II. ĐỐI TƢỢNG, VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
3.7. Phân loại các chủng vi sinh vật
Các chủng vi sinh vật đƣợc phân loại đến loài theo phƣơng pháp phân loại sinh học phân tử dựa trên cơ sở giải trình tự đoạn gien 16s ARN riboxom của các chủng vi vi sinh vật, so sánh với các trình tự có sẵn trong ngân hàng gien quốc tế EMBL bằng phƣơng pháp FASTA 33 để định loại đến loài các chủng vi sinh vật. Cặp mồi đƣợc thiết kế dựa trên trình tự đoạn gien mã hóa 16s ARN riboxom của chủng E.coli
(J01695), tƣơng ứng với các vị trí nucleotit 15-33 (cho mồi xuôi) và 1548-1532 (cho mồi ngƣợc). Trình tự nucleotit của các chủng nghiên cứu đƣợc giải trình tự trên máy tự động ABI-377 của Hãng Perkin-Elmer (Mỹ), sau đó đƣợc xử lý bằng chƣơng trình SeqEd1.03 và chƣơng trình AssemblyLIGN 1.9 trong hệ chƣơng trình MacVector 6.5.3 (Oxford Molecular Inc.). Mẫu vi sinh vật đƣợc phân tích tại Trung tâm Công nghệ Sinh học - Đại học Quốc gia Hà Nội. Truy cập Ngân hàng Gien bằng chƣơng trình Entrez/nucleotide/ tìm kiếm các trình tự gien 16s ARN riboxom của vi khuẩn. So sánh đối chiếu và xử lý số liệu của tất cả các chuỗi bằng chƣơng trình GENDOC2.5. Kết quả định danh đƣợc trình bày trong bảng 13.
Bảng 13. Kết quả xác định tên và mức độ an toàn của chủng các vi sinh vật
STT Ký hiệu chủng Tên xác định Mức độ ATSH
1 SHX.02 Streptomyces griseorubens Cấp độ 2
2 SHB.18 Bacillus polyfermenticus Cấp độ 2
3 SHV.73 Azotobacter beijerinckii Cấp độ 2
T ứu trên, đề ự ủng xạ khuẩn SHV.02,
36
cellulose, photphat khó tan và cố định nitơ tự do làm vật liệu cho nghiên cứu tạo chế phẩm vi sinh vật xử lý bã thải sau chế biến tinh bột sắn làm phân bón hữu sinh học.