Bên cạnh những kết quả đạt được, công tác lãnh đạo, chỉ đạo và thực hiện công tác tôn giáo ở Bình Phước còn có những hạn chế nhất định. Có thể khái quát ở một số điểm chính sau:
Một là, Việc triển khai thực hiện các nghị quyết, chỉ thị của Đảng về tôn giáo (nghị quyết 24, 25); chương trình hành động 19 và các văn bản chỉ đạo của Tỉnh ủy ở cơ sở về cơ bản là tốt, tuy nhiên một số nơi, cấp ủy, chính quyền, ban ngành, địa phương thực hiện chưa nghiêm túc, còn hình thức. Nhận thức về tôn giáo và công tác tôn giáo của một bộ phận cán bộ, đảng viên trong một số trường hợp còn có sự khác biệt, có lúc, có nơi chưa thực hiện đúng chủ trương, chính sách tôn giáo của Đảng, Nhà nước. Chưa thấy rõ vai trò, vị trí, tầm quan trọng của công tác tôn giáo trong tình hình mới. Vì thế, trong 10 năm (2001-2010), Đảng bộ, chính quyền tỉnh Bình Phước đã tổ chức kiểm điểm 01 phòng Nội vụ, 40 Ủy ban nhân dân xã, phường, thị trấn, 09 cán bộ, công chức buông lỏng công tác quản lý nhà nước về tôn giáo.
Nhiều thôn, ấp, sóc chưa có đảng viên; thực lực chính trị vùng giáo mới có số lượng nhưng chất lượng hoạt động còn thấp, lúng túng về phương pháp, chưa được đào tạo, bồi dưỡng bài bản. Khi tiếp xúc với các chức sắc tôn giáo còn rụt rè. Chưa làm tốt nhiệm vụ thu hút quần chúng tín đồ tự giác tham gia vào các tổ chức chính trị - xã hội. Nhiều nơi vai trò của các tổ chức đoàn thể trong việc vận động đồng bào có đạo còn lu mờ, chưa thể hiện tốt vai trò, chức năng, nhiệm vụ được giao. Từ những hạn chế trên dẫn đến tình trạng yếu kém trong quản lý, hạn chế trong đấu tranh và tuyên truyền vận động, để xảy ra nhiều vụ việc sai phạm trong hoạt động tôn giáo. Trên 200 cơ sở thờ tự xây
dựng trái phép, trong đó 116 cơ sở Tin Lành xây dựng trái phép, 60 cơ sở nhà nguyện công giáo, 20 cơ sở Phật giáo; nhiều hội đoàn thành lập trái phép; nhiều đợt tổ chức lễ nghi tôn giáo không đăng ký với chính quyền.
Hai là, công tác quản lý, xử lý vi phạm trong một số vụ việc tôn giáo chưa có sự thống nhất cao. Khi xử lý cụ thể nhiều trường hợp chưa phân biệt rõ tín ngưỡng, tôn giáo của quần chúng với âm mưu, thủ đoạn lợi dụng tôn giáo của các thế lực thù địch. Sự phối hợp giữa các cấp, các ngành còn thiếu đồng bộ, thiếu trao đổi thông tin, nên công tác tham mưu, xử lý có lúc chưa thống nhất. Tình trạng truyền đạo, xây dựng, sửa chữa cơ sở thờ tự trái pháp luật của các tôn giáo, nhất là đạo Tin Lành diễn ra nhiều nơi.
Tình trạng khiếu nại, tố cáo diễn ra nhiều nơi, chủ yếu tập trung vào tranh chấp đất đai, cơ sở thờ tự giữa giáo hội các tôn giáo với nhân dân. Việc xử lý giải quyết còn chậm, lúng túng, nhiều vụ việc kéo dài 10 năm mới xong (Giáo xứ Tân Châu và trường tiểu học Thành Tâm, huyện Chơn Thành, hay vụ việc của Võ Hồng Xuân lợi dụng hoạt động tín ngưỡng tôn giáo để lấn chiếm đất rừng,...). Việc xử lý tín đồ, chức sắc và cán bộ vi phạm chính sách tôn giáo chưa nghiêm, chưa đúng người, đúng tội và kịp thời. Từ đó, gây nên sự bất bình của quần chúng tín đồ, chức sắc, làm giảm niềm tin của một bộ phận tín đồ đối với công tác quản lý của Nhà nước.
