Bên cạnh những thành công mà chữ ký điện tử mang lại cho dịch vụ chứng nhận xuất xứ điện tử cũng không thể thiếu những hạn chế của việc
sử dụng chữ ký điện tử trong hệ thống quản lý và cấp chứng nhận xuất xứ điện tử như việc các doanh nghiệp chưa tiếp cận kịp thời với một dịch vụ công không hề mới nhưng lại được thực hiện hiện đại hơn rất nhiều, đó là việc sử dụng chữ ký điện tử, thuật ngữ mà hoàn toàn mới mẻ đối với một số doanh nghiệp.
- Các tổ chức cấp chứng nhận xuất xứ điện tử tại Việt Nam vẫn chưa thể điện tử hóa hoàn toàn, việc này khiến các doanh nghiệp xuất khẩu xin cấp C/O vẫn phải khai và nộp một bộ hồ sơ khác theo cách thức truyền thống đó là hồ sơ giấy, mặc dù thủ tục sẽ không còn mất nhiều thời gian như trước nữa nhưng nó vẫn đem lại cảm giác chưa thực sự chuyên nghiệp, chưa thể hiện được tính tối ưu của hệ thống eCoSys nói chung cũng như việc sử dụng chữ ký điện tử trong hệ thống nói riêng, hy vọng trong thời gian tới việc chứng nhận xuất xứ điện tử sẽ được thực hiện theo đúng nghĩa của nó, hoàn toàn là các thủ tục phi giấy tờ, giúp các doanh nghiệp xuất khẩu nhanh chóng đưa được hàng hóa của mình ra thế giới.
- Chưa kết hợp được với hải quan trong việc xác thực thông tin về hàng hóa mà doanh nghiệp khai báo C/O một cách tự động nhất khi mà các doanh nghiệp đã thực hiện xong công việc khai báo thông tin hàng hóa và được cán bộ có thẩm quyền của doanh nghiệp ký điện tử.
- Chưa hoàn thành được nghị định xử phạt vi phạm hành chính đối với các DN thiếu trung thực trong việc xin cấp C/O, trong đó cần quy định rõ về việc nếu doanh nghiệp giả mạo hồ sơ xin cấp C/O hoặc giả mạo chữ ký điện tử sẽ bị xử phạt rất nặng, doanh nghiệp cố tình giả mạo sẽ bị đưa vào “luồng đỏ” (chặn lại tất cả các C/O), nặng hơn có thể bị truy tố hoặc xử phạt theo pháp luật Nhà nước.