kinh doanh xuất, nhập khẩu phải có quan hệ thống nhất với các bộ phận pháp luật trong các lĩnh vực khác có liên quan
Hiện nay cơ quan hải quan thông qua việc làm thủ tục hải quan và thực hiện kiểm tra, giám sát hải quan, cũng có nghĩa vụ đảm bảo cho hoạt động xuất nhập khẩu hàng hóa, xuất nhập cảnh, quá cảnh theo đúng các quy định của nhà nước, các chế độ về giấy phép và hạn ngạch xuất nhập khẩu đối với hàng hóa xuất nhập khẩu của các doanh nghiệp, các chế độ về thuế và nghĩa vụ tài chính khác, chế độ xuất nhập khẩu tiền Việt Nam, các quy
định về tiêu chuẩn kỹ thuật đối với hàng hóa xuất nhập khẩu, các quy định về tiêu chuẩn vệ sinh, môi trường, an toàn thực phẩm, sức khỏe người tiêu dùng... các quy định về xuất xứ hàng hóa, về bảo hộ quyền sở hữu trí tuệ. Vì lẽ đó mức độ hoàn thiện pháp luật trong quản lý nhà nước về hải quan đối với doanh nghiệp kinh doanh xuất nhập khẩu phải được thể hiện thống nhất với các bộ phận pháp luật quy định về những vấn đề trên, có nghĩa là:
- Thống nhất với các quy định của Luật Doanh nghiệp về các nội dung quản lý nhà nước đối với doanh nghiệp.
- Thống nhất với những quy định quản lý nhà nước đối với hàng hóa xuất nhập khẩu mà cơ quan hải quan chịu trách nhiệm thực hiện việc kiểm tra, giám sát nhằm đảm bảo việc tuân thủ pháp luật hiện nay được quy định tại Quyết định số 46/2001/QĐ-TTg ngày 04/04/2001 của Thủ tướng Chính phủ về quản lý xuất nhập khẩu hàng hóa thời kỳ 2001-2005. Quyết định này ban hành Danh mục hàng hóa cấm xuất nhập khẩu thời kỳ 2001-2005, Danh mục hàng hóa xuất nhập khẩu có điều kiện, Danh mục hàng hóa xuất, nhập khẩu theo diện quản lý chuyên ngành và các nguyên tắc áp dụng Danh mục này trong lĩnh vực quản lý chuyên ngành. Theo Quyết định này hàng hóa nếu thuộc diện quản lý của Bộ Thương mại thì phải theo quy định của Bộ Thương mại; nếu thuộc diện quản lý chuyên ngành thì phải chịu sự điều chỉnh, quản lý theo các văn bản của các Bộ chuyên ngành mới được xuất, nhập khẩu. Cơ quan hải quan chịu trách nhiệm kiểm tra, giám sát về mặt Nhà nước để đảm bảo cho các chế độ quản lý theo Quyết định số 46/TTg kể trên cũng như theo quy định của Bộ Thương mại hoặc của các Bộ chuyên ngành được tuân thủ đầy đủ, đúng quy định..
- Thống nhất với những quy định về quản lý điều hành xuất nhập khẩu hàng hóa. Đây là bộ phận pháp luật quan trọng góp phần đẩy mạnh kinh tế Việt Nam hội nhập với nền kinh tế quốc tế, tham gia vào nền thương mại toàn cầu. Do đó tiếp tục đổi mới, hoàn thiện pháp luật trong quản lý về hải quan đối với doanh nghiệp kinh doanh xuất nhập khẩu phải tiến hành song song với đổi mới, hoàn thiện về pháp luật quản lý hàng hóa xuất nhập khẩu, trong đó cần phải theo quan điểm yêu cầu: 1- tinh giảm các biện pháp quản lý bằng giấy phép, hạn ngạch xuất nhập khẩu, giảm nhanh bảo hộ phi quan thuế những mặt hàng sản xuất đòi hỏi công nghệ cao, doanh nghiệp đầu tư trong nước không có khả năng cạnh tranh, sản xuất; 2- giảm các đầu mối cơ quan quản lý chuyên ngành xuất nhập khẩu để tránh trùng lắp; 3- khẩn trương khắc phục những quy định bất cập, không phù hợp với thực
tế, hoặc chồng chéo, thiếu chặt chẽ dễ lợi dụng để buôn lậu, gian lận thương mại, trốn thuế, hoặc nhập khẩu hàng hóa gây thiệt hại cho môi trường và người tiêu dùng về sức khỏe, tính mạng; 4- sửa đổi, bổ sung, ban hành mới các văn bản pháp luật mới để tạo nhiều thuận lợi hơn nữa cho doanh nghiệp Việt Nam sản xuất hàng tiêu dùng nhằm đẩy lùi cạnh tranh, lấn át của hàng ngoại trên thị trường nội địa; thống nhất hóa chính sách, biện pháp quản lý hoạt động xuất nhập khẩu hàng hóa biên mậu, cho phù hợp với thực tế từng vùng biên, đối ứng hiệu quả với chính sách biên mậu của nước láng giềng, bãi bỏ phân biệt về quản lý xuất nhập khẩu hàng hóa "tiểu ngạch và chính ngạch".