Ba là, công tác quản lý nhà nước về tôn giáo ở cấp cơ sở có nhiều điểm hạn chế. Có phần buông lỏng trong quản lý, đùn đẩy trách nhiệm giữa cấp trên và cấp dưới. Bộ máy quản lý nhà nước đối với tôn giáo tuy đã được củng cố, nhưng chưa đáp ứng được yêu cầu đổi mới. Nhiều nơi Đảng làm thay chính quyền, chưa kết hợp được nguyên tắc vừa quản lý theo ngành, vừa quản lý theo lãnh thổ. Do đó, trong những năm qua chủ yếu quản lý theo lãnh thổ, chạy theo vụ việc. Công tác xử lý còn nặng về hành chính, chưa chú trọng đến công tác vận động quần chúng, giáo dục, thuyết phục. Công tác quản lý người nước ngoài đến địa bàn tỉnh còn chưa sâu sát, chưa kịp thời ngăn chặn các hoạt động của người nước ngoài đến truyền đạo trái phép, nhiều vụ việc họ tổ chức xong các cơ quan mới phát hiện.
Bốn là, công tác vận động, tranh thủ chức sắc, chức việc, nhà tu hành, xây dựng lực lượng nòng cốt, cốt cán trong tôn giáo cơ bản đạt hiệu quả, nhưng có lúc chưa phát huy được vai trò lực lượng chức sắc, cốt cán tham gia vào hòa giải các tranh chấp trong nội bộ tôn giáo, giữa các tín đồ. Đội ngũ cán bộ làm công tác tôn giáo, nhất là ở cơ sở còn thiếu và yếu về chuyên môn nghiệp vụ, thiếu kinh nghiệm trong công tác quản lý, tham mưu chỉ đạo.
Tình hình trên một mặt do ý thức chấp hành pháp luật của tổ chức giáo hội chưa tốt, mặt khác các ngành chức năng giải quyết các hồ sơ còn chậm và để kéo dài. Công tác quản lý việc tu bổ, sửa chữa, xây mới cơ sở tôn giáo còn nhiều sơ hở, buông lỏng và có lúc chưa kiên quyết. Chưa phân cấp quản lý rõ ràng, chưa phối hợp đồng bộ giữa các ngành, các cấp... Không ít trường hợp cấp cơ sở đã giải quyết vượt thẩm quyền và không đúng chức năng.
Năm là, công tác tôn giáo có lúc chưa kết hợp chặt chẽ với phát triển kinh tế - xã hội. Công tác vận động tín đồ, chức sắc thông qua các chính sách tôn giáo, các nhiệm vụ phát triển kinh tế, xã hội, quốc phòng an ninh,... chưa được chú ý thường xuyên, đúng mức đã làm hạn chế việc tranh thủ, nắm quần chúng tín đồ.
Những thiếu sót trên đây, gây tâm trạng hoài nghi trong một bộ phận quần chúng tín đồ, chức sắc, nhà tu hành đối với việc thực hiện chủ trương chính sách tôn giáo của Đảng, Nhà nước ở địa phương; làm ảnh hưởng tới việc tăng cường, củng cố khối đại đoàn kết toàn dân; tạo khe hở để kẻ xấu lợi dụng xuyên tạc, kích động, vu cáo Việt Nam vi phạm dân chủ, nhân quyền, đàn áp tôn giáo.
Nguyên nhân của hạn chế
Những hạn chế nêu trên, có cả nhân tố khách quan và chủ quan. Trong đó, yếu tố chủ quan là chính.
