Nước mặt của khu vực sử dụng vào các mục đích chính: tưới tiêu nước cho
sản xuất nông nghiệp, sinh hoạt của người dân và các hoạt động sản xuất khác. Hiện nay, chất lượng nước sau xử lý vẫn đáp ứng được yêu cầu đối với nước cấp cho sinh hoạt theo quy định của Bộ Y Tế.
Tuy nhiên, nguồn nước mặt đang có nguy cơ bị ô nhiễm do các hoạt động sản xuất nông nghiệp, công nghiệp, nuôi trồng và chế biến thủy hải sản và các nguồn nước thải khác (như sinh hoạt, y tế...). Điển hình là nước thải của KCN Tiền Hải chưa qua xử lý, xả trực tiếp ra hệ thống tưới tiêu nông nghiệp thuộc các sông
Long Hầu, sông Lân và vùng ven biển thuộc Cửa Lân làm ô nhiễm nguồn nước cung cấp cho các nhà máy xử lý nước thuộc các xã Đông Cơ, Đông Lâm, Tây Giang, Tây An.
Thêm vào đó, môi trường nước mặt bị ô nhiễm do tác động từ các hoạt động sản xuất nông nghiệp, đặc biệt là dư lượng hóa chất BVTV. Với khoảng 40.000 hộ nông dân, toàn huyện Tiền Hải sử dụng lên đến 79,74 tấn hóa chất BVTV mỗi năm. Theo kết quả nghiên cứu của tác giả Mai Trọng Nhuận năm 2007, tổng hàm lượng các hợp chất thuốc trừ sâu đo được trong môi trường nước ở các vùng đất ngập nước của khu vực lúc triều thấp lên tới 288,11 µg/L, gấp hơn 3 lần so với lúc triều cao (71,576 µg/L), tồn tại chủ yếu ở dạng hấp thụ trong keo sét lơ lửng. Hàm lượng các hợp chất thuốc trừ sâu như Lindane, 4,4’ – DDE, Dieldrin, Endrin, 4,4’ – DDT trong nước vùng cửa sông Ba Lạt lúc triều kiệt khá lớn vượt từ 2 – 8 lần so với tiêu chuẩn môi trường cho phép nước biển ven bờ [11].
Dấu hiệu ô nhiễm nguồn nước do hóa chất BVTV còn được xác định qua cơ
thể sinh vật. Kết quả nghiên cứu của tác giả Nguyễn Đức Cự (1998) đối với dư lượng thuốc trừ sâu clo hữu cơ trong cá và thân mềm sống bám đáy tại chỗ trong trầm tích bùn cát cho thấy: các hợp chất thuốc trừ sâu như 4,4’ – DDT, 2,4’ – DDE,
BHC, Aldrin và Dieldrin có dư lượng cao trong cá tráp (Sprarus
latushouthupus)[11].