Để nghiên cứu mức độ đa hình, các băng RAPD đợc phân tích dựa trên sự có mặt hay vắng mặt của chúng ở các dòng nghiên cứu. Nếu có thì ký hiệu là 1, nếu không có thì ký hiệu là 0. Những băng có ở mẫu này mà không có ở mẫu khác gọi là băng đa hình. Dựa vào mức độ đa hình của các băng, chúng ta có thể đánh giá sự giống và khác nhau giữa các dòng nghiên cứu.
Kết quả phân tích RAPD của các dòng lúa với 5 mồi ngẫu nhiên đợc trình bày trong bảng 3.3.
Các mẫu thí nghiệm có trung bình từ 3-8 băng, kích thớc từ 400-3000 bp. Kết quả giống CC1 nhận đợc 1 mồi cho tỷ lệ băng đa hình 100% là mồi OPC18, các mồi còn lại cho tỷ lệ băng đa hình thấp (17,77-48,38%), riêng mồi OPB16 thì không cho băng đa hình nào. Tuy mồi OPC18 có tỷ lệ băng đa hình cao nhất song số băng đợc nhân lên lại ít nhất (17 băng).
M 1 2 3 4 5 6 7 8 1 2 3 4 5 6 7 8 9
OPC18 OPC19
Hình 3.7. Sản phẩm RAPD của mồi OPC18 và OPC19 với ADN hệ gen của các dòng CC1
(M: marker; 1: dòng CC1 không chiếu xạ; 2-9: các dòng CC1 chiếu xạ) 3 kb
0.5 kb 1.5 kb
Tổng cộng các dòng lúa CC1 cho 116 băng, trong đó có 49 băng đa hình chiếm tỷ lệ 29,51%.
Bảng 3.3. Sản phẩm của 5 mồi RAPD nhận đợc sau khi chạy PCR với hệ gen của các dòng lúa thuộc hai giống.
Giống Mồi Tổng số băng
đếm đợc Tổng số băng đa hình Tỷ lệ băng đa hình (%) OPB16 40 0 0 OPB17 31 15 48,38 OPC18 17 17 100 OPC19 45 8 17,77 OPC20 33 9 27,20 Tổng 166 49 29,51 OPB16 111 77 69,36 OPB17 209 170 81,34 OPC18 103 64 62,13 OPC19 285 246 86,31 OPC20 153 117 76,47 Tổng 861 674 78,28
Qua kết quả chạy PCR với 5 mồi RAPD của các dòng CC2 nhận thấy tất cả các mồi đều cho tỷ lệ băng đa hình cao từ 62,13-86,31%, cao nhất ở mồi OPC19 (86,31%) và thấp nhất ở mồi OPC18 (62,13%). Điều này chứng tỏ đã có những thay đổi trong hệ gen nhân của các dòng lúa do chiếu xạ. Đồng thời tỷ lệ băng đa hình ở các mồi tơng ứng của hai giống là không đồng đều nhau cho thấy sự khác biệt rõ ràng trong hệ gen của hai giống này.
M 10 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27
Hình 3.8. Sản phẩm RAPD của mồi OPC18 với ADN hệ gen các dòng CC2
(M: marker; 10: dòng CC2 không chiếu xạ; 12-27: các dòng CC2 chiếu xạ) Tổng cộng các dòng CC2 chạy với 5 mồi RAPD chúng tôi thu đợc 861 băng ADN, trong đó có 674 băng đa hình chiếm tỷ lệ 78,28% cao hơn rất nhiều so với các dòng CC1. Điều này chứng tỏ phải khảo sát với nhiều mồi khác nhau để tìm ra những mồi thích hợp cho nghiên cứu tính đa dạng di truyền ở các giống lúa khác nhau.
M 10 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 0.5 kb 1.5 kb 3 kb 3 kb 1.5 kb 0.5 kb
Hình 3.9. Sản Phẩm RAPD của mồi OPC19 với ADN hệ của các dòng CC2 (chú thích tơng tự hình 3.8)