Về mặt khách quan:
Bình Phước là tỉnh miền núi, biên giới, đa tôn giáo, có nhiều thành phần dân tộc sinh sống và dân di cư tự do, đời sống của nhân dân, đồng bào
dân tộc thiểu số còn nhiều khó khăn, trình độ dân trí còn thấp nên các tôn giáo, “tà đạo, đạo lạ” tìm cách xâm nhập, phát triển. Các thế lực thù địch lợi dụng triệt để vấn đề dân tộc, tôn giáo để thực hiện hoạt động “diễn biến hòa bình” nhằm chống phá sự nghiệp đổi mới của Đảng và Nhà nước. Một bộ phận quần chúng tín đồ còn mơ hồ, dễ bị lợi dụng, xúi giục, kích động, nghe theo các đối tượng cực đoan, thế lực phản động.
Ngoài ra, công tác tôn giáo là công tác chính trị đặc biệt, đối tượng tác động là các tổ chức, cá nhân tôn giáo và quần chúng tín đồ hay nói cách khác họ là những công dân Việt Nam, nhưng mang trong họ lại là ý thức tâm linh “cái thần, cái linh thiêng”, do đó khi tiếp xúc, xử lý các công việc cần chú trọng đến vận động thuyết phục hơn là việc dùng các mệnh lệnh, quyền lực nhà nước. Vì thế, đôi khi không hiệu quả, nên việc thực hiện chủ trương, chính sách về tôn giáo, có phần khó khăn hơn so với việc thực hiện chủ trương, chính sách phát triển kinh tế - xã hội.
Về mặt chủ quan:
Một số cấp ủy, chính quyền các cấp chưa nhận thức, quán triệt đầy đủ nội dung nghị quyết, chỉ thị, kết luận của Đảng, của Tỉnh ủy về công tác tôn giáo, từ đó dẫn đến việc tổ chức thực hiện chậm trễ, thiếu đồng bộ và ảnh hưởng đến hiệu quả chất lượng công tác tôn giáo.
Công tác vận động, tuyên truyền chức sắc, tín đồ ở một số nơi, nhất là thời kỳ trước năm 2005 chưa được quan tâm chú ý thường xuyên; chưa hướng dẫn cụ thể để người dân nhận thức rõ và có biện pháp đấu tranh với những âm mưu lợi dụng tôn giáo của các đối tượng cực đoan, thế lực phản động.
Công tác quản lý nhà nước đối với các hoạt động tôn giáo là khâu có nhiều yếu kém. Cơ quan chức năng triển khai hướng dẫn chậm và chưa cụ thể về phương pháp, chuyên môn, nghiệp vụ. Một số địa phương, cơ sở có tư tưởng thụ động, né tránh hoặc thấy có phức tạp thì thả nổi, buông lỏng quản lý. Mặt khác, không chủ động phát hiện xử lý kịp thời các hoạt động tôn giáo trái phép, thiếu kiểm tra, ngăn chặn ngay từ đầu, đến khi xử lý vi phạm thì
phát sinh nhiều vấn đề phức tạp.
Hệ thống văn bản quản lý nhà nước về tôn giáo còn thiếu, chưa hoàn chỉnh, nên gây lúng túng trong việc xử lý đối với một số sai phạm trong hoạt động tôn giáo, như việc biến gia thành tự, tổ chức các nghi lễ tại gia, hay việc xử lý đối với các vấn đề tôn giáo mới – mà chính quyền Bình Phước gọi là “đạo lạ”, có nơi cho là “Tà đạo”.
Đội ngũ cán bộ làm công tác tôn giáo, nhất là ở cơ sở còn thiếu và yếu về chuyên môn, nghiệp vụ; một thời kỳ dài chưa quan tâm đến cơ chế, chính sách đãi ngộ phù hợp đối với cán bộ làm công tác tôn giáo; kinh phí cho hoạt động công tác tôn giáo còn hạn chế so với yêu cầu, nhiệm vụ đặt ra.