Trong mối quan hệ với pháp luật về SHTT, pháp luật chống CTKLM có mối liên hệ chặt chẽ với pháp luật bảo hộ quyền SHTT. Xét ở góc độ điều chỉnh pháp luật chống CTKLM, hầu hết các hành vi thuộc nội dung điều chỉnh của lĩnh vực này dường như có sự hòa đồng nội bộ với nội dung điều chỉnh của pháp luật bảo hộ quyền SHTT (đặc biệt trong lĩnh vực sở hữu công nghiệp). Việc chống lại các hành vi CTKLM chính là việc ngăn cấm các hành vi đã xâm phạm đến các sáng chế, giải pháp hữu ích, xuất xứ hàng hóa… Quyền chống CTKLM đôi khi hòa lẫn với việc bảo hộ bí mật kinh doanh, bảo hộ tên thương mại và chỉ dẫn địa lý đối với sản phẩm hàng hóa, dịch vụ.
Pháp luật chống CTKLM và pháp luật bảo hộ quyền SHTT có mối liên hệ tương hỗ lẫn nhau. Tuy nhiên, giữa chúng không đồng nhất về mục đích và phạm vi điều chỉnh. Nếu như mục đích của pháp luật về bảo hộ quyền SHTT là bảo hộ SHTT của cá nhân, pháp nhân tránh khỏi sự xâm phạm của các hành vi trái pháp luật thì pháp luật chống CTKLM, ngoài mục đích nêu trên còn có nhiệm vụ bảo vệ quyền lợi hợp pháp của người tiêu dùng và trật tự cạnh tranh trong một thị trường cụ thể. Chỉ bị coi là hành vi CTKLM nếu như hành vi của một chủ thể nhằm mục đích cạnh tranh có biểu hiện không lành mạnh, đã xâm hại đến quyền lợi của chủ thể khác cùng tồn tại trong một thị trường hàng hóa, dịch vụ hay thị trường liên quan.
Cùng sự khác nhau về mục đích điều chỉnh, cho phép trong quá trình thực thi pháp luật, các cơ quan chức năng, các đương sự có quyền lợi bị xâm hại có thể lựa chọn pháp luật để áp dụng. Những trường hợp xâm phạm quyền SHTT với ý thức chủ quan rõ ràng là mục đích tư lợi thì áp dụng quy định của pháp luật bảo hộ quyền SHTT, còn những trường hợp xâm phạm bảo hộ quyền SHTT nhằm mục đích CTKLM thì phải áp dụng các quy định của pháp luật chống CTKLM để giải quyết.
Có những hành vi được coi là CTKLM dưới dạng sử dụng chỉ dẫn gây nhầm lẫn theo quy định của Luật SHTT 2005 (ví dụ như chỉ dẫn thương mại liên quan đến nhãn hiệu hàng hóa) nhưng không được coi là hành vi CTKLM theo quy định của LCT 2004 (do luật này chưa quy định). Tuy nhiên, theo Luật SHTT 2005 thì vấn đề xử phạt hành chính vẫn được thực hiện theo quy định của pháp luật về cạnh tranh (căn cứ khoản 3 Điều 211 Luật SHTT 2005). Hành vi sử dụng chỉ dẫn thương mại mặc dù được quy định trong Luật SHTT nhưng nó được coi là hành vi CTKLM, và vì vậy các quy định về luật “thủ tục” được quy định trong LCT khi xử lý các hành vi CTKLM quy định trong luật SHTT (ngay cả khi hành vi đó chưa được LCT quy định, nhưng thỏa mãn về yếu tố chủ thể
trong LCT). Từ đó cũng có thể suy ra những hành vi CTKLM khác được quy định trong luật SHTT cũng sẽ bị xử lý theo các quy định về trình tự thủ tục xử lý hành vi CTKLM được quy định trong LCT như :
Hành vi sử dụng nhãn hiệu được bảo hộ tại một nước là thành viên của điều ước quốc tế có quy định cấm người đại diện hoặc đại lý của chủ sở hữu nhãn hiệu sử dụng nhãn hiệu đó mà Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam cũng là thành viên, nếu người sử dụng là người đại diện hoặc đại lý của chủ sở hữu nhãn hiệu và việc sử dụng đó không được sự đồng ý của chủ sở hữu nhãn hiệu và không có lý do chính đáng (điểm c, khoản 1, Điều 130 Luật SHTT 2005);
Hành vi đăng ký chiếm giữ quyền sử dụng hoặc sử dụng tên miền trùng, hoặc tương tự gây nhầm lẫn với nhãn hiệu, tên thương mại được bảo hộ của người khác hoặc chỉ dẫn địa lý mà mình không có quyền sử dụng nhằm mục đích chiếm giữ tên miền, lợi dụng hoặc làm thiệt hại đến uy tín, danh tiếng của nhãn hiệu, tên thương mại, chỉ dẫn địa lý tương ứng (điểm d, khoản 1 điều 130 luật SHTT 2005).