- Thống nhất với bộ phận pháp luật về thuế đối với hàng hóa xuất nhập khẩu. Pháp luật về thuế mặt khác cũng phải được đổi mới, sao cho vừa phải đảm bảo đáp ứng tiêu chuẩn để gia nhập Tổ chức thương mại thế giới vào năm 2006, nhưng phải tuân thủ chỉ đạo của Đảng "tiếp tục cải cách hệ thống thuế phù hợp với tình hình đất nước và các cam kết quốc tế, đơn giản hóa sắc thuế, từng bước áp dụng hệ thống thuế thống nhất, không phân biệt đầu tư trong nước và đầu tư nước ngoài" [11]. Do đó xây dựng hệ thống pháp luật về thuế phải đảm bảo "chính sách thuế xuất nhập khẩu có định hướng nhất quán để không gây khó khăn cho doanh nghiệp trong tính toán có hiệu quả kinh doanh", sửa đổi, kiện toàn hệ thống pháp luật về thuế hàng hóa xuất nhập khẩu gắn với mục tiêu đẩy nhanh, mạnh công cuộc công nghiệp hóa, hiện đại hóa, phát triển nền kinh tế thị trường hướng về xuất khẩu, bảo hộ sản xuất nội địa, hỗ trợ tối đa cho những ngành nghề sản xuất hàng hóa có khả năng cạnh tranh, xuất khẩu sang các nước, khu vực và trên thế giới, phù hợp với các điều ước quốc tế về ưu đãi thuế xuất nhập khẩu, ưu đãi tối huệ quốc trong các Hiệp định thương mại giữa Việt Nam với các nước, ưu đãi đặc biệt với các nước ASEAN, tiến tới hội nhập hệ thống thuế quan theo WTO, EU, với các nước trong APEC, thực hiện sự đồng bộ, thống nhất một bảng, biểu thuế đơn giản, ít thuế suất phù hợp với tiến trình cắt giảm thuế của khối ASEAN, tiến tới hội nhập hệ thống thuế quan theo WTO. Riêng đối với thuế xuất nhập khẩu cần tiếp tục giảm số lượng mức thuế suất, xóa bỏ ưu đãi theo tỷ lệ nội địa hóa, thu hẹp diện miễn giảm thuế, đẩy mạnh việc áp dụng hạn ngạch và bảng giá tối thiểu một công cụ không phù hợp với thông lệ quốc tế...
- Thống nhất với việc hoàn thiện hệ thống pháp luật về tố tụng hình sự liên quan đến thẩm quyền điều tra chống buôn lậu, gian lận thương mại của ngành Hải quan phù hợp
với điều kiện thực tế. Điều này đòi hỏi pháp luật về tố tụng trên, ngoài thẩm quyền điều tra đối với tội buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa, tiền tệ qua biên giới cần giao bổ sung, giao thẩm quyền cho ngành Hải quan điều tra, khởi tố một số tội khác liên quan đến hoạt động xuất nhập khẩu, vận chuyển, buôn bán trái phép qua biên giới, ma túy, vũ khí, vật liệu nổ, quân trang, quân dụng, chất độc, chất cháy, hàng hóa vi phạm môi trường, dịch bệnh, cần sửa đổi quy định về khởi tố vụ án, khởi tố bị can, điều tra ban đầu hợp lý về thời hạn, bởi các hành vi phạm tội liên quan đến hoạt động Hải quan hầu hết đều xảy ra ở khu vực biên giới, địa bàn miền núi hiểm trở, xa xôi, khó khăn.
- Do đặc trưng của các quan hệ xuất nhập khẩu là những quan hệ có yếu tố nước ngoài, nên pháp luật trong quản lý nhà nước về hải quan đối với doanh nghiệp kinh doanh xuất nhập khẩu, đặc biệt là trong điều kiện toàn cầu hóa, hội nhập quốc tế phải có sự tương thích nhất định với pháp luật và tập quán quốc tế, khu vực và pháp luật hải quan các nước.