không thể có đặc quyền dành riêng cho Nhà nước. Nhà nước cần thu hút nguồn vốn thông qua uy tắn và niềm tin từ nhà đầu tư, chứ không phải là tạo ra vị thế cao hơn so với những tổ chức khác trong việc phát hành các công cụ vay nợ.
Thứ sáu, vấn đề miễn thuế TNCN thu từ lãi tiền gửi tại tổ chức tắn dụng. Những năm gần đây, gửi tiết kiệm trở thành kênh đầu tư hấp dẫn và an toàn cho những người thừa tiền, chứ không đơn thuần là số tiền dư ắt ỏi của những người về hưu, công nhân lao động không biết đầu tư vào đâu thì mới gửi tiết kiệm. Đối với những khoản tiền tiết kiệm lên đến hàng tỷ đồng, với lãi suất như hiện nay, theo số: 499/QĐ-NHNN ngày 17/3/2014 thì Quỹ tắn dụng nhân dân và Tổ chức tài chắnh vi mô áp dụng mức lãi suất cho vay ngắn hạn tối đa bằng đồng Việt Nam là 9%/năm. Như vậy, mỗi năm họ thu về một khoản lợi nhuận không nhỏ mà không hề phải đóng bất kỳ một khoản thuế nào. Trong khi đó, nếu một người dùng số tiền đó đầu tư vào kinh doanh, tạo ra việc làm cho người lao động, họ phải đối mặt với không ắt rủi ro, thậm chắ trắng tay nếu kinh doanh không có lãi. Còn nếu kinh doanh có lãi, họ phải chịu mức thuế 22% thuế thu nhập doanh nghiệp. Hiện nay, đang có một dòng tiền không tạo ra của cải vật chất, không giải quyết được công ăn việc làm, tạo thặng dư cho xã hội, mà chỉ dùng để gửi tiết kiệm lấy lời như một hình thức đầu tư sinh lợi mà không phải chịu thuế. Đây là một sự bất công khi việc làm của các doanh nghiệp mang tắnh nhân văn, có ắch cho xã hội nhưng không được khuyến khắch.
Thứ bảy, chuyển nhượng bắc cầu quy định tại khoản 1 Điều 4 Luật Thuế TNCN Ộthu nhập từ chuyển nhượng bất động sản giữa vợ với chồng, cha đẻ, mẹ đẻ với con đẻ; cha nuôi, mẹ nuôi với con nuôi; cha chồng, mẹ chồng với con dâu; cha vợ, mẹ vợ với con rể; ông nội, bà nội với cháu nội; ông ngoại, bà ngoại với cháu ngoại; anh chị em ruột với nhauỢ thì được miễn thuế TNCN. Lợi dụng quy định này, nhiều trường hợp đã sử dụng mối quan hệ bắc cầu để trốn thuế.
Vắ dụ, hai chị em dâu chuyển nhượng bất động sản cho nhau là đối tượng phải nộp thuế. Nhưng để lách luật, người chị dâu làm thủ tục chuyển nhượng cho bố chồng, sau đó bố chồng lại chuyển nhượng tiếp cho người em dâu. Cả hai lần chuyển nhượng này đều thuộc đối tượng được miễn thuế. Thế là từ việc phải nộp thuế, hai chị em dâu chịu khó đi vòng, chuyển nhượng bắc cầu để tránh phải nộp thuế.
Thứ tám, thuế TNCN hiện hành chưa thật sự công bằng.Công bằng là tiêu chuẩn, đồng thời là mục tiêu mà một hệ thống thuế phải đạt tới. Còn phân biệt giữa với công dân Việt Nam và người nước ngoài. Điều đó có nghĩa, với cùng một mức thu nhập, công dân Việt Nam được khấu trừ, nộp thuế khác với người nước ngoài.
Thứ chắn, về chắnh sách xã hội đang trộn lẫn với thu nhập chịu thuế và thu nhập miễn thuế. Để Luật thuế TNCN vẫn đảm bảo chắnh sách an sinh xã hội, tạo sự công bằng mà vẫn đảm bảo tắnh đơn giản, dễ hiểu thì ta không nên gộp chung các chắnh sách xã hội vào với thuế TNCN. Cụ thể như: thu nhập chịu thuế từ tiền lương, tiền công + các khoản phụ cấp, trợ cấp Ờ các khoản phụ cấp, trợ cấp theo quy định của pháp luật về ưu đãi người có công, trợ cấp hưu trắ, trợ cấp mang tắnh chất bảo trợ xã hộiẦGây ra sự phức tạp, khó hiểu cho đối tượng nộp thuế.