Trong trường hợp bị xâm phạm, các chủ thể của quyền SHTT trước tiên có thể áp dụng các quy định của pháp luật về SHTT để bảo vệ mình bằng cách yêu cầu bên vi phạm chấm dứt hành vi vi phạm và đòi bồi thường thiệt hại (nếu có).
Câu hỏi đặt ra là cùng một hành vi liệu có thể đồng thời thỏa mãn các yếu tố cấu thành hành vi vi phạm quyền SHTT và CTKLM? Và trong cùng một vụ việc liệu một chủ thể có thể đồng thời kiện một cách độc lập về hành vi vi phạm quyền SHTT và CTKLM?
Câu trả lời là có thể coi một hành vi vừa là vi phạm quyền SHTT vừa là hành vi CTKLM nếu theo đúng nội dung của Điều 40 LCT, theo đó “việc sử dụng chỉ dẫn chứa đựng thông tin gây nhầm lẫn về tên thương mại, khẩu hiệu kinh doanh, biểu tượng kinh doanh… để làm sai lệch nhận thức của khách hàng về hàng hóa, dịch vụ nhằm mục đích cạnh tranh” là một dạng hành vi CTKLM. Tinh thần này cũng đã được tái thể hiện trong điều 130 Luật SHTT, đây có thể coi là một sự bổ sung chứ không phải sự chồng chéo và chủ thể có thể và phải lựa chọn sử dụng một trong hai phương thức kiện theo cách thức nào có lợi hơn. Tuy nhiên, cũng cần phải nói thêm rằng quy định như vậy của pháp luật không phải là giải pháp được thừa nhận rộng rãi trong các nước phát triển.
Ngoài trường hợp cùng một hành vi có thể đồng thời bị coi là vi phạm SHTT và là hành vi CTKLM, LCT còn có thể được áp dụng khi trong một vụ việc có cả yếu tố hành vi vi phạm quyền SHTT và CTKLM độc lập với nhau. Ví dụ, chủ thể một nhãn hiệu có thể kiện về hành vi vi phạm nhãn hiệu đồng thời kiện về hành vi vi phạm khẩu hiệu kinh doanh gây nhầm lẫn của đối thủ cạnh tranh. Cơ sở pháp lý của hai yêu cầu này là độc lập với nhau, một mặt dựa trên hành vi vi phạm độc quyền mà không cần quan tâm đến yếu
tố lỗi đối với hành vi vi phạm quyền SHTT, mặt khác dựa trên hành vi bị cấm với yếu tố lỗi cố ý đối với hành vi CTKLM.
Một điểm khác cũng cần lưu ý là chủ thể kiện của CTKLM có thể là bất kỳ ai tham gia vào hoạt động cạnh tranh và bị thiệt hại về hành vi CTKLM dù đó là tổ chức, cá nhân kinh doanh hay hiệp hội ngành nghề mà không cần phải là chủ sở hữu của quyền SHTT (Điều 2, LCT), còn kiện về SHTT chỉ dành cho chủ thể của quyền SHTT. Do đó, hoàn toàn có thể xảy ra trường hợp bên làm đại lý, bên nhận lisence chủ động khởi kiện để bảo vệ, đòi bồi thường thiệt hại khi mà họ không phải là chủ sở hữu và không thuộc trường hợp được khởi kiện theo pháp luật về SHTT, trong trường hợp như vậy cơ sở khởi kiện chính là các quy định về CTKLM.
Vì vậy, việc chọn phương thức kiện nào đối với chủ thể bị xâm phạm phải dựa trên các dữ liệu thực tế của từng vụ việc kết hợp với chiến lược kinh doanh của từng doanh nghiệp và điều quan trọng là hiệu quả hoạt động thực tế của mỗi cơ quan (Tòa án, Cục quản lý cạnh tranh) trong tương lai khi giải quyết các vụ việc liên quan đến SHTT và CTKLM.