Kỹ thuật STS (Sequence Tagged Site) tức điểm trình tự đợc đánh dấu, do Olson & Cs đề xuất năm 1989. STS có thể xem nh là một kỹ thuật thay thế RFLP và RAPD. Nguyên lý của STS là: Xác định trình tự các nucleotid ở hai đầu của các đoạn ADN sử dụng làm mẫu dò trong RFLP hay sản phẩm RAPD. Sau đó dựa vào trình tự đã biết thiết kế mồi PCR có chiều dài 18-20
nucleotid. Với những mồi nh vậy có thể tổng hợp những đoạn ADN nằm trong vùng sản phẩm RFLP và RAPD. Cuối cùng điện di sản phẩm PCR và phân tích tính đa hình.
Do sự đa hình giữa các cá thể sinh vật dựa vào so sánh kích thớc các băng ADN. Mà sản phẩm PCR gồm các băng ADN có thể không khác nhau về kích thớc nhng lại khác nhau về trình tự nucleotid. Từ đó các nhà khoa học
đã sử dụng enzym giới hạn để cắt sản phẩm STS, SSR, RAPD và kỹ thuật…
này đợc gọi là CAPs (Cleaved Amplified Polymorphic Sequences).
Một chỉ thị khác dựa trên STS là SCARP (Sequence Charracterised Amplified Regions) là chỉ thị bậc hai phát triển từ chỉ thị RAPD đã đợc xác định trên bản đồ di truyền và liên kết với một tính trạng nào đó. Chỉ thị này dựa trên sự tách dòng và đọc trình tự các đoạn RAPD đợc quan tâm. Từ đó thiết kế mồi dài khoảng 25 mer bổ sung với trình tự đầu và cuối của đoạn RAPD ban đầu. Do đó mỗi mồi SCARP sẽ xác định đợc một locus đơn tơng ứng với đoạn ADN ban đầu. STS là chỉ thị đồng trội, đợc ứng dụng trong đánh giá và chọn giống nhờ chỉ thị phân tử MAS, ngoài ra còn đợc ứng dụng trong
đánh dấu gen, nhận dạng giống…
Hiện nay có một số chỉ thị STS đợc sử dụng trong chọn dòng lúa chịu hạn nh: RZ19, RG690, RZ730 và RZ801 trên NST số 1; RG171, RG157, RZ318 trên NST số 2; RZ978, RZ288, RZ12 trên NST số 9 đợc xác định là liên kết chặt với các locus kiểm soát hình thái rễ dài, rễ dày (Shen & Cs, 1999). Các locus RG140 liên quan đến điều hoà áp suất thẩm thấu trên NST
số 1; RG404, RG650 liên quan đến độ sâu của rễ trên NST số 7 (Zhang &…
Cs, 1999) [40].
Chơng 2. Vật liệu và phơng pháp nghiên cứu
- 4 giống lúa: Chí chùa 1, Chí chùa 2 là hai giống lúa nơng địa phơng xin từ Lào Cai, Yên Bái; R2021, RDB09 là hai giống lúa cạn do Viện Khoa học Kỹ thuật nông nghiệp Việt Nam cung cấp.
- Các hoá chất đặt mua từ các hãng USB, Sigma, Amersham; các mồi RAPD, đặt mua tại hãng Operon (Mỹ); Các mồi SSR mua từ hãng New England Biolabs.